cfDNA 5mC/5hmC biomarkery pro predikci odpovědi na chemoterapii u metastatického kolorektálního karcinomu (EpiCORE)
3. listopadu 2025 aktualizováno: City of Hope Medical Center
Vývoj panelu epigenetických biomarkerů založených na cfDNA 5mC/5hmC pro predikci účinnosti chemoterapie u metastatického kolorektálního karcinomu
Studie EpiCORE si klade za cíl identifikovat epigenetické markery založené na cfDNA, které by předpovídaly odpověď na první linii chemoterapie (FOLFOX nebo FOLFIRI) u metastazujícího kolorektálního karcinomu (mCRC).
Integrací profilování 5-methylcytosinu (5mC) a 5-hydroxymethylcytosinu (5hmC) tato studie usiluje o vytvoření neinvazivního panelu biomarkerů schopného rozlišit respondenty od nerepondentů.
Přehled studie
Postavení
Nábor
Podmínky
Detailní popis
Navzdory zavedení vícesložkových chemoterapeutických režimů, jako jsou FOLFOX (5-FU, leukovorin, oxaliplatin) a FOLFIRI (5-FU, leukovorin, irinotekan), zůstávají výsledky léčby metastatického kolorektálního karcinomu (mCRC) vysoce variabilní.
Současné prediktivní biomarkery, jako jsou mutace RAS/BRAF nebo mikrosatelitní nestabilita, nedokážou přesně předpovědět odpověď na cytotoxickou chemoterapii.
Objevující se důkazy naznačují, že vzorce metylace (5mC) a hydroxymetylace (5hmC) cfDNA odrážejí biologii nádoru a citlivost na léky, což nabízí slibnou cestu pro precizní chemoterapii.
Studie EpiCORE integruje celogenomové sekvenování 5mC/5hmC a cílené validační testy k identifikaci a potvrzení epigenetických determinantů účinnosti chemoterapie.
Fáze objevování: Celogenomové profilování 5mC/5hmC cfDNA od pacientů léčených první linií FOLFOX nebo FOLFIRI k identifikaci kandidátních regionů spojených s léčebnou odpovědí.
Tréninková fáze: Cílené sekvenování a konstrukce modelu založené na kandidátních lokusech.
Validační fáze: Testování založené na qPCR k potvrzení prediktivní přesnosti finální sady EpiCORE.
Tato studie si klade za cíl vytvořit robustní rámec biomarkerů cfDNA pro predikci a monitorování odpovědi na chemoterapii u mCRC, čímž přispěje k individualizovanému terapeutickému rozhodování.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
600
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 6263598111
- E-mail: ajgoel@coh.org
Studijní místa
-
-
California
-
Duarte, California, Spojené státy, 91010
- Nábor
- City of Hope Medical Center
-
Kontakt:
- Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 626-218-3452
- E-mail: ajgoel@coh.org
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Pacienti s diagnózou kolorektálního adenokarcinomu ve stadiu IV, kteří podstoupili první linii chemoterapie FOLFOX nebo FOLFIRI a mají k dispozici předléčebné vzorky séra nebo plazmy pro analýzu cfDNA.
Popis
Kriteria pro zařazení:
- Histologicky potvrzený metastatický kolorektální adenokarcinom (mCRC).
- Léčba první linie chemoterapie (FOLFOX nebo FOLFIRI).
- Dostupnost předléčebných vzorků séra nebo plazmy pro analýzu cfDNA 5mC/5hmC.
- Dokumentované radiologické nebo klinické hodnocení odpovědi (podle RECIST 1.1 nebo na základě PFS).
- Známý mutační status RAS/BRAF.
Kriteria pro vyloučení:
- Nedostatečný výtěžek cfDNA nebo špatná kvalita DNA.
- Neadenokarcinomová histologie.
- Aktivní zánětlivé nebo autoimunitní onemocnění, které může ovlivnit metylaci cfDNA.
- Současné maligní onemocnění vyžadující systémovou léčbu.
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Kohorta objevu - PFS ≥ 12 měsíců (Responder)
Pacienti s mCRC, kteří dosáhli bezpříznakového přežití ≥ 12 měsíců po první linii chemoterapie (FOLFOX nebo FOLFIRI). Provedeno sekvenování cfDNA 5mC/5hmC k identifikaci epigenetických determinantů trvalé odpovědi. |
Genomová analýza metylace a hydroxymetylace cfDNA z preterapeutické plazmy za účelem identifikace molekulárních determinant spojených s účinností chemoterapie (PFS ≥ 12M vs < 12M).
|
|
Kohorta pro objevování - PFS < 12 měsíců (Neodpovídající)
Pacienti s bezpříznakovým přežitím < 12 měsíců po první linii chemoterapie. Ve srovnání s respondenty k identifikaci epigenetických rysů spojených s rezistencí. |
Genomová analýza metylace a hydroxymetylace cfDNA z preterapeutické plazmy za účelem identifikace molekulárních determinant spojených s účinností chemoterapie (PFS ≥ 12M vs < 12M).
|
|
Tréninková Kohorta - PFS ≥ 12 Měsíců (Reagující)
Nezávislá kohorta mCRC s dlouhým PFS (≥12 měsíců).
Cílené sekvenování (EpiCORE test) k upřesnění prediktivních markerů.
|
Cílená validace markerů cfDNA 5mC/5hmC z fáze objevu pomocí sekvenování a qPCR pro vytvoření a ověření prediktivního modelu odpovědi na léčbu první linie chemoterapie.
|
|
Tréninková Kohorta - PFS < 12 Měsíců (Neodpovídající)
Nezávislá kohorta mCRC s krátkým PFS (<12 měsíců).
Cílené sekvenování pro validaci markerů spojených s rezistencí.
|
Cílená validace markerů cfDNA 5mC/5hmC z fáze objevu pomocí sekvenování a qPCR pro vytvoření a ověření prediktivního modelu odpovědi na léčbu první linie chemoterapie.
|
|
Validační Kohorta - PFS ≥ 12 Měsíců (Responder)
Nezávislá validační kohorta analyzovaná pomocí qPCR testu EpiCORE pro potvrzení prediktivní přesnosti biomarkeru.
|
Cílená validace markerů cfDNA 5mC/5hmC z fáze objevu pomocí sekvenování a qPCR pro vytvoření a ověření prediktivního modelu odpovědi na léčbu první linie chemoterapie.
|
|
Validační Kohorta - PFS < 12 Měsíců (Neodpovídající)
Nezávislá validační kohorta s nepříznivým PFS analyzovaná pro posouzení specificity a výkonnosti modelu.
|
Cílená validace markerů cfDNA 5mC/5hmC z fáze objevu pomocí sekvenování a qPCR pro vytvoření a ověření prediktivního modelu odpovědi na léčbu první linie chemoterapie.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Bezprogresivní přežití (PFS)
Časové okno: Až 36 měsíců od zahájení chemoterapie první linie
|
Přežití bez progrese onemocnění (PFS) je definováno jako doba od zahájení chemoterapie první linie (FOLFOX nebo FOLFIRI) do data zaznamenané progrese onemocnění nebo úmrtí z jakékoli příčiny, podle toho, co nastane dříve. Hlavním cílem studie EpiCORE je vyhodnotit, zda jsou profily biomarkerů založené na cfDNA 5mC/5hmC (panel EpiCORE) spojeny s rozdíly v PFS u pacientů s metastatickým kolorektálním karcinomem (mCRC). |
Až 36 měsíců od zahájení chemoterapie první linie
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Celkové přežití (OS):
Časové okno: Až 60 měsíců od zahájení chemoterapie první linie
|
Čas od zahájení chemoterapie do úmrtí z jakékoli příčiny
|
Až 60 měsíců od zahájení chemoterapie první linie
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Xie YH, Chen YX, Fang JY. Comprehensive review of targeted therapy for colorectal cancer. Signal Transduct Target Ther. 2020 Mar 20;5(1):22. doi: 10.1038/s41392-020-0116-z.
- Bond MJG, Bolhuis K, Loosveld OJL, de Groot JWB, Droogendijk H, Helgason HH, Hendriks MP, Klaase JM, Kazemier G, Liem MSL, Rijken AM, Verhoef C, de Wilt JHW, de Jong KP, Gerhards MF, van Amerongen MJ, Engelbrecht MRW, van Lienden KP, Molenaar IQ, de Valk B, Haberkorn BCM, Kerver ED, Erdkamp F, van Alphen RJ, Mathijssen-van Stein D, Komurcu A, Lopez-Yurda M, Swijnenburg RJ, Punt CJA; Dutch Colorectal Cancer Study Group. First-line systemic treatment strategies in patients with initially unresectable colorectal cancer liver metastases (CAIRO5): an open-label, multicentre, randomised, controlled, phase 3 study from the Dutch Colorectal Cancer Group. Lancet Oncol. 2023 Jul;24(7):757-771. doi: 10.1016/S1470-2045(23)00219-X. Epub 2023 Jun 14.
- Siegel RL, Kratzer TB, Giaquinto AN, Sung H, Jemal A. Cancer statistics, 2025. CA Cancer J Clin. 2025 Jan-Feb;75(1):10-45. doi: 10.3322/caac.21871. Epub 2025 Jan 16.
- Zeng C, Stroup EK, Zhang Z, Chiu BC, Zhang W. Towards precision medicine: advances in 5-hydroxymethylcytosine cancer biomarker discovery in liquid biopsy. Cancer Commun (Lond). 2019 Mar 29;39(1):12. doi: 10.1186/s40880-019-0356-x.
- Xu C, Mannucci A, Esposito F, Oliveres H, Alonso-Orduna V, Yubero A, Fernandez-Martos C, Salud A, Gallego J, Martin-Richard M, Fernandez-Plana J, Guillot M, Aparicio J, Fakih M, Kopetz S, Feliu J, Maurel J, Goel A. An Exosome-Based Liquid Biopsy Predicts Depth of Response and Survival Outcomes to Cetuximab and Panitumumab in Metastatic Colorectal Cancer: The EXONERATE Study. Clin Cancer Res. 2025 Mar 17;31(6):1002-1015. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-24-1934.
- Koroukian SM, Booker BD, Vu L, Schumacher FR, Rose J, Cooper GS, Selfridge JE, Markt SC. Receipt of Targeted Therapy and Survival Outcomes in Patients With Metastatic Colorectal Cancer. JAMA Netw Open. 2023 Jan 3;6(1):e2250030. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2022.50030.
- Tirendi S, Marengo B, Domenicotti C, Bassi AM, Almonti V, Vernazza S. Colorectal cancer and therapy response: a focus on the main mechanisms involved. Front Oncol. 2023 Jul 19;13:1208140. doi: 10.3389/fonc.2023.1208140. eCollection 2023.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, He C, Zhang W, Bissonnette M. 5-Hydroxymethylated Biomarkers in Cell-Free DNA Predict Occult Colorectal Cancer up to 36 Months Before Diagnosis in the Prostate, Lung, Colorectal, and Ovarian Cancer Screening Trial. JCO Precis Oncol. 2024 Oct;8:e2400277. doi: 10.1200/PO.24.00277. Epub 2024 Oct 11.
- West-Szymanski DC, Zhang Z, Cui XL, Kowitwanich K, Gao L, Deng Z, Dougherty U, Williams C, Merkle S, Moore M, He C, Bissonnette M, Zhang W. Machine learning identifies cell-free DNA 5-hydroxymethylation biomarkers that detect occult colorectal cancer in PLCO Screening Trial subjects. bioRxiv [Preprint]. 2024 Feb 26:2024.02.25.581955. doi: 10.1101/2024.02.25.581955.
- Song D, Zhang Z, Zheng J, Zhang W, Cai J. 5-Hydroxymethylcytosine modifications in circulating cell-free DNA: frontiers of cancer detection, monitoring, and prognostic evaluation. Biomark Res. 2025 Mar 7;13(1):39. doi: 10.1186/s40364-025-00751-9.
- Baldassarre G, L de la Serna I, Vallette FM. Death-ision: the link between cellular resilience and cancer resistance to treatments. Mol Cancer. 2025 May 15;24(1):144. doi: 10.1186/s12943-025-02339-1.
- Ferrara R, Imbimbo M, Malouf R, Paget-Bailly S, Calais F, Marchal C, Westeel V. Single or combined immune checkpoint inhibitors compared to first-line platinum-based chemotherapy with or without bevacizumab for people with advanced non-small cell lung cancer. Cochrane Database Syst Rev. 2021 Apr 30;4(4):CD013257. doi: 10.1002/14651858.CD013257.pub3.
- Guler GD, Ning Y, Coruh C, Mognol GP, Phillips T, Nabiyouni M, Hazen K, Scott A, Volkmuth W, Levy S. Plasma cell-free DNA hydroxymethylation profiling reveals anti-PD-1 treatment response and resistance biology in non-small cell lung cancer. J Immunother Cancer. 2024 Jan 11;12(1):e008028. doi: 10.1136/jitc-2023-008028.
- Nelson MA, Shetty S, Kulakodlu M, Harley C, Seal B. A comparison of mortality and costs associated with FOLFOX versus FOLFIRI in stage IV colorectal cancer. J Med Econ. 2011;14(2):179-86. doi: 10.3111/13696998.2011.556693. Epub 2011 Feb 14.
- Bond MJG, Bolhuis K, Loosveld OJL, de Groot JWB, Droogendijk H, Helgason HH, Hendriks MP, Klaase JM, Kazemier G, Liem MSL, Rijken AM, Verhoef C, de Wilt JHW, de Jong KP, Gerhards MF, van Amerongen MJ, Engelbrecht MRW, van Lienden KP, Hermans JJ, Molenaar IQ, Grunhagen DJ, de Valk B, Haberkorn BCM, Kerver ED, Erdkamp F, van Alphen RJ, Mathijssen-van Stein D, Komurcu A, May AM, Swijnenburg RJ, Punt CJA; Dutch Colorectal Cancer Group. First-Line Systemic Treatment for Initially Unresectable Colorectal Liver Metastases: Post Hoc Analysis of the CAIRO5 Randomized Clinical Trial. JAMA Oncol. 2025 Jan 1;11(1):36-45. doi: 10.1001/jamaoncol.2024.5174.
- Neugut AI, Lin A, Raab GT, Hillyer GC, Keller D, O'Neil DS, Accordino MK, Kiran RP, Wright J, Hershman DL. FOLFOX and FOLFIRI Use in Stage IV Colon Cancer: Analysis of SEER-Medicare Data. Clin Colorectal Cancer. 2019 Jun;18(2):133-140. doi: 10.1016/j.clcc.2019.01.005. Epub 2019 Jan 31.
- Gibbons CE, Khan F. Dysphagia--a presenting symptom of forestier disease. J R Army Med Corps. 1996 Feb;142(1):32-3. doi: 10.1136/jramc-142-01-07.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
21. června 2024
Primární dokončení (Odhadovaný)
18. června 2026
Dokončení studie (Odhadovaný)
18. června 2026
Termíny zápisu do studia
První předloženo
3. listopadu 2025
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
3. listopadu 2025
První zveřejněno (Odhadovaný)
5. listopadu 2025
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)
5. listopadu 2025
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
3. listopadu 2025
Naposledy ověřeno
1. listopadu 2025
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 23228/EpiCORE
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Popis plánu IPD
Údaje shromážděné pro studii budou zpřístupněny ostatním, včetně anonymizovaných údajů o účastnících, při zveřejnění studie prostřednictvím podepsané dohody o přístupu k údajům a na základě uvážení schválení navrhovaného použití těchto údajů ze strany výzkumníků.
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .