Omické vědy pro identifikaci patogenetických mechanismů a biomarkerů u neurodegenerativních onemocnění (NeurOmics)

Cílem studie je využití 'omics' věd s využitím nejpokročilejších v současné době dostupných technologií za účelem identifikace patogenních genomických variant, proteinů a/nebo alterovaných molekulárních drah u neurodegenerativních onemocnění a získání nové a úplnější charakterizace subjektů postižených studovanými neurodegenerativními onemocněními. Díky integraci genomických, genové exprese (transkriptomických a epigenomických), proteinových a metabolických dat a klinických dat si studie také klade za cíl identifikovat nové markery pro diagnostiku, prognózu, a to i z hlediska odpovědi na terapii, a monitorování neurodegenerativních onemocnění.

Studie zahrnuje zařazení nejméně 1 200 jedinců s neurodegenerativním onemocněním.

Studijní populace se skládá z pacientů s neurodegenerativními onemocněními z IRCCS Ospedale Policlinico San Martino v Janově a z Nadace IRCCS Cà Granda Ospedale Maggiore Policlinico v Miláně a případně dalších jednotek, které by se po schválení etickou komisí mohly do studie zapojit. Subjekty vhodné pro zařazení budou identifikovány během ambulantních návštěv naplánovaných v rámci klinických kontrol ve dvou centrech. Během těchto návštěv bude pacientům navrženo zapojení do studie. Klinická diagnóza bude stanovena podle kritérií používaných pro každý podtyp neurodegenerativního onemocnění a podrobně popsána v projektu.

Od pacientů zařazených do studie budou odebrány různé typy biologických vzorků, především periferní krev, sliny (pokud není možné odběr krve) a moč. Vzorky budou odebrány během pravidelného odběru při jedné z kontrolních návštěv.

Na odebraných biologických vzorcích a/nebo jejich derivátech budou provedeny 'omics' analýzy, především genomika, transkriptomika, epigenomika atd.

Analýzy mohou být provedeny na genetickém materiálu extrahovaném z celé periferní krve, slin, PBMC (mononukleárních buněk periferní krve), plazmy, séra a/nebo moči.

Alikvot DNA, pseudonymizovaný, bude odeslán do laboratoří Italského technologického institutu (Janov a Aosta) pro genomovou a další omics analýzu.

Alikvot DNA a deriváty z odběru (sérum, plazma, PBMC) budou uloženy v biobance klinických center, kam jsou pacienti odesíláni.

Studie nepředpokládá použití experimentálních léků nebo jiných zásahů u pacienta kromě těch, které jsou předpokládány v diagnostické rutině.

Studie plánuje charakterizovat z 'omics' hlediska přibližně 1 200 pacientů postižených neurodegenerativními onemocněními a příslušejících k IRCCS Policlinico San Martino v Janově a k Nadaci IRCCS Policlinico Cà Granda v Miláně a případně dalších jednotek, které by se po schválení příslušným etickým výborem mohly do studie zapojit.

Cílem studie pro různé patologie zájmu je identifikovat prostřednictvím studia genomu jednoduché a polygenní varianty, jak vzácné tak běžné, jednoduché nukleotidové (SNV) a/nebo strukturální (jako CNV, inserce, translokace, inverze a inserty mobilních elementů (MEI)), které by mohly být příčinné nebo konferovat zvýšené riziko vzniku onemocnění. Navíc, integrace genomických dat s dalšími 'omics' vědmi umožní korelovat přítomnost takových variací s genovou, proteinovou a metabolickou expresí, vymezit různé trajektorie molekulárních mechanismů spojených s neurodegenerací, jejich dopad na progresi onemocnění a identifikaci nových terapeutických cílů.