Omiikka tieteet patogeenisten mekanismien ja biomarkkereiden tunnistamiseksi neurodegeneratiivisissa sairauksissa (NeurOmics)

Tutkimuksen tavoitteena on käyttää 'omiikka'-tieteitä, hyödyntäen tällä hetkellä saatavilla olevia kehittyneimpiä teknologioita, tunnistaakseen neurodegeneratiivisten sairauksien patogeenisiä genomeja, proteiineja ja/tai muuttuneita molekyylireittejä sekä saadakseen uuden ja täydellisemmän kuvauksen tutkittavien neurodegeneratiivisten sairauksien sairastuneista henkilöistä. Genomisten, geenien ilmentymisen (transkriptomiikan ja epigeneettisen), proteiini- ja metaboliatietojen sekä kliinisten tietojen integroinnin ansiosta tutkimuksen tavoitteena on myös tunnistaa uusia markkereita neurodegeneratiivisten sairauksien diagnosointiin, ennusteeseen, myös hoidon vastaukseen liittyen, sekä seurantaan.

Tutkimus sisältää vähintään 1 200 neurodegeneratiivista sairautta sairastavan henkilön rekrytoinnin.

Tutkimuspopulaatio koostuu neurodegeneratiivisia sairauksia sairastavista potilaista Genovan IRCCS Ospedale Policlinico San Martinosta ja Milanon IRCCS Cà Granda Ospedale Maggiore Policlinico -säätiöstä sekä mahdollisista muista yksiköistä, jotka saattavat haluta osallistua tutkimukseen eettisen toimikunnan hyväksynnän jälkeen. Rekrytointikelpoiset henkilöt tunnistetaan kahden keskuksen kliinisten tarkastusten aikana suunnitelluilla poliklinikkakäynneillä. Näiden käyntien aikana potilaille ehdotetaan osallistumista tutkimukseen. Kliininen diagnoosi tehdään kunkin neurodegeneratiivisen sairauden alatyyppiä varten käytettyjen kriteerien mukaisesti, jotka on yksityiskohtaisesti kuvattu hankkeessa.

Rekrytoiduilta potilailta kerätään erityyppisiä biologisia näytteitä, pääasiassa perifeeristä verta, sylkiä (jos verinäytteenotto ei ole mahdollista) ja virtsaa. Näytteet otetaan säännöllisen näytteenoton yhteydessä jollakin seurantakäynneistä.

Omiikka-analyysejä, pääasiassa genomiikkaa, transkriptomiikkaa, epigeneetiikkaa jne., suoritetaan otetuista biologisista näytteistä ja/tai niiden johdannaisista.

Analyysejä voidaan suorittaa perifeerisestä koko verestä, syljestä, PBMC-soluista (perifeeriset veren mononukleaariset solut), plasmasta, seerumista ja/tai virtsasta eristetylle geneettiselle materiaalille.

Anonyymisoitu DNA-annos lähetetään Italian teknologian instituutin (Genova ja Aosta) laboratorioihin genomi- ja muiden omiikka-analyysejä varten.

DNA-annos ja keräyksen johdannaiset (seerumi, plasma, PBMC) varastoidaan potilaiden hoitokeskusten biopankkiin.

Tutkimus ei edellytä kokeellisten lääkkeiden tai muiden potilaan toimenpiteiden käyttöä, paitsi niitä, jotka on ennakoitu diagnostisessa rutiinissa.

Tutkimus suunnittelee karakterisoida noin 1 200 neurodegeneratiivisia sairauksia sairastavaa potilasta 'omiikka'-näkökulmasta, jotka liittyvät Genovan IRCCS Policlinico San Martinoon ja Milanon Fondazione IRCCS Policlinico Cà Grandaan sekä mahdollisiin muihin yksiköihin, jotka saattavat haluta osallistua tutkimukseen asianmukaisen eettisen toimikunnan hyväksynnän jälkeen.

Tutkimuksen tavoitteena eri kiinnostuksen kohteena oleville patologioille on tunnistaa genomin tutkimuksen kautta yksittäisiä ja polygeenisiä variantteja, sekä harvinaisia että yleisiä, yksittäisiä nukleotidivariantteja (SNV) ja/tai rakenteellisia (kuten CNV, insertioita, translokaatioita, inversioita ja liikkuvia elementtejä (MEI)), jotka voivat olla aiheuttavia tai lisätä sairauden kehittymisen riskiä. Lisäksi genomitietojen integrointi muihin 'omiikka'-tieteisiin mahdollistaa tällaisten variaatioiden korreloinnin geenien, proteiinien ja metabolian ilmentymisen kanssa, hahmotellakseen erilaisia neurodegeneraatioon liittyvien molekyylimekanismien kehityskulkuja, niiden vaikutusta sairauden etenemiseen sekä uusien lääkinnällisten kohteiden tunnistamisen.