Omics-wetenschappen voor de identificatie van pathogenetische mechanismen en biomarkers in neurodegeneratieve ziekten (NeurOmics)

Het onderzoek beoogt gebruik te maken van 'omics'-wetenschappen, waarbij de meest geavanceerde technologieën die momenteel beschikbaar zijn worden ingezet, om pathogene genomische varianten, eiwitten en/of verstoorde moleculaire pathways bij neurodegeneratieve ziekten te identificeren en om een nieuwe en volledigere karakterisering te verkrijgen van proefpersonen die getroffen zijn door de onderzochte neurodegeneratieve ziekten. Dankzij de integratie van genomische, genexpressie- (transcriptomische en epigenomische), eiwit- en metabole gegevens en klinische gegevens, beoogt het onderzoek ook nieuwe markers te identificeren voor de diagnose, prognose, ook in termen van respons op therapie, en monitoring van neurodegeneratieve ziekten.

Het onderzoek omvat de inclusie van minstens 1.200 personen met een neurodegeneratieve ziekte.

De onderzoekspopulatie bestaat uit patiënten met neurodegeneratieve ziekten van het IRCCS Ospedale Policlinico San Martino in Genua en de IRCCS Cà Granda Ospedale Maggiore Policlinico Stichting in Milaan en eventuele andere eenheden die mogelijk willen deelnemen aan het onderzoek na goedkeuring door de ethische commissie. De in aanmerking komende proefpersonen voor inclusie worden geïdentificeerd tijdens de poliklinische afspraken die gepland zijn tijdens de klinische controles in de twee centra. Tijdens deze bezoeken wordt patiënten voorgesteld deel te nemen aan het onderzoek. De klinische diagnose wordt gesteld volgens de criteria die voor elk subtype van neurodegeneratieve ziekte worden gebruikt en die gedetailleerd zijn beschreven in het project.

Er worden verschillende soorten biologische monsters verzameld van patiënten die deelnemen aan het onderzoek, voornamelijk perifeer bloed, speeksel (indien bloedafname niet mogelijk is) en urine. Monsters worden afgenomen tijdens reguliere afnames bij een van de vervolgbezoeken.

Er worden 'omics'-analyses, voornamelijk genomica, transcriptomica, epigenomica, enz., uitgevoerd op de afgenomen biologische monsters en/of hun derivaten.

Analyses kunnen worden uitgevoerd op genetisch materiaal geëxtraheerd uit vol perifeer bloed, speeksel, PBMC's (perifere bloedmononucleaire cellen), plasma, serum en/of urine.

Een geanonimiseerd aliquot DNA wordt naar de laboratoria van het Italiaanse Instituut voor Technologie (Genua en Aosta) gestuurd voor genoom- en andere omics-analyses.

Een aliquot DNA en de derivaten van de verzameling (serum, plasma, PBMC) worden opgeslagen in de Biobank van de Klinische Centra waar de patiënten onder behandeling zijn.

Het onderzoek voorziet niet in het gebruik van experimentele geneesmiddelen of andere interventies bij de patiënt, anders dan die welke zijn voorzien in de diagnostische routine.

Het onderzoek is van plan om vanuit een 'omics'-perspectief ongeveer 1.200 patiënten te karakteriseren die getroffen zijn door neurodegeneratieve ziekten en die verbonden zijn aan het IRCCS Policlinico San Martino in Genua en aan de Fondazione IRCCS Policlinico Cà Granda in Milaan en eventuele andere eenheden die mogelijk willen deelnemen aan het onderzoek na goedkeuring door de desbetreffende ethische commissie.

Het doel van het onderzoek, voor de verschillende pathologieën van belang, is om door bestudering van het genoom enkelvoudige en polygene varianten, zowel zeldzame als veelvoorkomende, enkelvoudige nucleotide (SNV) en/of structurele (zoals CNV, inserties, translocaties, inversies en inserties van mobiele elementen (MEI)) te identificeren die oorzakelijk kunnen zijn of een verhoogd risico op het ontwikkelen van de ziekte kunnen geven. Bovendien zal de integratie van genomische gegevens met andere 'omics'-wetenschappen het mogelijk maken de aanwezigheid van dergelijke variaties te correleren met gen-, eiwit- en metabole expressie, om verschillende trajecten van moleculaire mechanismen geassocieerd met neurodegeneratie te schetsen, hun impact op ziekteprogressie en de identificatie van nieuwe therapeutische doelwitten.