Denne side blev automatisk oversat, og nøjagtigheden af ​​oversættelsen er ikke garanteret. Der henvises til engelsk version for en kildetekst.

Næste generations sekvensering i gastrointestinal cancer

28. juni 2018 opdateret af: Fujian Cancer Hospital
Flydende biopsi er blevet anvendt med succes til behandling og diagnosticering af kræft. cfDNA er blevet mere og mere opmærksom i flydende biopsi. Tidligere undersøgelser har vist, at cfDNA kan bruges til at forudsige effektiviteten af ​​strålebehandling eller kemoterapi til lungekræft, endetarmskræft og kræft i spiserøret. Det er også rapporteret, at cfDNA kan bruges til evaluering af postoperativt tilbagefald af fremskreden gastrisk cancer. Imidlertid er brugen af ​​NGS til at påvise cfDNA i mave-tarmtumorer ikke blevet rapporteret. Formålet med denne undersøgelse er at undersøge sammenhængen mellem cfDNA, cfDNA-tumorbuden med fremskredne mave-tarm-kanal-tumorpatienter og finde ud af prognosegen for avanceret mave-tarm-kanal tumor.

Studieoversigt

Status

Ukendt

Betingelser

Intervention / Behandling

Detaljeret beskrivelse

Prøve-DNA-håndtering: Perifere blodlymfocytter (PBL'er) og plasma blev indsamlet til analyse for hver patient. 10 ml rør indeholdende blodprøver med tilsat EDTA blev centrifugeret ved 1000 g i 10 minutter. Cellepelleterne indeholdende perifere blodlymfocytter blev opbevaret ved -20 °C. Supernatanterne blev centrifugeret igen ved 10.000 g i 10 minutter, og plasma blev opsamlet og opbevaret ved -80°C. Tiangen fuldblods DNA-kit (Tiangen, Beijing, PRC) blev anvendt til at ekstrahere DNA fra henholdsvis perifere blodlymfocytter. QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, tysk) blev brugt til at ekstrahere cfDNA fra plasma. Alle kits blev brugt i henhold til producentens instruktioner.

Biblioteksforberedelse og sekventering: For hver prøve blev DNA kvantificeret med Qubit dsDNA HS Assay-kittet (Life Technologies, USA) som producentens anbefalede protokol. Målrettet amplifikation og Illumina-adapter-ligeret biblioteksforberedelse blev udført under anvendelse af Amplicon Sequencing-Illumina Compatible Kit efter producentens instruktioner (Questgenomics, Nanjing, PRC). Alle prøver blev udsat for Illumina HiSeq X-Ten til parret ende-sekventering (150 bp hver ende). AmpliSeq Cancer Panel dækker 1406 kræft-associerede gener, udviklet af Co. Roche.

Variantkald: Indledende data fra HiSeq X-Ten blev evalueret ved hjælp af fastQC (v0.11.3). Rå læsninger blev kortlagt til referencegenom hg19 ved at bruge BWA (0.7.12-r1039). Program Samtools og VarScan (v2.4.1) blev brugt til variantkald: (1) den gennemsnitlige samlede dækningsdybde blev defineret som >1000 og hver variantdækning som >10; for kaldet variant, mindst én prøve med variantfrekvens >1 %, variantfrekvens for hver prøve >0,5 % og P-værdi

Statistisk analyse: For variantfrekvens mindre end 0,5 % blev 0 erstattet. R (hclust, v3.2.4) blev brugt til variant frekvens clustering analyse for at vise, hvilke typer prøver fra cancerpatienter der ligner mere. Students T-test blev anvendt til sammenligning af cfDNA-koncentration og p

Undersøgelsestype

Observationel

Tilmelding (Forventet)

200

Kontakter og lokationer

Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.

Studiesteder

  • Kina
    • Fujian
      • Fuzhou, Fujian, Kina, 350014
        • Rongbo Lin

Deltagelseskriterier

Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.

Berettigelseskriterier

Aldre berettiget til at studere

  • Barn
  • Voksen
  • Ældre voksen

Tager imod sunde frivillige

Ingen

Køn, der er berettiget til at studere

Alle

Prøveudtagningsmetode

Sandsynlighedsprøve

Studiebefolkning

Fase III/IV mave-tarmkræft

Beskrivelse

Inklusionskriterier:

  • patienter med patologisk bekræftet trin III/IV gastrointestinal cancer
  • alle patienter havde ikke modtaget kemoterapi

Ekskluderingskriterier:

-

Studieplan

Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.

Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?

Design detaljer

  • Observationsmodeller: Kohorte
  • Tidsperspektiver: Fremadrettet

Kohorter og interventioner

Gruppe / kohorte
Intervention / Behandling
Avanceret mave-tarmtumor
200 patienter med patologisk bekræftet avanceret gastrointestinal tumor, som aldrig blev behandlet med kemoterapi på Fujian Cancer Hospital
Diagnostisk test: Enhed: NGS-sekventering cfDNA
NGS-sekventering af cfDNA og Tumorbyrde

Hvad måler undersøgelsen?

Primære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
cfDNA
Tidsramme: 6 måneder
demonstrerer spektret af cfDNA-ændringer/profilering
6 måneder

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Foranstaltningsbeskrivelse
Tidsramme
Tumormutationsbyrde
Tidsramme: 6 måneder
viser forandringer/profilering af tumormutationsbyrden
6 måneder

Samarbejdspartnere og efterforskere

Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.

Sponsor

Fujian Cancer Hospital

Datoer for undersøgelser

Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.

Studer store datoer

Studiestart (Forventet)

1. juli 2018

Primær færdiggørelse (Forventet)

31. december 2020

Studieafslutning (Forventet)

31. december 2020

Datoer for studieregistrering

Først indsendt

18. marts 2018

Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier

18. marts 2018

Først opslået (Faktiske)

23. marts 2018

Opdateringer af undersøgelsesjournaler

Sidste opdatering sendt (Faktiske)

2. juli 2018

Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier

28. juni 2018

Sidst verificeret

1. juni 2018

Mere information

Begreber relateret til denne undersøgelse

Nøgleord

Yderligere relevante MeSH-vilkår

Andre undersøgelses-id-numre

  • FNF-009

Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter

Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt

Ingen

Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt

Ingen

produkt fremstillet i og eksporteret fra U.S.A.

Ingen

Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .

Abonner