Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Секвенирование нового поколения при раке желудочно-кишечного тракта

28 июня 2018 г. обновлено: Fujian Cancer Hospital
Жидкая биопсия успешно применяется для лечения и диагностики рака. вкДНК уделяется все больше внимания в жидкостной биопсии. Предыдущие исследования показали, что вкДНК можно использовать для прогнозирования эффективности лучевой или химиотерапии рака легких, рака прямой кишки и рака пищевода. Также сообщается, что вкДНК можно использовать для оценки послеоперационного рецидива распространенного рака желудка. Однако об использовании NGS для обнаружения вкДНК в опухолях желудочно-кишечного тракта не сообщалось. Целью данного исследования является изучение корреляции между cfDNA, cfDNA опухолевого роста у пациентов с распространенной опухолью желудочно-кишечного тракта и определение гена прогноза распространенной опухоли желудочно-кишечного тракта.

Обзор исследования

Статус

Неизвестный

Условия

Вмешательство/лечение

Подробное описание

Работа с образцами ДНК: лимфоциты периферической крови (PBL) и плазма были собраны для анализа у каждого пациента. Пробирки объемом 10 мл, содержащие образцы крови с добавлением ЭДТА, центрифугировали при 1000 g в течение 10 минут. Осадки клеток, содержащие лимфоциты периферической крови, хранили при -20°С. Супернатанты снова центрифугировали при 10 000 g в течение 10 минут, собирали плазму и хранили при -80°C. Набор ДНК цельной крови Tiangen (Tiangen, Пекин, КНР) использовали для выделения ДНК из лимфоцитов периферической крови, соответственно. Набор циркулирующих нуклеиновых кислот QIAamp (Qiagen, Германия) использовали для выделения вкДНК из плазмы. Все наборы использовались в соответствии с инструкциями производителей.

Подготовка библиотеки и секвенирование. Для каждого образца ДНК определяли количественно с помощью набора Qubit dsDNA HS Assay (Life Technologies, США) в соответствии с протоколом, рекомендованным производителем. Направленную амплификацию и подготовку библиотеки, лигированной с помощью адаптера Illumina, выполняли с использованием набора Amplicon Sequencing-Illumina Compatible Kit в соответствии с инструкциями производителя (Questgenomics, Нанкин, КНР). Все образцы были подвергнуты Illumina HiSeq X-Ten для парного секвенирования (150 пар оснований на каждом конце). Панель AmpliSeq Cancer Panel охватывает 1406 связанных с раком генов, разработанных компанией Roche.

Вызов варианта: исходные данные HiSeq X-Ten были оценены с использованием fastQC (v0.11.3). Необработанные чтения были сопоставлены с эталонным геномом hg19 с использованием BWA (0.7.12-r1039). Для вызова вариантов использовалась программа Samtools и VarScan (v2.4.1): (1) средняя общая глубина покрытия была определена как >1000, а покрытие каждого варианта как >10; для названного варианта, по крайней мере, один образец с частотой вариантов > 1%, частотой вариантов каждого образца > 0,5% и значением P

Статистический анализ： Для частоты вариантов менее 0,5% был заменен 0. R (hclust, v3.2.4) использовался для анализа частотной кластеризации вариантов, чтобы показать, какие типы образцов от онкологических больных более похожи. Критерий Стьюдента применяли для сравнения концентрации вкДНК и р

Тип исследования

Наблюдательный

Регистрация (Ожидаемый)

200

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Места учебы

  • Китай
    • Fujian
      • Fuzhou, Fujian, Китай, 350014
        • Rongbo Lin

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

  • Ребенок
  • Взрослый
  • Пожилой взрослый

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Полы, имеющие право на обучение

Все

Метод выборки

Вероятностная выборка

Исследуемая популяция

Рак желудочно-кишечного тракта III/IV стадии

Описание

Критерии включения:

  • пациенты с патологически подтвержденным раком желудочно-кишечного тракта III/IV стадии
  • все пациенты не получали химиотерапию

Критерий исключения:

-

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

  • Наблюдательные модели: Когорта
  • Временные перспективы: Перспективный

Когорты и вмешательства

Группа / когорта
Вмешательство/лечение
Прогрессирующая опухоль желудочно-кишечного тракта
200 пациентов с патологически подтвержденной опухолью желудочно-кишечного тракта, которые никогда не лечились химиотерапией в онкологической больнице Фуцзянь.
Диагностический тест: Устройство： NGS-секвенирование cfDNA
NGS-секвенирование вкДНК и опухолевая нагрузка

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
вкДНК
Временное ограничение: 6 месяцев
демонстрирует спектр изменений/профилирования вкДНК
6 месяцев

Вторичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Бремя опухолевых мутаций
Временное ограничение: 6 месяцев
демонстрирует изменения/профилирование бремени опухолевых мутаций
6 месяцев

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

Fujian Cancer Hospital

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Ожидаемый)

1 июля 2018 г.

Первичное завершение (Ожидаемый)

31 декабря 2020 г.

Завершение исследования (Ожидаемый)

31 декабря 2020 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

18 марта 2018 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

18 марта 2018 г.

Первый опубликованный (Действительный)

23 марта 2018 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)

2 июля 2018 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

28 июня 2018 г.

Последняя проверка

1 июня 2018 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Ключевые слова

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • FNF-009

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

продукт, произведенный в США и экспортированный из США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться