Tämä sivu käännettiin automaattisesti, eikä käännösten tarkkuutta voida taata. Katso englanninkielinen versio lähdetekstiä varten.

Uuden sukupolven sekvensointi maha-suolikanavan syövässä

torstai 28. kesäkuuta 2018 päivittänyt: Fujian Cancer Hospital
Nestebiopsiaa on käytetty menestyksekkäästi syövän hoidossa ja diagnosoinnissa. cfDNA:han on kiinnitetty yhä enemmän huomiota nestebiopsiassa. Aiemmat tutkimukset ovat osoittaneet, että cfDNA:ta voidaan käyttää sädehoidon tai kemoterapian tehokkuuden ennustamiseen keuhkosyövän, peräsuolen syövän ja ruokatorven syövän hoidossa. On myös raportoitu, että cfDNA:ta voidaan käyttää pitkälle edenneen mahasyövän postoperatiivisen uusiutumisen arvioimiseen. NGS:n käyttöä cfDNA:n havaitsemiseen maha-suolikanavan kasvaimissa ei kuitenkaan ole raportoitu. Tämän tutkimuksen tarkoituksena on tutkia cfDNA:n, cfDNA tuumori budenin ja pitkälle edenneen maha-suolikanavan kasvainpotilaiden välistä korrelaatiota ja selvittää edenneen maha-suolikanavan kasvaimen ennustegeeni.

Tutkimuksen yleiskatsaus

Tila

Tuntematon

Ehdot

Interventio / Hoito

Yksityiskohtainen kuvaus

Näytteen DNA:n käsittely: Perifeerisen veren lymfosyytit (PBL:t) ja plasma kerättiin analyysiä varten jokaisesta potilaasta. 10 ml:n putkia, jotka sisälsivät verinäytteitä, joihin oli lisätty EDTA:ta, sentrifugoitiin 1000 g:ssä 10 minuuttia. Perifeerisen veren lymfosyyttejä sisältävät solupelletit säilytettiin -20 °C:ssa. Supernatantit sentrifugoitiin uudelleen 10 000 g:llä 10 minuuttia, ja plasma kerättiin ja säilytettiin -80 °C:ssa. Tiangen-kokoveri-DNA-sarjaa (Tiangen, Beijing, PRC) käytettiin DNA:n uuttamiseen perifeerisen veren lymfosyyteistä, vastaavasti. QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, saksa) käytettiin cfDNA:n uuttamiseen plasmasta. Kaikkia sarjoja käytettiin valmistajan ohjeiden mukaisesti.

Kirjaston valmistelu ja sekvensointi: Jokaiselle näytteelle DNA kvantifioitiin Qubit dsDNA HS Assay -testisarjalla (Life Technologies, USA) valmistajan suosittelemana protokollana. Kohdennettu monistus ja Illumina-adapteriligoidun kirjaston valmistelu suoritettiin käyttämällä Amplicon Sequencing-Illumina Compatible Kit -sarjaa valmistajan ohjeiden mukaisesti (Questgenomics, Nanjing, PRC). Kaikki näytteet altistettiin Illumina HiSeq X-Ten -sekvensointiin (150 bp molemmissa päissä). AmpliSeq Cancer Panel kattaa 1406 Co. Rochen kehittämää syöpään liittyvää geeniä.

Varianttien kutsuminen: HiSeq X-Tenin alkuperäiset tiedot arvioitiin käyttämällä fastQC:tä (v0.11.3). Raakalukemat kartoitettiin referenssigenomiin hg19 käyttämällä BWA:ta (0.7.12-r1039). Varianttien kutsumiseen käytettiin ohjelmaa Samtools ja VarScan (v2.4.1): (1) keskimääräiseksi kokonaispeittoalueeksi määritettiin >1000 ja kunkin muunnelman peittoalueeksi >10; kutsutulle variantille vähintään yksi näyte, jonka muunnelman taajuus on > 1 %, kunkin näytteen muunnelman taajuus > 0,5 % ja P-arvo

Tilastollinen analyysi: Alle 0,5 %:n muunnelman taajuudelle 0 korvattiin. R:tä (hclust, v3.2.4) käytettiin muunnelmien taajuuden klusterointianalyysiin sen osoittamiseksi, minkä tyyppiset syöpäpotilaiden näytteet ovat samankaltaisempia. Studentin T-testiä käytettiin cfDNA-pitoisuuden ja p

Opintotyyppi

Havainnollistava

Ilmoittautuminen (Odotettu)

200

Yhteystiedot ja paikat

Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.

Opiskelupaikat

  • Kiina
    • Fujian
      • Fuzhou, Fujian, Kiina, 350014
        • Rongbo Lin

Osallistumiskriteerit

Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.

Kelpoisuusvaatimukset

Opintokelpoiset iät

  • Lapsi
  • Aikuinen
  • Vanhempi Aikuinen

Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia

Ei

Sukupuolet, jotka voivat opiskella

Kaikki

Näytteenottomenetelmä

Todennäköisyysnäyte

Tutkimusväestö

Vaiheen III/IV maha-suolikanavan syöpä

Kuvaus

Sisällyttämiskriteerit:

  • potilailla, joilla on patologisesti vahvistettu vaiheen III/IV maha-suolikanavan syöpä
  • kaikki potilaat eivät olleet saaneet kemoterapiaa

Poissulkemiskriteerit:

-

Opintosuunnitelma

Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.

Miten tutkimus on suunniteltu?

Suunnittelun yksityiskohdat

  • Havaintomallit: Kohortti
  • Aikanäkymät: Tulevaisuuden

Kohortit ja interventiot

Ryhmä/Kohortti
Interventio / Hoito
Edistynyt maha-suolikanavan kasvain
200 potilasta, joilla on patologisesti vahvistettu pitkälle edennyt maha-suolikanavan kasvain, joita ei koskaan hoidettu kemoterapialla Fujianin syöpäsairaalassa
Diagnostinen testi: Laite: NGS-sekvensointi cfDNA
NGS-sekvensointi cfDNA ja Tumor Burden

Mitä tutkimuksessa mitataan?

Ensisijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
cfDNA
Aikaikkuna: 6 kuukautta
osoittaa cfDNA-muutosten/profiloinnin kirjon
6 kuukautta

Toissijaiset tulostoimenpiteet

Tulosmittaus
Toimenpiteen kuvaus
Aikaikkuna
Kasvainmutaatiotaakka
Aikaikkuna: 6 kuukautta
osoittaa kasvaimen mutaatiotaakan muutoksia/profilointia
6 kuukautta

Yhteistyökumppanit ja tutkijat

Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.

Sponsori

Fujian Cancer Hospital

Opintojen ennätyspäivät

Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan ​​julkisella verkkosivustolla.

Opi tärkeimmät päivämäärät

Opiskelun aloitus (Odotettu)

Sunnuntai 1. heinäkuuta 2018

Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)

Torstai 31. joulukuuta 2020

Opintojen valmistuminen (Odotettu)

Torstai 31. joulukuuta 2020

Opintoihin ilmoittautumispäivät

Ensimmäinen lähetetty

Sunnuntai 18. maaliskuuta 2018

Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit

Sunnuntai 18. maaliskuuta 2018

Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)

Perjantai 23. maaliskuuta 2018

Tutkimustietojen päivitykset

Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)

Maanantai 2. heinäkuuta 2018

Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit

Torstai 28. kesäkuuta 2018

Viimeksi vahvistettu

Perjantai 1. kesäkuuta 2018

Lisää tietoa

Tähän tutkimukseen liittyvät termit

Avainsanat

Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja

Muut tutkimustunnusnumerot

  • FNF-009

Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta

Ei

Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta

Ei

Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote

Ei

Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .

Tilaa