Ta strona została przetłumaczona automatycznie i dokładność tłumaczenia nie jest gwarantowana. Proszę odnieść się do angielska wersja za tekst źródłowy.

Sekwencjonowanie nowej generacji w raku przewodu pokarmowego

28 czerwca 2018 zaktualizowane przez: Fujian Cancer Hospital
Płynna biopsja jest z powodzeniem stosowana w leczeniu i diagnostyce nowotworów. cfDNA poświęca się coraz więcej uwagi w biopsji płynnej. Wcześniejsze badania wykazały, że cfDNA można wykorzystać do przewidywania skuteczności radioterapii lub chemioterapii raka płuc, raka odbytnicy i raka przełyku. Istnieją również doniesienia, że ​​cfDNA można wykorzystać do oceny pooperacyjnego nawrotu zaawansowanego raka żołądka. Jednak nie opisano zastosowania NGS do wykrywania cfDNA w nowotworach przewodu pokarmowego. Celem tego badania jest zbadanie korelacji między cfDNA, cfDNA guza nowotworowego z zaawansowanymi nowotworami przewodu pokarmowego oraz poznanie genu rokowniczego zaawansowanego nowotworu przewodu pokarmowego.

Przegląd badań

Status

Nieznany

Warunki

Interwencja / Leczenie

Szczegółowy opis

Postępowanie z próbką DNA: Limfocyty krwi obwodowej (PBL) i osocze pobrano do analizy dla każdego pacjenta. Probówki o pojemności 10 ml zawierające próbki krwi z dodatkiem EDTA wirowano przy 1000 g przez 10 min. Osady komórek zawierające limfocyty krwi obwodowej przechowywano w temperaturze -20°C. Supernatanty ponownie wirowano przy 10 000 g przez 10 minut, po czym zebrano osocze i przechowywano w temperaturze -80°C. Do ekstrakcji DNA z limfocytów krwi obwodowej zastosowano zestaw Tiangen full blood DNA Kit (Tiangen, Pekin, ChRL). QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Niemcy) zastosowano do ekstrakcji cfDNA z osocza. Wszystkie zestawy stosowano zgodnie z zaleceniami producentów.

Przygotowanie biblioteki i sekwencjonowanie: Dla każdej próbki DNA oznaczano ilościowo za pomocą zestawu Qubit dsDNA HS Assay (Life Technologies, USA) zgodnie z protokołem zalecanym przez producenta. Ukierunkowaną amplifikację i przygotowanie biblioteki zligowanej adapterem Illumina przeprowadzono przy użyciu zestawu kompatybilnego z sekwencjonowaniem Amplicon-Illumina zgodnie z instrukcjami producenta (Questgenomics, Nanjing, ChRL). Wszystkie próbki poddano Illumina HiSeq X-Ten w celu sekwencjonowania sparowanych końców (150 pz na każdym końcu). Panel AmpliSeq Cancer Panel obejmuje 1406 genów związanych z rakiem, opracowanych przez firmę Roche.

Wywołanie wariantu: Początkowe dane z HiSeq X-Ten zostały ocenione przy użyciu fastQC (v0.11.3). Surowe odczyty zmapowano do genomu referencyjnego hg19 przy użyciu BWA (0.7.12-r1039). Do wywołania wariantów użyto programu Samtools i VarScan (v2.4.1): (1) średnia całkowita głębokość pokrycia została zdefiniowana jako >1000, a pokrycie każdego wariantu jako >10; dla wywołanego wariantu co najmniej jedna próbka o częstości wariantów >1%, częstości wariantów każdej próbki >0,5% oraz wartość P

Analiza statystyczna: W przypadku częstotliwości wariantów mniejszej niż 0,5% zastąpiono 0. R (hclust, v3.2.4) został użyty do analizy grupowania wariantów częstotliwości, aby pokazać, jakie rodzaje próbek od pacjentów z rakiem są bardziej podobne. Do porównania stężenia cfDNA i p

Typ studiów

Obserwacyjny

Zapisy (Oczekiwany)

200

Kontakty i lokalizacje

Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.

Lokalizacje studiów

  • Chiny
    • Fujian
      • Fuzhou, Fujian, Chiny, 350014
        • Rongbo Lin

Kryteria uczestnictwa

Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.

Kryteria kwalifikacji

Wiek uprawniający do nauki

  • Dziecko
  • Dorosły
  • Starszy dorosły

Akceptuje zdrowych ochotników

Nie

Płeć kwalifikująca się do nauki

Wszystko

Metoda próbkowania

Próbka prawdopodobieństwa

Badana populacja

Rak przewodu pokarmowego w stadium III/IV

Opis

Kryteria przyjęcia:

  • pacjentów z potwierdzonym patologicznie rakiem przewodu pokarmowego w III/IV stopniu zaawansowania
  • wszyscy pacjenci nie otrzymali chemioterapii

Kryteria wyłączenia:

-

Plan studiów

Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.

Jak projektuje się badanie?

Szczegóły projektu

  • Modele obserwacyjne: Kohorta
  • Perspektywy czasowe: Spodziewany

Kohorty i interwencje

Grupa / Kohorta
Interwencja / Leczenie
Zaawansowany nowotwór przewodu pokarmowego
200 pacjentów z patologicznie potwierdzonym zaawansowanym nowotworem przewodu pokarmowego, którzy nigdy nie byli leczeni chemioterapią w Fujian Cancer Hospital
Test diagnostyczny: Urządzenie: sekwencjonowanie NGS cfDNA
Sekwencjonowanie NGS cfDNA i obciążenie nowotworem

Co mierzy badanie?

Podstawowe miary wyniku

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
cfDNA
Ramy czasowe: 6 miesięcy
pokazuje spektrum zmian/profilowania cfDNA
6 miesięcy

Miary wyników drugorzędnych

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Obciążenie mutacjami nowotworowymi
Ramy czasowe: 6 miesięcy
pokazuje zmiany/profilowanie obciążenia mutacją guza
6 miesięcy

Współpracownicy i badacze

Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.

Sponsor

Fujian Cancer Hospital

Daty zapisu na studia

Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.

Główne daty studiów

Rozpoczęcie studiów (Oczekiwany)

1 lipca 2018

Zakończenie podstawowe (Oczekiwany)

31 grudnia 2020

Ukończenie studiów (Oczekiwany)

31 grudnia 2020

Daty rejestracji na studia

Pierwszy przesłany

18 marca 2018

Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości

18 marca 2018

Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)

23 marca 2018

Aktualizacje rekordów badań

Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)

2 lipca 2018

Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości

28 czerwca 2018

Ostatnia weryfikacja

1 czerwca 2018

Więcej informacji

Terminy związane z tym badaniem

Słowa kluczowe

Dodatkowe istotne warunki MeSH

Inne numery identyfikacyjne badania

  • FNF-009

Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze

Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA

Nie

produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA

Nie

Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .

Subskrybuj