El papel de la disbiosis de la microbiota intestinal en la patogenia del SOP.

Tecnología de secuenciación metagenómica La secuenciación metagenómica es la principal técnica utilizada en este estudio. La metagenómica, también conocida como economía, fue propuesta por primera vez por Handelman y estudia la composición molecular de las poblaciones microbianas, sus interacciones y las funciones de los genes.

En medicina, la metagenómica compara los cambios estructurales y funcionales de las comunidades microbianas humanas en estados normales y de enfermedad. Puede analizar la diversidad y las diferencias funcionales de las comunidades microbianas de individuos sanos y de pacientes con enfermedades, y así determinar cómo las enfermedades se relacionan con los cambios en las comunidades microbianas y en sus respectivas redes metabólicas. Por lo tanto, la metagenómica proporciona evidencia teórica para la prevención, detección y tratamiento de enfermedades. En la actualidad, el Proyecto Microbioma Humano de renombre internacional (HMP, http://www.hmpdacc.org/) y la Metagenómica del Tracto Intestinal Humano (MetaHIT) son aplicaciones típicas de la metagenómica en medicina.

[Especies metagenómicas, genes y anotación funcional]

① Control de calidad de los datos: los datos sin procesar secuenciados contendrán una cierta cantidad de datos de baja calidad, por lo que se debe realizar un control de calidad. Solo los datos de alta calidad pueden reflejar correctamente la presencia real de microorganismos en la muestra.

② Ensamblaje del metagenoma: según los datos limpios, las muestras individuales se ensamblarán por separado al principio, luego las lecturas que no participen en el ensamblaje anterior se combinarán y mezclarán para el ensamblaje. Esto aumentará la profundidad de secuenciación de especies de baja abundancia en cada muestra y proporcionará más información de secuenciación para cada especie.

③ Predicción de genes: MetaGeneMark se utilizará para la predicción de genes basada en muestras individuales y scaftigs ensamblados de forma mixta. La redundancia de todos los genes previstos se reducirá para obtener un conjunto de genes Uniq. Luego, los datos limpios de cada muestra se compararán con el conjunto de genes y se determinará la abundancia del conjunto de genes para cada muestra.

④ Anotación de especies: se utilizarán datos limpios para el control de calidad. Se comparará con una anotación según las bases de datos del genoma de referencia de bacterias, arqueas, virus y hongos del NCBI. Se obtendrá una tabla de abundancia de especies para cada muestra en diferentes niveles de clasificación.

⑤ Anotación funcional: la anotación funcional y las estadísticas de abundancia se basarán en el conjunto de genes Uniq y la base de datos KEGG.