Genominlaajuinen yhden solun haplotyypitys geneerisenä menetelmänä preimplantaatiota edeltävään geneettiseen diagnoosiin

Tutkijat ovat aiemmin kehittäneet lähestymistapoja SNP-, CNV- ja haplo-tyyppisiin yksittäisiin ihmissoluihin (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Nämä menetelmät antavat mahdollisuuden kehittyä uudeksi geneeriseksi diagnostiseksi tekniikaksi, joka laajentaa niiden sairausalleelien kirjoa, joita vastaan ​​voidaan valita preimplantaatiogeenidiagnoosin (PGD) aikana ja jonka avulla voidaan auttaa niitä pariskuntia, joita PGD ei vielä voi tukea. PGD ​​on yhden blastomeerin geneettinen analyysi koeputkihedelmöitetystä (IVF) alkiosta, ja sitä tarjotaan pariskunnille välttääkseen periytyvien geneettisten häiriöiden siirtymisen jälkeläisiinsä. PGD-analyysit tehdään (1) autosomaalisten dominanttien tai resessiivisten monogeenisten sairauksien, (2) X-kytkeytyneiden sairauksien ja (3) kromosomipoikkeavuuksien varalta, jotka voivat johtaa aneuploidiseen hedelmöittymiseen. Tämä uusi menetelmä on todennäköisesti parempi suorituskyky ja siten korvaa nykyiset tekniikat preimplantaatiota edeltävässä geneettisessä diagnoosissa. Tässä projektissa tutkijat tuovat teknologian periaatteen todistamisesta kliiniseen sovellukseen. Tätä varten tutkijat tekevät laskennallisia parannuksia tarkan yksittäisen blastomeerin SNP-, CNV- ja haplotyypitykseen ja suorittavat laajan validointitutkimuksen. Validointitutkimusta varten tutkijat analysoivat 60:stä eri alkuperää olevasta ylimääräisestä alkiosta peräisin olevien blastomeerien genomit: (1) Alkiot, jotka on diagnosoitu geneettisesti epänormaaleiksi nykyisten PCR- ja FISH-protokollien avulla. (2) Alkiot, jotka on diagnosoitu normaalisti tutkitulla alueella nykyisten PCR- ja FISH-protokollien avulla, mutta eivät riittävän laadukkaita siirrettäväksi tai pakastettaviksi. (3) Sen sukupuolen alkiot, joka on valittu PGD-pohjaisen sukupuolen valinnan vastaisesti, tai alkiot, joiden sukupuoli on valittu, mutta jonka laatu on riittämätön siirrettäväksi tai pakastettavaksi. (4) Alkiot, joille ei otettu biopsiaa PGD-syklissä, koska niillä on lievä kasvuviive. Tämän validointitutkimuksen avulla voimme arvioida (1) kliinisen validiteetin (väärä positiivinen ja negatiivinen osuus) ja (2) kliinisen sovellettavuuden (käytön helppouden, onnistumisasteen jne. suhteen). Lisäksi se tuo meille oleellisia lisäperustaisia ​​näkemyksiä kromosomaalisen epävakauden alkuperästä ja mekanismeista varhaisen alkion synnyn aikana ja sen seurauksista PGD:n kliinisissä sovelluksissa. Lopuksi validointitutkimuksen jälkeen tämä projekti toteuttaa kliinisesti tekniikan 10 perheen hoitamiseksi.