Genomomfattande encellig haplotypning som en generisk metod för preimplantationsgenetisk diagnostik

Utredarna har tidigare utvecklat metoder för SNP-, CNV- och haplo-typ enstaka mänskliga celler (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Dessa metoder öppnar möjligheten att utvecklas till en ny generisk diagnostisk teknik som breddar spektrumet av sjukdomsalleler som kan selekteras mot under preimplantationsgenetisk diagnostik (PGD) och som gör det möjligt att hjälpa de par som ännu inte kan försörjas av PGD. PGD ​​är den genetiska analysen av en enstaka blastomer från ett in vitro-fertiliserat (IVF) embryo och det erbjuds till par för att undvika överföring av ärftliga genetiska störningar till deras avkomma. PGD-analyser utförs för (1) autosomalt dominanta eller recessiva monogena sjukdomar, (2) X-kopplade störningar och (3) kromosomavvikelser som kan resultera i aneuploida befruktningar. Denna nya metod kommer sannolikt att överträffa och därmed ersätta nuvarande tekniker för preimplantationsgenetisk diagnostik. I detta projekt kommer utredarna att föra tekniken från ett proof-of-princip till den kliniska tillämpningen. För detta ändamål kommer utredarna att göra beräkningsförbättringar för exakt enkelblastomer SNP-, CNV- och haplotypning och utföra en stor valideringsstudie. För valideringsstudien kommer forskarna att analysera genomen av blastomererna som härrör från 60 reservembryon av olika ursprung: (1) Embryon diagnostiserade som genetiskt onormala med hjälp av nuvarande PCR- och FISH-protokoll. (2) Embryon diagnostiserade som normala för den undersökta regionen med hjälp av nuvarande PCR- och FISH-protokoll, men inte av tillräcklig kvalitet för att överföras eller frysas. (3) Embryon av det kön som väljs mot efter PGD-baserad könsselektion, eller embryon av det kön som väljs ut för men av otillräcklig kvalitet för att kunna överföras eller frysas. (4) Embryon som inte biopsierades i en PGD-cykel eftersom de lider av en liten tillväxtfördröjning. Denna valideringsstudie kommer att tillåta oss att utvärdera (1) den kliniska validiteten (falsk positiv och negativ frekvens) och (2) klinisk tillämpbarhet (i termer av användarvänlighet, framgångsfrekvens, etc.). Dessutom kommer det att ge oss väsentliga ytterligare grundläggande insikter i ursprunget och mekanismerna för kromosomal instabilitet som fungerar under tidig embryogenes och dess konsekvenser för kliniska tillämpningar av PGD. Slutligen, efter valideringsstudien, kommer detta projekt kliniskt att implementera tekniken för att behandla 10 familjer.