Genomomfattende enkeltcellehaplotyping som en generisk metode til præimplantationsgenetisk diagnose

Forskerne har tidligere udviklet tilgange til SNP-, CNV- og haplo-type enkelte humane celler (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Disse metoder åbner mulighed for at blive udviklet til en ny generisk diagnostisk teknik, som udvider spektret af sygdomsalleller, der kan selekteres imod under præimplantationsgenetisk diagnose (PGD), og som gør det muligt at hjælpe de par, der endnu ikke kan understøttes af PGD. PGD ​​er den genetiske analyse af en enkelt blastomer fra et in vitro-fertiliseret (IVF) embryo, og det tilbydes par for at undgå overførsel af arvelige genetiske lidelser til deres afkom. PGD-analyser udføres for (1) autosomale dominante eller recessive monogene sygdomme, (2) X-bundne lidelser og (3) kromosomafvigelser, der kan resultere i aneuploide undfangelser. Denne nye metode vil sandsynligvis overgå og dermed erstatte nuværende teknikker til præimplantations genetisk diagnose. I dette projekt vil efterforskerne bringe teknologien fra et proof-of-princip til den kliniske anvendelse. Til dette formål vil efterforskerne foretage beregningsforbedringer til nøjagtig enkelt blastomer SNP-, CNV- og haplo-typning og udføre en stor valideringsundersøgelse. Til valideringsundersøgelsen vil efterforskerne analysere genomerne af blastomererne afledt af 60 reserveembryoner af forskellig oprindelse: (1) Embryoer diagnosticeret som genetisk unormale ved hjælp af nuværende PCR- og FISH-protokoller. (2) Embryoer diagnosticeret som normale for den undersøgte region ved hjælp af nuværende PCR- og FISH-protokoller, men ikke af tilstrækkelig kvalitet til at blive overført eller frosset. (3) Embryoner af det køn, der er udvalgt mod efter PGD-baseret kønsselektion, eller embryoner af det køn, der er udvalgt til, men af ​​utilstrækkelig kvalitet til at blive overført eller nedfryst. (4) Embryoer, der ikke blev biopsieret i en PGD-cyklus, da de lider af en lille vækstforsinkelse. Denne valideringsundersøgelse vil give os mulighed for at evaluere (1) den kliniske validitet (falsk positiv og negativ rate) og (2) klinisk anvendelighed (med hensyn til brugervenlighed, succesrate osv.). Derudover vil det bringe os væsentlig yderligere grundlæggende indsigt i oprindelsen og mekanismerne for kromosomal ustabilitet, der fungerer under tidlig embryogenese og dens konsekvenser for kliniske anvendelser af PGD. Endelig, efter valideringsstudiet, vil dette projekt klinisk implementere teknikken til at behandle 10 familier.