Полногеномное гаплотипирование одиночных клеток как общий метод преимплантационной генетической диагностики

Исследователи ранее разработали подходы к одиночным клеткам человека SNP-, CNV- и гаплотипа (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Эти методы открывают возможность для развития в новый общий диагностический метод, который расширяет спектр аллелей заболеваний, которые могут быть отобраны во время преимплантационной генетической диагностики (ПГД), и который позволяет помочь тем парам, которые еще не могут быть поддержаны ПГД. ПГД представляет собой генетический анализ одного бластомера эмбриона, оплодотворенного in vitro (ЭКО), и предлагается парам, чтобы избежать передачи наследственных генетических нарушений их потомству. Анализы PGD выполняются для (1) аутосомно-доминантных или рецессивных моногенных заболеваний, (2) Х-сцепленных заболеваний и (3) хромосомных аберраций, которые могут привести к анеуплоидным зачатиям. Этот новый метод, вероятно, превзойдет и, следовательно, заменит существующие методы преимплантационной генетической диагностики. В этом проекте исследователи доведут технологию от проверки принципа до клинического применения. С этой целью исследователи сделают вычислительные улучшения для точного одиночного бластомерного SNP-, CNV- и гаплотипирования и проведут большое проверочное исследование. Для проверочного исследования исследователи проанализируют геномы бластомеров, полученных из 60 запасных эмбрионов различного происхождения: (1) Эмбрионы, диагностированные как генетически аномальные с использованием текущих протоколов ПЦР и FISH. (2) Эмбрионы, диагностированные как нормальные для исследуемого региона с использованием текущих протоколов ПЦР и FISH, но недостаточного качества для переноса или замораживания. (3) Эмбрионы того пола, который был выбран в результате отбора по признаку пола на основе ПГД, или эмбрионы того пола, который был выбран для переноса или заморозки, но недостаточного качества. (4) Эмбрионы, которые не подвергались биопсии в цикле ПГД, поскольку у них наблюдается небольшая задержка роста. Это проверочное исследование позволит нам оценить (1) клиническую достоверность (частота ложноположительных и отрицательных результатов) и (2) клиническую применимость (с точки зрения простоты использования, степени успеха и т. д.). Кроме того, это принесет нам существенное дальнейшее фундаментальное понимание происхождения и механизмов хромосомной нестабильности, действующих во время раннего эмбриогенеза, и ее последствий для клинического применения PGD. Наконец, после валидационного исследования в рамках этого проекта метод будет клинически реализован для лечения 10 семей.