Genomomfattende enkeltcellehaplotyping som en generisk metode for preimplantasjonsgenetisk diagnose

Etterforskerne har tidligere utviklet tilnærminger til SNP-, CNV- og haplo-type enkeltmenneskelige celler (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Disse metodene åpner for muligheten til å bli utviklet til en ny generisk diagnostisk teknikk som utvider spekteret av sykdomsalleler som kan selekteres mot under preimplantasjonsgenetisk diagnose (PGD) og som gjør det mulig å hjelpe de parene som ennå ikke kan støttes av PGD. PGD ​​er den genetiske analysen av en enkelt blastomer fra et in vitro-fertilisert (IVF) embryo, og det tilbys par for å unngå overføring av arvelige genetiske lidelser til deres avkom. PGD-analyser utføres for (1) autosomalt dominante eller recessive monogene sykdommer, (2) X-koblede lidelser og (3) kromosomavvik som kan resultere i aneuploide unnfangelser. Denne nye metoden vil sannsynligvis overgå og erstatte nåværende teknikker for preimplantasjons genetisk diagnose. I dette prosjektet vil etterforskerne bringe teknologien fra et proof-of-princip til den kliniske anvendelsen. For dette formål vil etterforskerne gjøre beregningsforbedringer for nøyaktig enkeltblastomer SNP-, CNV- og haplo-typing og utføre en stor valideringsstudie. For valideringsstudien vil etterforskerne analysere genomene til blastomerene avledet fra 60 reserveembryoer av ulik opprinnelse: (1) Embryoer diagnostisert som genetisk unormale ved bruk av gjeldende PCR- og FISH-protokoller. (2) Embryoer diagnostisert som normale for den undersøkte regionen ved bruk av gjeldende PCR- og FISH-protokoller, men ikke av tilstrekkelig kvalitet til å overføres eller fryses. (3) Embryoer av kjønn som er selektert mot etter PGD-basert kjønnsseleksjon, eller embryoer av kjønn som er selektert for men av utilstrekkelig kvalitet til å overføres eller fryses. (4) Embryoer som ikke ble biopsiert i en PGD-syklus siden de lider av en liten vekstforsinkelse. Denne valideringsstudien vil tillate oss å evaluere (1) den kliniske validiteten (falsk positiv og negativ rate) og (2) klinisk anvendbarhet (med hensyn til brukervennlighet, suksessrate, etc.). I tillegg vil det gi oss viktig ytterligere grunnleggende innsikt i opprinnelsen og mekanismene til kromosomal ustabilitet som opererer under tidlig embryogenese og dens konsekvenser for kliniske anvendelser av PGD. Til slutt, etter valideringsstudien, vil dette prosjektet klinisk implementere teknikken for å behandle 10 familier.