Genoombrede eencellige haplotypering als een generieke methode voor pre-implantatie genetische diagnose

De onderzoekers ontwikkelden eerder benaderingen voor afzonderlijke menselijke cellen van het SNP-, CNV- en haplotype (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Deze methoden openen de mogelijkheid om te worden ontwikkeld tot een nieuwe generieke diagnostische techniek die het spectrum van ziekte-allelen verbreedt waartegen kan worden geselecteerd tijdens pre-implantatie genetische diagnose (PGD) en die het mogelijk maakt om die paren te helpen die nog niet door PGD kunnen worden ondersteund. PGD ​​is de genetische analyse van een enkele blastomeer van een in vitro bevrucht (IVF) embryo en wordt aangeboden aan paren om de overdracht van erfelijke genetische aandoeningen op hun nakomelingen te voorkomen. PGD-analyses worden uitgevoerd voor (1) autosomaal dominante of recessieve monogene ziekten, (2) X-gebonden aandoeningen en (3) chromosomale afwijkingen die kunnen leiden tot aneuploïde concepties. Deze nieuwe methode zal waarschijnlijk beter presteren en dus de huidige technieken voor pre-implantatie genetische diagnose vervangen. In dit project zullen de onderzoekers de technologie van een proof-of-principle naar de klinische toepassing brengen. Hiertoe zullen de onderzoekers computationele verbeteringen aanbrengen voor nauwkeurige single blastomere SNP-, CNV- en haplo-typering en een grote validatiestudie uitvoeren. Voor de validatiestudie zullen de onderzoekers de genomen analyseren van de blastomeren afkomstig van 60 reserve-embryo's van verschillende oorsprong: (1) Embryo's gediagnosticeerd als genetisch abnormaal met behulp van de huidige PCR- en FISH-protocollen. (2) Embryo's gediagnosticeerd als normaal voor het onderzochte gebied met behulp van de huidige PCR- en FISH-protocollen, maar niet van voldoende kwaliteit om te worden overgebracht of ingevroren. (3) Embryo's van het geslacht dat is geselecteerd tegen volgende op PGD gebaseerde geslachtsselectie, of embryo's van het geslacht dat is geselecteerd maar van onvoldoende kwaliteit om te worden teruggeplaatst of ingevroren. (4) Embryo's waarvan geen biopsie is uitgevoerd in een PGD-cyclus omdat ze een lichte groeiachterstand hebben. Deze validatiestudie zal ons toelaten om (1) de klinische validiteit (vals-positief en negatief percentage) en (2) de klinische toepasbaarheid (in termen van gebruiksgemak, slagingspercentage, enz.) te evalueren. Bovendien zal het ons essentiële verdere fundamentele inzichten brengen in de oorsprong en mechanismen van chromosomale instabiliteit tijdens de vroege embryogenese en de gevolgen ervan voor klinische toepassingen van PGD. Ten slotte zal dit project, na de validatiestudie, de techniek klinisch implementeren om 10 gezinnen te behandelen.