Az egész genomra kiterjedő egysejtű haplotipizálás mint általános módszer a preimplantációs genetikai diagnosztikára

A kutatók korábban SNP-, CNV- és haplo-típusú egyetlen emberi sejtekre dolgoztak ki megközelítéseket (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Ezek a módszerek lehetőséget adnak arra, hogy olyan új, generikus diagnosztikai technikává fejlődjünk, amely kiszélesíti a preimplantációs genetikai diagnosztika (PGD) során kiszelektálható betegség-allélok spektrumát, és lehetővé teszi azoknak a pároknak a megsegítését, akiket PGD még nem támogat. A PGD egy in vitro megtermékenyített (IVF) embrió egyetlen blasztomerjének genetikai elemzése, amelyet pároknak ajánlanak fel, hogy elkerüljék az öröklődő genetikai rendellenességek utódjaikra való átvitelét. A PGD-elemzéseket (1) autoszomális domináns vagy recesszív monogén betegségek, (2) X-hez kötött rendellenességek és (3) kromoszóma-rendellenességek, amelyek aneuploid fogantatáshoz vezethetnek. Ez az új módszer valószínűleg felülmúlja a teljesítményt, és ezáltal felváltja a jelenlegi preimplantációs genetikai diagnosztikai technikákat. Ebben a projektben a kutatók a technológiát az elv bizonyításától a klinikai alkalmazásig hozzák. Ebből a célból a kutatók számítástechnikai fejlesztéseket hajtanak végre a pontos egyetlen blasztomer SNP-, CNV- és haplotipizálás érdekében, és nagyszabású validációs vizsgálatot végeznek. A validációs vizsgálathoz a kutatók 60 különböző eredetű tartalék embrióból származó blasztomerek genomjait elemzik: (1) Genetikailag abnormálisnak diagnosztizált embriók a jelenlegi PCR- és FISH-protokollok segítségével. (2) A jelenlegi PCR- és FISH-protokollok segítségével a vizsgált régióban normálisnak diagnosztizált embriók, de nem megfelelő minőségűek az átvitelhez vagy lefagyasztáshoz. (3) A PGD-n alapuló ivarszelekciót követően kiválasztott ivar embriói, vagy olyan ivar embriói, amelyet kiválasztottak, de nem megfelelő minőségűek az átvitelhez vagy lefagyasztáshoz. (4) Olyan embriók, amelyekből nem vettek biopsziát PGD-ciklusban, mivel enyhe növekedési késleltetést szenvednek. Ez a validációs vizsgálat lehetővé teszi számunkra, hogy értékeljük (1) a klinikai érvényességet (hamis pozitív és negatív arány) és (2) a klinikai alkalmazhatóságot (az egyszerű használat, a siker aránya stb. szempontjából). Ezenkívül lényeges további alapvető betekintést ad számunkra a korai embriogenezis során fellépő kromoszóma-instabilitás eredetéről és mechanizmusairól, valamint annak a PGD klinikai alkalmazásaira gyakorolt ​​következményeiről. Végül, a validációs vizsgálatot követően ez a projekt klinikailag megvalósítja a technikát 10 család kezelésére.