Haplotypage unicellulaire à l'échelle du génome comme méthode générique de diagnostic génétique préimplantatoire

Les chercheurs ont précédemment développé des approches pour les cellules humaines uniques de type SNP, CNV et haplo (Vanneste et al. 2009, Nature Medicine). Ces méthodes ouvrent la possibilité d'être développées en une nouvelle technique de diagnostic générique qui élargit le spectre des allèles de la maladie qui peuvent être sélectionnés lors du diagnostic génétique préimplantatoire (DPI) et qui permet d'aider les couples qui ne peuvent pas encore être pris en charge par le DPI. Le DPI est l'analyse génétique d'un seul blastomère d'un embryon fécondé in vitro (FIV) et il est proposé aux couples pour éviter la transmission de maladies génétiques héréditaires à leur progéniture. Les analyses PGD sont effectuées pour (1) les maladies monogéniques autosomiques dominantes ou récessives, (2) les troubles liés à l'X et (3) les aberrations chromosomiques pouvant entraîner des conceptions aneuploïdes. Cette nouvelle méthode est susceptible de surpasser et donc de remplacer les techniques actuelles de diagnostic génétique préimplantatoire. Dans ce projet, les chercheurs amèneront la technologie d'une preuve de principe à l'application clinique. À cette fin, les chercheurs apporteront des améliorations informatiques pour un typage SNP, CNV et haplo précis d'un seul blastomère et réaliseront une vaste étude de validation. Pour l'étude de validation, les chercheurs analyseront les génomes des blastomères dérivés de 60 embryons de rechange d'origine différente : (1) Embryons diagnostiqués comme génétiquement anormaux à l'aide des protocoles PCR et FISH actuels. (2) Embryons diagnostiqués comme normaux pour la région étudiée en utilisant les protocoles PCR et FISH actuels, mais pas de qualité suffisante pour être transférés ou congelés. (3) Embryons du sexe sélectionné par rapport à la sélection du sexe basée sur le DPI, ou embryons du sexe sélectionné mais de qualité insuffisante pour être transférés ou congelés. (4) Embryons qui n'ont pas été biopsiés dans un cycle PGD car ils souffrent d'un léger retard de croissance. Cette étude de validation nous permettra d'évaluer (1) la validité clinique (taux de faux positifs et négatifs) et (2) l'applicabilité clinique (en termes de facilité d'utilisation, taux de réussite, etc.). De plus, cela nous apportera des connaissances fondamentales supplémentaires essentielles sur les origines et les mécanismes de l'instabilité chromosomique opérant au début de l'embryogenèse et ses conséquences pour les applications cliniques du DPI. Enfin, suite à l'étude de validation, ce projet mettra en œuvre cliniquement la technique pour traiter 10 familles.