Enterobakteerien esiintyvyys ja heikentynyt herkkyys karbapeneemeille itäisellä alueella (CARBAFREST)

Penisilliinien käyttöönoton yhteydessä osoitettiin beetalaktaamiantibioottien inaktivoitumista bakteerien tuottamien entsyymien vaikutuksesta. Viime aikoihin asti karbapeneemit olivat näiden entsyymien suhteellisen säästämä alaluokka, mikä tekee molekyyleistä viimeisenä keinona vakavissa infektioissa. Viime aikoina karbapeneemejä hydrolysoivien entsyymien, karbapenemaasien, esiintyvyys oli lisääntynyt joissakin maissa. Mutta nämä karbapenemaasit eivät ole ainoa mekanismi, joka liittyy heikentyneeseen herkkyyteen karbapeneemeille, mikä joskus liittyy useiden resistenssimekanismien yhteyteen. Tämän uuden resistenssin epidemiatilanteesta saatavilla olevat tiedot ovat välttämättömiä niiden havaitsemisen, potilaiden infektioiden hallinnan ja epidemian estämisen parantamiseksi. Tässä yhteydessä tutkijat ehdottavat tutkimusta Koillis-alueiden välisellä alueella, jotta voitaisiin arvioida Enterobacteriaceae-bakteerien esiintyvyys vähentäen herkkyyttä karbapeneemeille ja etsiä riskitekijöitä tämäntyyppisten bakteerien aiheuttamille infektioille. Tutkimus tehdään viidessä opetussairaalassa (Besançon, Dijon, Nancy, Reims ja Strasbourg) ja kahdessa yleissairaalassa (Colmar ja Troyes) Koillis-Ranskassa. Kerätään yhden vuoden ajan kaikki Enterobacteriaceae-isolaatit, joiden herkkyys karbapeneemeille (CDSE) on Ranskan mikrobiologiayhdistyksen (CA-SFM) vuoden 2012 antibiogrammikomitean mukaan (ertapeneemin MIC > 0,5 μg/ml) ja lähetetään bakteriologiaan. Reimsin yliopistollisen sairaalan laboratoriossa. Näistä kannoista 105 valitaan satunnaisesti. Kliininen tutkimus suoritetaan seuraavasti: jokaiselle potilaalle, jonka CDSE-isolaatti sisältyy keskukseen, valitaan 2 kontrollipotilasta. He ovat potilaita, joilla on 2 Enterobacteriaceae-isolaattia, joilla ei ole vähentynyttä herkkyyttä karbapeneemeille ja jotka seuraavat CDSE-isolaattia samassa keskustassa.

Mikrobiologinen tutkimus: isolaattien tunnistaminen suoritetaan käyttämällä MALDI-TOF:ia (Bruker Daltonics, Bremen, Saksa). Antibioottiherkkyys määritetään levydiffuusiomenetelmällä EUCASTin (European Committee on Antimikrobial Susceptibility Testing) ohjeiden (www.EUCAST.org) mukaisesti. ja laajennetun spektrin beetalaktamaasi (ESBL:t) havaitaan kaksoislevysynergiatestillä ja karbapeneemin minimaaliset estopitoisuudet (MIC-arvot imipeneemille, ertapeneemille, doripeneemille ja meropeneemille) määritetään käyttämällä E-test®-liuskoja. Metallo-p-laktamaasituotanto seulottiin MβL Etestillä (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Ranska). Beetalaktamaasit havaittiin käyttämällä polymeraasiketjureaktiota (PCR). Karbapenemaasia koodaavat geenit (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23:n kaltaiset, blaOXA-24:n kaltaiset, blaOXA-58:n kaltaiset ja blaOXA-48:n kaltaiset) seulottiin käyttämällä multipleksisiä PCR:itä ja blaIMI- ja blaGES-menetelmiä simplex-PCR:illä. Kaikki havaitut blaOXA-48:n kaltaiset sekvensoitiin myöhemmin. Geenit blaTEM, blaSHV, blaCTX-M ja blaOXA havaittiin PCR:llä käyttämällä spesifisiä alukkeita. Plasmidivälitteiset AmpC-tyypin geenit blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY ja blaMIR seulottiin käyttämällä multipleksisiä PCR:itä. Kaikki beetalaktamaasit sekvensoidaan. Mutaatiot kinoloniresistenssiä määrittävällä alueella (QRDR) tunnistetaan PCR:llä ja sekvensoinnilla gyrA-, gyrB-, parC- ja parE-geeneissä. Qnr- ja qepA-geenit havaitaan reaaliaikaisella PCR:llä, aac(6')-Ib-cr pyrosekvensoinnilla ja oqxAB tavanomaisella PCR:llä. Genotyypitys suoritetaan pulssikenttägeelielektroforeesilla (PFGE) ja monilokussekvenssityypityksellä (MLST).

Tilastollinen analyysi: kvalitatiiviset muuttujat analysoidaan Chi2-testillä ja kaksisuuntaisella Fisher-testillä. Kvantitatiivisia muuttujia verrataan Mann-Whitney-testillä. Sitten suoritetaan monimuuttuja-analyysi: logistinen regressio, jossa on vaiheittaiset tekijät selittävinä muuttujina, p <0,20 yksimuuttujaanalyysissä tulokynnyksenä ja lähtöarvoksi asetettu 0,20. Tuloksia pidetään tilastollisesti merkitsevinä, kun P < 0,05.

Odotetut tulokset: tämä tutkimus antaa mukana olevien eri lajien osuuden, karbapenemaasin verrattuna muihin mekanismeihin, resistenssitason MIC:ssä. Riskitekijät, kuten aiempi antibioottihoito, taustalla olevan taudin vakavuus tai klonaalisen kannan leviäminen, osoitetaan, mikä mahdollistaa toteutettavan ennaltaehkäisevän torjuntatoimenpiteen tunnistamisen.