Prévalence des entérobactéries présentant une sensibilité réduite aux carbapénèmes dans l'interrégion de l'Est (CARBAFREST)

Lors de l'introduction des pénicillines, l'inactivation des bêta-lactamines par les enzymes produites par les bactéries a été démontrée. Jusqu'à récemment, les carbapénèmes étaient une sous-classe relativement épargnée par ces enzymes qui en font les molécules de dernier recours en cas d'infection grave. Récemment, la prévalence des enzymes hydrolysant les carbapénèmes, les carbapénémases, a augmenté dans certains pays. Mais ces carbapénémases ne sont pas le seul mécanisme impliqué dans une diminution de la sensibilité aux carbapénèmes qui est parfois liée à la conjonction de plusieurs mécanismes de résistance. Les données disponibles sur la situation épidémique de ces nouvelles résistances sont essentielles pour améliorer leur détection, la prise en charge des infections chez les patients et prévenir la survenue d'épidémies. Dans ce contexte, les chercheurs proposent une étude dans l'interrégion Nord-Est pour estimer la prévalence des Enterobacteriaceae à sensibilité réduite aux carbapénèmes et rechercher les facteurs de risque d'infection par ce type de bactéries. L'étude est menée dans cinq CHU (Besançon, Dijon, Nancy, Reims et Strasbourg) et deux CHU (Colmar et Troyes) du Nord-Est de la France. Pendant un an, tous les isolats d'entérobactéries présentant une sensibilité diminuée aux carbapénèmes (CDSE) selon le Comité de l'Antibiogramme 2012 de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM) (CMI d'ertapénème > 0,5 μg/mL) sont collectés et envoyés en bactériologie laboratoire du CHU de Reims. Parmi ces souches 105 sont sélectionnées au hasard. L'étude clinique se déroule comme suit : pour chaque patient porteur d'un isolat CDSE inclus dans un centre, 2 patients témoins sont sélectionnés. Il s'agit des patients ayant les 2 isolats d'Enterobacteriaceae, sans sensibilité réduite aux carbapénèmes et suivant l'isolat CDSE dans le même centre.

Etude microbiologique : l'identification des isolats est réalisée à l'aide de MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Brême, Allemagne). La sensibilité aux antibiotiques est déterminée par la méthode de diffusion sur disque conformément aux directives du Comité européen sur les tests de sensibilité aux antimicrobiens (EUCAST) (www.EUCAST.org) et la bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) sont détectées par le test de synergie à double disque et les concentrations minimales inhibitrices des carbapénèmes (CMI pour l'imipénème, l'ertapénème, le doripénème et le méropénème) déterminées à l'aide des bandelettes E-test®. La production de métallo-β-lactamase a été criblée avec le MβL Etest (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France). Bêta-lactamases détectées par réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les gènes codant pour la carbapénémase (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-58-like et blaOXA-48-like) ont été criblés à l'aide de PCR multiplex et blaIMI et blaGES avec des PCR simplex. Tous les blaOXA-48-like détectés ont ensuite été séquencés. Les gènes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M et blaOXA ont été détectés par PCR à l'aide d'amorces spécifiques. Les gènes de type AmpC à médiation plasmidique blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY et blaMIR ont été criblés à l'aide de PCR multiplex. Toutes les bêta-lactamases sont séquencées. Des mutations dans la région déterminant la résistance aux quinolones (QRDR) sont identifiées par PCR et séquençage dans les gènes gyrA, gyrB, parC et parE. Les gènes Qnr et qepA sont détectés par PCR en temps réel, aac(6')-Ib-cr par pyroséquençage et oqxAB par PCR conventionnelle. Le génotypage est réalisé par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) et typage de séquences multilocus (MLST).

Analyse statistique : les variables qualitatives sont analysées avec le test Chi2 et le test exact de Fisher bilatéral. Les variables quantitatives sont comparées à l'aide du test de Mann-Whitney. Ensuite, une analyse multivariée est effectuée : régression logistique avec des facteurs pas à pas comme variables explicatives avec p < 0,20 dans l'analyse univariée comme seuil d'entrée et sortie fixée à 0,20. Les résultats sont considérés comme statistiquement significatifs lorsque P < 0,05.

Résultats attendus : cette étude donnera la proportion des différentes espèces impliquées, de la carbapénèmase par rapport aux autres mécanismes, le niveau de résistance en MIC. Des facteurs de risque tels qu'un traitement antibiotique antérieur, la gravité de la maladie sous-jacente ou la transmission de souches clonales seront mis en évidence, permettant d'identifier les mesures de contrôle de prévention à mettre en œuvre.