Występowanie enterobakterii o zmniejszonej wrażliwości na karbapenemy we wschodnim międzyregionie (CARBAFREST)

Po wprowadzeniu penicylin wykazano inaktywację antybiotyków beta-laktamowych przez enzymy wytwarzane przez bakterie. Do niedawna karbapenemy były stosunkowo oszczędną podklasą tych enzymów, co sprawia, że ​​cząsteczki stanowią ostatnią deskę ratunku w poważnych infekcjach. Ostatnio w niektórych krajach wzrasta rozpowszechnienie enzymów hydrolizujących karbapenemy, karbapenemaz. Ale te karbapenemazy nie są jedynym mechanizmem zaangażowanym w zmniejszoną podatność na karbapenemy, która czasami jest powiązana z połączeniem kilku mechanizmów oporności. Dostępne dane na temat sytuacji epidemicznej tej nowej oporności są niezbędne do poprawy ich wykrywania, leczenia zakażeń u pacjentów i zapobiegania wystąpieniu epidemii. W tym kontekście badacze proponują badanie w międzyregionie północno-wschodnim w celu oszacowania częstości występowania Enterobacteriaceae przy zmniejszonej wrażliwości na karbapenemy i poszukiwanie czynników ryzyka zakażenia tym typem bakterii. Badanie jest prowadzone w pięciu szpitalach klinicznych (Besançon, Dijon, Nancy, Reims i Strasburg) oraz dwóch szpitalach ogólnych (Colmar i Troyes) w północno-wschodniej Francji. Przez rok wszystkie izolaty Enterobacteriaceae o zmniejszonej wrażliwości na karbapenemy (CDSE) zgodnie z Antibiogram Comity of the French Microbiology Society (CA-SFM) z 2012 r. (MIC ertapenemu > 0,5 μg/mL) są zbierane i wysyłane do laboratorium bakteriologicznego laboratorium Szpitala Uniwersyteckiego w Reims. Spośród tych szczepów wybrano losowo 105. Badanie kliniczne przeprowadza się w następujący sposób: dla każdego pacjenta z izolatem CDSE w ośrodku wybiera się 2 pacjentów kontrolnych. Są to pacjenci posiadający 2 izolaty Enterobacteriaceae, bez obniżonej wrażliwości na karbapenemy i po wyizolowaniu CDSE w tym samym ośrodku.

Badanie mikrobiologiczne: identyfikację izolatów przeprowadza się przy użyciu MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Brema, Niemcy). Wrażliwość na antybiotyki określa się metodą dyfuzyjno-krążkową zgodnie z wytycznymi Europejskiego Komitetu ds. Testowania Wrażliwości na Antybiotyki (EUCAST) (www.EUCAST.org) i beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania (ESBL) są wykrywane za pomocą dwukrążkowego testu synergii, a minimalne stężenia hamujące karbapenemu (MIC dla imipenemu, ertapenemu, doripenemu i meropenemu) określa się za pomocą pasków E-test®. Wytwarzanie metalo-β-laktamazy badano przesiewowo za pomocą MβL Etest (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Francja). Beta-laktamazy wykrywane za pomocą reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR). Geny kodujące karbapenemazy (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23-podobne, blaOXA-24-podobne, blaOXA-58-podobne i blaOXA-48-podobne) przeszukiwano przy użyciu multipleksowych reakcji PCR oraz blaIMI i blaGES za pomocą prostych reakcji PCR. Wszystkie wykryte blaOXA-48-podobne sekwencjonowano następnie. Geny blaTEM, blaSHV, blaCTX-M i blaOXA wykryto metodą PCR przy użyciu specyficznych starterów. Geny typu AmpC, w których pośredniczą plazmidy, blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY i blaMIR badano przesiewowo przy użyciu multipleksowych reakcji PCR. Wszystkie beta-laktamazy są sekwencjonowane. Mutacje w regionie determinującym oporność na chinolony (QRDR) są identyfikowane przez PCR i sekwencjonowanie w genach gyrA, gyrB, parC i parE. Geny Qnr i qepA wykrywa się metodą PCR w czasie rzeczywistym, aac(6')-Ib-cr metodą pirosekwencjonowania, a oqxAB metodą konwencjonalnej reakcji PCR. Genotypowanie przeprowadza się za pomocą elektroforezy żelowej w polu pulsacyjnym (PFGE) i typowania sekwencji multilocus (MLST).

Analiza statystyczna: zmienne jakościowe są analizowane za pomocą testu Chi2 i dwustronnego dokładnego testu Fishera. Zmienne ilościowe porównuje się za pomocą testu Manna-Whitneya. Następnie przeprowadza się analizę wieloczynnikową: regresję logistyczną z czynnikami krokowymi jako zmiennymi objaśniającymi z p <0,20 w analizie jednoczynnikowej jako progiem wejściowym i wyjściowym ustalonym na poziomie 0,20. Wyniki uznaje się za statystycznie istotne, gdy P < 0,05.

Oczekiwane wyniki: to badanie poda odsetek różnych zaangażowanych gatunków karbapenemazy w porównaniu z innymi mechanizmami, poziom oporności w MIC. Udokumentowane zostaną czynniki ryzyka, takie jak wcześniejsze leczenie antybiotykami, nasilenie choroby podstawowej lub przeniesienie szczepu klonalnego, co pozwoli na określenie środków kontroli zapobiegawczej, które należy wdrożyć.