Prevalenza di enterobatteri con ridotta sensibilità ai carbapenemi nell'interregione orientale (CARBAFREST)

Dopo l'introduzione delle penicilline, è stata dimostrata l'inattivazione degli antibiotici beta-lattamici da parte degli enzimi prodotti dai batteri. Fino a poco tempo fa, i carbapenemi erano una sottoclasse relativamente risparmiata da questi enzimi, il che rende le molecole di ultima istanza nelle infezioni gravi. Recentemente la prevalenza degli enzimi che idrolizzano i carbapenem, le carbapenemasi, è in aumento in alcuni paesi. Ma queste carbapenemasi non sono l'unico meccanismo coinvolto in una ridotta suscettibilità ai carbapenemi che a volte è legata alla congiunzione di diversi meccanismi di resistenza. I dati disponibili sulla situazione epidemica di questa nuova resistenza sono essenziali per migliorare la loro individuazione, la gestione delle infezioni nei pazienti e prevenire l'insorgere di epidemie. In questo contesto, i ricercatori propongono uno studio nell'interregione nord-orientale per stimare la prevalenza di Enterobacteriaceae con ridotta suscettibilità ai carbapenemi e cercare i fattori di rischio per l'infezione con questo tipo di batteri. Lo studio è condotto in cinque ospedali universitari (Besançon, Dijon, Nancy, Reims e Strasburgo) e due ospedali generali (Colmar e Troyes) nel nord-est della Francia. Per un anno, tutti gli isolati di Enterobacteriaceae con una ridotta sensibilità ai carbapenemi (CDSE) secondo l'Antibiogram Comity 2012 della Società Francese di Microbiologia (CA-SFM) (MIC di ertapenem > 0,5 μg/mL) vengono raccolti e inviati alla batteriologia laboratorio dell'ospedale universitario di Reims. Tra questi ceppi 105 sono selezionati casualmente. Lo studio clinico è condotto come segue: per ogni paziente con CDSE isolato incluso in un centro, vengono selezionati 2 pazienti di controllo. Sono i pazienti che hanno i 2 isolati di Enterobacteriaceae, senza sensibilità ridotta ai carbapenemi e seguono l'isolato CDSE nello stesso centro.

Studio microbiologico: l'identificazione degli isolati viene eseguita utilizzando MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Brema, Germania). La sensibilità agli antibiotici è determinata dal metodo di diffusione del disco secondo le linee guida del Comitato europeo sui test di sensibilità antimicrobica (EUCAST) (www.EUCAST.org) e le beta-lattamasi a spettro esteso (ESBL) vengono rilevate dal test di sinergia a doppio disco e le concentrazioni inibitorie minime di carbapenemi (MIC per imipenem, ertapenem, doripenem e meropenem) determinate utilizzando le strisce E-test®. La produzione di metallo-β-lattamasi è stata vagliata con MβL Etest (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Francia). Beta-lattamasi rilevate mediante reazione a catena della polimerasi (PCR). I geni che codificano per la carbapenemasi (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-58-like e blaOXA-48-like) sono stati sottoposti a screening utilizzando PCR multiplex e blaIMI e blaGES con PCR simplex. Tutti i blaOXA-48-like rilevati sono stati successivamente sequenziati. I geni blaTEM, blaSHV, blaCTX-M e blaOXA sono stati rilevati mediante PCR utilizzando primer specifici. I geni di tipo AmpC mediati da plasmidi blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY e blaMIR sono stati sottoposti a screening mediante PCR multiplex. Tutte le beta-lattamasi sono sequenziate. Le mutazioni nella regione che determina la resistenza ai chinoloni (QRDR) sono identificate mediante PCR e sequenziamento nei geni gyrA, gyrB, parC e parE. I geni Qnr e qepA vengono rilevati mediante PCR in tempo reale, aac(6')-Ib-cr mediante pirosequenziamento e oqxAB mediante PCR convenzionale. La genotipizzazione viene eseguita con elettroforesi su gel a campo pulsato (PFGE) e tipizzazione di sequenza multilocus (MLST).

Analisi statistica: le variabili qualitative vengono analizzate con il test Chi2 e il test esatto di Fisher a due code. Le variabili quantitative vengono confrontate utilizzando il test di Mann-Whitney. Quindi, viene condotta un'analisi multivariata: regressione logistica con fattori stepwise come variabili esplicative con p <0,20 nell'analisi univariata come soglia di input e output fissato a 0,20. I risultati sono considerati statisticamente significativi quando P <0,05.

Risultati attesi: questo studio darà la proporzione delle diverse specie coinvolte, della carbapenemasi rispetto agli altri meccanismi, il livello di resistenza nella MIC. Saranno evidenziati i fattori di rischio come il precedente trattamento antibiotico, la gravità della malattia sottostante o la trasmissione del ceppo clonale, consentendo di identificare le misure di controllo di prevenzione da attuare.