Prevalence enterobakterií se sníženou citlivostí na karbapenemy ve východním mezioblasti (CARBAFREST)

Po zavedení penicilinů byla prokázána inaktivace beta-laktamových antibiotik enzymy produkovanými bakteriemi. Až donedávna byly karbapenemy relativně ušetřenou podtřídou těchto enzymů, což z molekul činí poslední možnost při vážné infekci. V poslední době se v některých zemích zvyšuje prevalence enzymů hydrolyzujících karbapenem, karbapenemáz. Tyto karbapenemázy však nejsou jediným mechanismem podílejícím se na snížené citlivosti na karbapenemy, která je někdy spojena se spojením několika mechanismů rezistence. Dostupné údaje o epidemické situaci této nové rezistence jsou zásadní pro zlepšení jejich detekce, zvládání infekcí u pacientů a předcházení vzniku epidemie. V této souvislosti výzkumníci navrhují studii v mezioblasti Severovýchod s cílem odhadnout prevalenci Enterobacteriaceae se sníženou citlivostí na karbapenemy a hledat rizikové faktory pro infekci tímto typem bakterií. Studie se provádí v pěti fakultních nemocnicích (Besançon, Dijon, Nancy, Reims a Štrasburk) a dvou všeobecných nemocnicích (Colmar a Troyes) v severovýchodní Francii. Po dobu jednoho roku jsou sbírány všechny izoláty Enterobacteriaceae se sníženou citlivostí na karbapenemy (CDSE) podle Antibiogram Comity Francouzské mikrobiologické společnosti (CA-SFM) z roku 2012 (MIC ertapenemu > 0,5 μg/ml) a odeslány do bakteriologie. laboratoř Fakultní nemocnice v Remeši. Z těchto kmenů je náhodně vybráno 105 kmenů. Klinická studie se provádí následovně: pro každého pacienta s izolátem CDSE zařazeným do centra jsou vybráni 2 kontrolní pacienti. Jsou to pacienti, kteří mají 2 izoláty Enterobacteriaceae, bez snížené citlivosti na karbapenemy a po izolátech CDSE ve stejném centru.

Mikrobiologická studie: identifikace izolátů se provádí pomocí MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Brémy, Německo). Citlivost na antibiotika se určuje diskovou difúzní metodou podle pokynů Evropského výboru pro testování antimikrobiální citlivosti (EUCAST) (www.EUCAST.org) a rozšířené spektrum beta-laktamázy (ESBL) jsou detekovány dvoudiskovým synergickým testem a minimální inhibiční koncentrace karbapenemu (MIC pro imipenem, ertapenem, doripenem a meropenem) stanovené pomocí proužků E-test®. Produkce metalo-β-laktamázy byla testována pomocí MβL Etest (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Francie). Beta-laktamázy detekované pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Geny kódující karbapenemázu (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23-like, blaOXA-24-like, blaOXA-58-like a blaOXA-48-like) byly testovány pomocí multiplexních PCR a blaIMI a blaGES s simplexními PCR. Všechny detekované blaOXA-48-like byly následně sekvenovány. Geny blaTEM, blaSHV, blaCTX-M a blaOXA byly detekovány pomocí PCR za použití specifických primerů. Plasmidem zprostředkované geny typu AmpC blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY a blaMIR byly testovány pomocí multiplexních PCR. Všechny beta-laktamázy jsou sekvenovány. Mutace v oblasti určující rezistenci na chinolon (QRDR) jsou identifikovány pomocí PCR a sekvenování v genech gyrA, gyrB, parC a parE. Geny Qnr a qepA jsou detekovány PCR v reálném čase, aac(6')-Ib-cr pyrosekvenováním a oqxAB konvenční PCR. Genotypizace se provádí gelovou elektroforézou v pulzním poli (PFGE) a multilokusovou sekvenční typizací (MLST).

Statistická analýza: kvalitativní proměnné jsou analyzovány pomocí Chi2 testu a dvoustranného Fisherova exaktního testu. Kvantitativní proměnné jsou porovnávány pomocí Mann-Whitneyho testu. Poté se provede vícerozměrná analýza: logistická regrese s postupnými faktory jako vysvětlujícími proměnnými s p < 0,20 v jednorozměrné analýze jako vstupní práh a výstup nastavený na 0,20. Výsledky jsou považovány za statisticky významné, když P < 0,05.

Očekávané výsledky: tato studie poskytne podíl různých zahrnutých druhů karbapenemázy ve srovnání s ostatními mechanismy, úroveň rezistence v MIC. Budou prokázány rizikové faktory, jako je předchozí léčba antibiotiky, závažnost základního onemocnění nebo přenos klonálního kmene, což umožní identifikovat preventivní a kontrolní opatření, která je třeba zavést.