Prevalens av enterobakterier med minskad känslighet för karbapenemer i östra interregionen (CARBAFREST)

Vid penicilliners introduktion påvisades inaktivering av betalaktamantibiotika av enzymer producerade av bakterier. Tills nyligen var karbapenemer en relativt förskonad underklass av dessa enzymer, vilket gör molekylerna till en sista utväg vid allvarlig infektion. Nyligen har prevalensen av enzymer som hydrolyserar karbapenem, karbapenemaserna, ökat i vissa länder. Men dessa karbapenemaser är inte den enda mekanismen involverad i en minskad känslighet för karbapenemer, vilket ibland är kopplat till kombinationen av flera resistensmekanismer. Tillgängliga uppgifter om epidemisituationen för denna nya resistens är väsentliga för att förbättra upptäckten av dem, hanteringen av infektioner hos patienter och förhindra uppkomsten av epidemier. I detta sammanhang föreslår utredarna en studie i den nordöstra interregionen för att uppskatta prevalensen av Enterobacteriaceae med minskad känslighet för karbapenemer och leta efter riskfaktorer för infektion med denna typ av bakterier. Studien genomförs på fem undervisningssjukhus (Besançon, Dijon, Nancy, Reims och Strasbourg) och två allmänna sjukhus (Colmar och Troyes) i nordöstra Frankrike. Under ett år samlas alla Enterobacteriaceae-isolat med en minskad känslighet för karbapenemer (CDSE) enligt 2012 Antibiogram Comity of the French Microbiology Society (CA-SFM) (MIC för ertapenem > 0,5 μg/mL) och skickas till bakteriologin laboratorium vid Reims universitetssjukhus. Bland dessa stammar är 105 slumpmässigt valda. Den kliniska studien genomförs enligt följande: för varje patient med CDSE-isolat som ingår i ett center väljs 2 kontrollpatienter ut. Det är de patienter som har de två Enterobacteriaceae-isolaten, utan minskad känslighet för karbapenemer och som följer CDSE-isolatet i samma centrum.

Mikrobiologisk studie: identifiering av isolat utförs med MALDI-TOF (Bruker Daltonics, Bremen, Tyskland). Antibiotikakänsligheten bestäms av diskdiffusionsmetoden enligt riktlinjerna för European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) (www.EUCAST.org) och utökat spektrum beta-laktamas (ESBL) detekteras med dubbelskivsynergitestet och karbapenems minimala hämmande koncentrationer (MICs till Imipenem, Ertapenem, Doripenem och Meropenem) bestämt med E-test®-remsor. Metallo-β-laktamasproduktion screenades med MβL Etest (bioMérieux, Marcy l'Etoile, Frankrike). Beta-laktamaser detekterade med polymeraskedjereaktion (PCR). Karbapenemas-kodande gener (blaKPC, blaVIM, blaIMP, blaNDM, blaOXA-23-liknande, blaOXA-24-liknande, blaOXA-58-liknande och blaOXA-48-liknande) screenades med multiplex PCR och blaIMI och blaGES med simplex PCR. Alla de blaOXA-48-liknande detekterade sekvenserades därefter. Gener blaTEM, blaSHV, blaCTX-M och blaOXA detekterades med PCR med användning av specifika primrar. Plasmidmedierade gener av AmpC-typ blaACC, blaFOX, blaMOX, blaDHA, blaCMY och blaMIR screenades med användning av multiplex PCR. Alla beta-laktamaser sekvenseras. Mutationer i den kinolonresistensbestämmande regionen (QRDR) identifieras genom PCR och sekvensering i generna gyrA, gyrB, parC och parE. Qnr- och qepA-gener detekteras med realtids-PCR, aac(6')-Ib-cr genom pyrosekvensering och oqxAB genom konventionell PCR. Genotypning utförs med pulserad fältgelelektrofores (PFGE) och multilokussekvenstypning (MLST).

Statistisk analys: kvalitativa variabler analyseras med Chi2-testet och det tvåsidiga Fisher-exakt-testet. Kvantitativa variabler jämförs med Mann-Whitney-testet. Därefter genomförs en multivariat analys: logistisk regression med stegvisa faktorer som förklarande variabler med p <0,20 i den univariata analysen som ingångströskel och utdata satt till 0,20. Resultaten anses vara statistiskt signifikanta när P < 0,05.

Förväntade resultat: denna studie kommer att ge andelen av de olika arterna som är involverade, av karbapenemaset i jämförelse med andra mekanismer, nivån av resistens i MIC. Riskfaktorer som tidigare antibiotikabehandling, den underliggande sjukdomens svårighetsgrad eller överföring av klonala stammar kommer att påvisas, vilket gör det möjligt att identifiera förebyggande kontrollåtgärder att implementera.