Arviointi ddPCR-teknologiasta SARS-CoV-2:n havaitsemiseen oireellisilla potilailla, joilla epäillään COVID-19:ää (ONCOVID-21)
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
Bio-Rad SARS-CoV-2 ddPCR -testi on käänteistranskription (RT) pisara-digitaalipolymeraasiketjureaktion (ddPCR) -testi, joka on suunniteltu havaitsemaan SARS-CoV-2:n RNA:ta näytteistä (pääasiassa nenänielun, anteriorisen nenän, suunielun ja keski- turbinate vanupuikko, mutta myös nenänielun pesu-/aspiraatti- ja nenän aspiraattinäytteet), jotka on kerätty henkilöiltä, joilla epäillään COVID-19-infektiota.
Tämä yksittäinen määritysmultipleksitesti mahdollistaa yhden kuopan reaktion kolmella oligonukleotidialukkeella ja -koettimella, jotka CDC raportoi. Kaksi valittiin viruksen nukleokapsidi (N) -geenin alueilta. Paneelissa oleva lisäaluke/koetin on asetettu havaitsemaan ihmisen RNaasi P -geeni (RP) kontrollinäytteistä ja kliinisistä näytteistä.
Vanupuikkonäytteistä eristetty ja puhdistettu RNA lisätään käänteistranskriptaasista koostuvaan mastermiksiin, jolloin RNA muunnetaan cDNA:ksi ja monistetaan sitten käyttämällä Bio-Rad One-Step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes -pakkausta.
Lyhyesti sanottuna näyte ja mastermix RT-ddPCR -seokset fraktioidaan jopa 20 000 nanolitran kokoisiksi pisaroiksi vesi öljyssä -emulsion muodossa. 96-kuoppainen RT-ddPCR-valmis levy, joka sisältää pisaroita, suljetaan foliolla käyttäen levysulkijaa. Emulsiot lämpösyklisoidaan sitten käänteistranskription saavuttamiseksi cDNA:n muodostamiseksi, mitä seuraa kohdeamplifikaatio ja koettimen hydrolyysi jokaisessa pisarassa. Kun lämpökierto on valmis, 96-kuoppainen RT-ddPCR-valmis levy ladataan Droplet Readeriin. Pisaralukija erittelee pisarat ja virtaa ne kaksivärisen fluoresenssidetektorin (FAM ja HEX) ohi määrittääkseen, mikä sisältää kohteen (positiivinen) ja mikä ei (negatiivinen) jokaiselle SARS-CoV-tunnisteelle tunnistetulle kohteelle. 2 ddPCR-testi: N1, N2 ja RP. ddPCR-järjestelmä käyttää analyysiohjelmistoja QuantaSoft 1.7 ja QuantaSoft Analysis Pro 1.0.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Lyon, Ranska, 69008
- Centre Leon Berard
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kuvaus
- Ikä ≥ 18 vuotta tietoisen suostumuksen allekirjoituspäivänä.
- Vahvistettu diagnoosi minkä tahansa tyyppisestä kiinteästä tai hematologisesta kasvaimesta.
- Käynnissä oleva syöpähoito sisällyttämishetkellä tai viimeisten 3 kuukauden aikana ennen sisällyttämistä (viimeinen hoito tai viimeinen lokoalueellinen toimenpide).
- Epäily COVID-19-tartunnasta. Potilaille ei saa olla tehty diagnostista testiä ja/tai rintakehän kuvantamista ennen sisällyttämistä.
- Sairaus-/sairausvakuutuksen katettu.
- Allekirjoitettu ja päivätty IRB/ICE-hyväksytty tietoinen suostumuslomake.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei käytössä
- Inventiomalli: Yksittäinen ryhmätehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: RT-PCR- ja ddPCR-näytteenottoanalyysit
Nenänielun ja kurkun/suunnielun pyyhkäisynäytteet analysoitu sekä RT-PCR:llä että ddPCR:llä
|
Nenänielun ja kurkun/suunnielun pyyhkäisynäytteet analysoitu sekä RT-PCR:llä että ddPCR:llä
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Määrittää ddPCR:n kyky havaita SARS-CoV-2 nenänielun näytteistä oireellisista potilaista, joilla epäillään COVID-19-infektiota
Aikaikkuna: Sisällön yhteydessä
|
IgG-serologisen määrityksen (EUROIMMUN Anti-SARS-Cov2 ELISA Ig) käyttäminen kulta-/vertailustandardina (FDA:n validoima kaupallinen serologinen testi)
|
Sisällön yhteydessä
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Määrittää RT-qPCR:n kyky havaita SARS-CoV-2 nenänielun näytteistä oireellisista potilaista, joilla epäillään COVID-19-infektiota
Aikaikkuna: Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
IgG-serologisen määrityksen (EUROIMMUN Anti-SARS-Cov2 ELISA Ig) käyttäminen kulta-/vertailustandardina
|
Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
|
Määrittää ddPCR- ja RT-qPCR-kyvyt SARS-CoV-2:n havaitsemiseksi suunielun näytteistä oireellisista potilaista, joilla epäillään COVID-19-infektiota
Aikaikkuna: Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
IgG-serologisen määrityksen (EUROIMMUN Anti-SARS-Cov2 ELISA Ig) käyttäminen kulta-/vertailustandardina
|
Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
|
Selvittää kliinisen diagnoosin kyky sekä potilaiden oireiden että rintakehän CT-skannauksen perusteella havaita SARS-CoV-2 oireellisilla potilailla, joilla epäillään COVID-19-infektiota
Aikaikkuna: Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
IgG-serologisen määrityksen (EUROIMMUN Anti-SARS-Cov2 ELISA Ig) käyttäminen kulta-/vertailustandardina
|
Kolmas viikko sisällyttämisen jälkeen
|
|
Selvittää nenänielun näytteiden ja suunnielun näytteiden väliset sopimukset
Aikaikkuna: Sisällön yhteydessä
|
Käyttämällä ddPCR- ja RT-qPCR-määrityksiä
|
Sisällön yhteydessä
|
|
Selvittää kliinisen diagnoosin ja ddPCR- ja RT-qPCR-määritysten väliset sopimukset
Aikaikkuna: Sisällön yhteydessä
|
Käyttämällä ddPCR- ja RT-qPCR-määrityksiä
|
Sisällön yhteydessä
|
|
28 päivän kuolleisuuden arvioimiseksi
Aikaikkuna: Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
Osuus lasketaan ensimmäisen diagnostisen toimenpiteen päivämäärästä mistä tahansa syystä tapahtuneen kuoleman päivämäärään
|
Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
|
Selvittää mahdolliset ennustavat kuolemantekijät potilaiden ominaisuuksista
Aikaikkuna: Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
Väestötiedot, kasvaintyyppi, syövän tyyppi, hoito, liitännäissairaudet, biologiset parametrit
|
Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
|
Arvioida potilaiden ylikuolemisriskiä COVID+ verrattuna COVID-
Aikaikkuna: Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
Pääasiallisten kliinisten ominaisuuksien ja hoitotyypin mukauttamisen jälkeen
|
Seurannan loppuun asti (28 päivää sisällyttämisen jälkeen)
|
Muut tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Arvioida "sisäisen" serologisen testin herkkyyttä, spesifisyyttä ja diagnostista tarkkuutta SARS-CoV-2:n havaitsemiseksi
Aikaikkuna: Sisällön yhteydessä
|
"Sisäisen" testimme vertailu tutkimuksessa käytettyyn EUROIMMUNin kaupalliseen serologiseen testiin
|
Sisällön yhteydessä
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Bénédicte MASTROIANNI, MD, Centre Leon Berard
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvio)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- ONCOVID-21 - ET20-118
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .