Stockholm3 Validointitutkimus monietnisessä kohortissa (SEPTA)

Tutkimuksen suunnittelu ja menettelyt:

Tutkimuskoordinaattori selittää suostumuksen sisältämät tiedot. Lisäksi potilaalta otetaan veri ennen biopsiaa.

Ennen biopsiaa veri kerätään x2 etyleenidiamiinitetraetikkahappoa (EDTA) olevaan 4 ml:n putkeen saatuaan suostumuksen koehenkilöiltä. Yksi putki sentrifugoidaan välittömästi (10 minuuttia 2000 G) ja plasma dekantoidaan putkeen ilman lisäaineita (tämä tuottaa tyypillisesti 1,5 ml plasmaa). Dekantoitu putki (plasmalla) ja jäljellä oleva EDTA-putki (kokoverellä) jäädytetään ja varastoidaan nimettyyn osallistuvaan laitokseen. Sitä säilytetään -20 Celsius-asteessa toimitukseen asti.

Potilastiedot tallennetaan REDCap-tietokantaan, jota isännöidään Ruotsin suojatulla palvelimella. Tietoja säilytetään tutkimuksen ajan ja 5 vuotta sen jälkeen tietojen analysointia varten.

Kukin osallistuva laitos seuraa suostumuksen saaneita potilaita potilaslokien avulla. Sairaustietueen numero kerätään, jotta avainhenkilöiden tiedonkeruuta varten säilytetään yhtenäinen tunniste. Kun kaikki potilastiedot on tallennettu, tiedot viedään REDCapista ja MRN poistetaan. Karolinska-instituutissa tai A23-laboratoriossa ei käytetä potilastunnisteita. Seuraavat PHI- ja ei-PHI-tiedot kirjataan potilaasta:

PHI:

Lääketieteellisen asiakirjan numero (MRN)

Ei-PHI:n väestötiedot

• Tukholma3 Tunnusnumero
• Rotu
• Postinumero

Kliiniset tiedot

• Yhteensä PSA
• Ikä näytteenottopäivänä [vuotta]
• Suvussa eturauhassyöpää
• 5-alfa-reduktaasin estäjien käyttö
• Aiemmin tehty biopsia
• Eturauhasen tilavuus [Eturauhasen tilavuus mitattuna Yhdysvalloissa]
• Digitaalisen peräsuolen tutkimuksen tila [hyvä/normaali, kyhmy/kovettuma, epäsymmetria, ei suoritettu]

JA

Tulostiedot - Tulokset biopsiasta, joka tehtiin välittömästi veren laskimopunktion jälkeen, eli:

Tulokset jaetaan kohdennettuihin biopsiaytimiin ja systemaattisiin biopsiaytimiin

• Gleason pisteet 1
• Gleason pisteet 2
• Gleasonin summa
• Syövän pituus (mm) (kokonais- ja korkein arvosana)
• Ydinten lukumäärä
• Positiivisten ytimien lukumäärä
• Aika tehdä biopsia verenoton jälkeen [päivää]
• MRI:n tulokset, ts. Eturauhasen kuvantamisen raportointi- ja datajärjestelmä (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Sallittu käyttö:

Suorita Gronberg et al AND Ancestry informatiivisten geneettisten markkerien määrittelemä Stockholm3-testi

Näytteet toimitetaan Uppsalan laboratorioon (A23 Laboratory) Ruotsiin analysoitavaksi. Jokaiselta potilaalta otetaan kaksi verinäytettä (plasma- ja kokoveri) ja ne pakastetaan -20 celsiusasteeseen. Verinäytteistä testataan sitten seerumin proteiinitasojen kvantitatiiviset tasot ja DNA uutetaan valkosoluista ja testataan geenien ja pienten nukleotidien polymorfisten (SNP) ituradan mutaatioiden ja varianttien varalta.

Genotyypitys suoritetaan käyttämällä mukautettuja genotyypitysmäärityksiä. Plasmaa käytetään proteiinianalyysiin. Plasmaproteiinianalyysi suoritetaan käyttämällä mukautettuja proteiinimäärityksiä, jotka sisältävät kokonais- ja vapaan PSA:n, ihmisen rauhasten kallikreiini 2:n (hK2), mikroseminoproteiini-beetan (MSMB) ja makrofageja estävän sytokiinin 1 (MIC-1). PSA testataan kaupallisella määrityksellä.

Plasman proteiinianalyysin tulosten, geneettisen analyysin ja kliinisen tiedon perusteella lasketaan Stockholm3 Risk Score. Osallistujien näytteet käsitellään Ruotsin määräysten mukaisesti Uppsalassa, Ruotsissa sijaitsevassa laboratoriossa.

Testien tuloksia ei jaeta potilaan kanssa, eivätkä tulokset muutu tai vaikuta lääketieteellisiin päätöksiin.

Odotetut riskit/edut

Odotetut riskit:

Koska kyseessä on retrospektiivinen analyysi identifioitujen potilastietojen sekä deidentifioitujen bionäytteiden osalta, odotettavissa olevia riskejä on vähän. Luottamuksellisuuden loukkaus sekä yksityisyyden menetys ovat mahdollisia, mutta tämä riski pyritään minimoimaan.

Odotetut edut:

Osallistujat edistävät tieteellistä ja kliinistä tietoa. Osallistujat saavat myös pienen korvauksen ajasta ja osallistumisesta tutkimukseen.

Tiedonkeruu- ja hallintamenettelyt

Tässä tutkimuksessa hyödynnetään REDCapia (Research Electronic Data Capture), ohjelmistotyökaluja ja työnkulkumenetelmiä kliinisen ja tutkimusdatan sähköiseen keräämiseen ja hallintaan tietojen keräämiseen ja tallentamiseen. Karolinska Instituten tietotekniikan (KI-IT) osasto tulee olemaan tietojenkäsittelyn ja hallinnan keskuspaikka. REDCapia isännöi KI-IT Biomedicumissa (Solnavägen 9, Solna, Ruotsi 17165)

Tietojen analysointi

Tietojen analysoinnin tekevät PI, osatutkijat ja/tai avainhenkilöt.

Laadunvalvonta ja laadunvarmistus

Avaintutkimushenkilöstö vastaa siitä, että kaikki kerätyt tiedot ovat protokollan mukaisia.

Tietojen ja turvallisuuden seuranta

Tämä tutkimus on minimaalinen riski, ja kaikin keinoin pyritään varmistamaan, ettei luottamuksellisuutta loukata eikä yksityisyyttä menetetä.

Tilastollisia huomioita

Tehoanalyysi Tämä tutkimus tehdään useiden kohteiden kesken ja siksi tehdään yhdistetty analyysi. Kehitetyn viitekehyksen perusteella kaksipuolinen alfa 0,05, 250 miestä kustakin etnisestä alkuperästä antaa 80 %:n tehon havaita 10 prosenttiyksikön eroja Stockholm3-testin herkkyydessä ja/tai spesifisyydessä eri etnisten ryhmien välillä. Useilta sivustoilta kerätyt tiedot mahdollistavat muiden kuin latinalaisamerikkalaisten valkoisten, afrikkalaisten/mustien, aasialaisten ja latinalaisamerikkalaisten valkoisten miesten vertailun. Jokaisessa 250 miehen etnisessä ryhmässä sama otoskoko antaa 90 %:n tehon havaita vähintään 10 prosenttiyksikön erot Tukholman3 ja PSA:n välillä käyrän alla (AUC) PC:n havaitsemiseksi (ensisijainen tavoite).

Tavoitekertymä on 500 miestä kustakin rodusta/etnisestä alkuperästä, välianalyysi suoritetaan, kun 250 miestä kustakin rodusta/etnisestä alkuperästä on ilmoittautunut.

Tietojen analyysi Kuvaavia yksimuuttujatilastoja käytetään ryhmien vertailuun. Binaariset päätepisteet arvioidaan logistisella regressiomallilla. Tilastollinen analyysi sisältää logistisen regressiomallinnuksen, AUC-laskennan, kalibrointianalyysit ja suorituskyvyn perusominaisuuksien (herkkyys, spesifisyys ja ennustavat arvot) laskemisen.

Sääntelyvaatimukset

Tietoinen suostumus Osallistujat ilmoittavat suostumuksensa osallistua tutkimukseen allekirjoittamalla tietoisen suostumuksen potilastietoihin pääsystä, geneettisen tutkimuksen suorittamisesta ja verinäytteiden laskimopunktiosta.

Aiheiden luottamuksellisuus Tässä tutkimuksessa käytetyt tiedot tallennetaan REDCapsiin ja kaikki laitosten välillä siirretyt tiedot pysyvät tunnistamattomina koko tutkimuksen ajan.

Odottamattomat ongelmat Kaikki odottamattomat ongelmat ilmoittavat välittömästi paikkakohtaiselle eettiselle arviointilautakunnalle nimettyjen tutkimushenkilöstön toimesta.