Stockholm3 Validační studie v multietnické kohortě (SEPTA)

Návrh a postupy studie:

Koordinátor výzkumu vysvětlí informace obsažené v souhlasu. Kromě toho bude pacientovi před biopsií odebrána krev.

Před biopsií bude po obdržení souhlasu subjektů odebrána krev do 4 ml zkumavek s kyselinou ethylendiamintetraoctovou (EDTA). Jedna zkumavka bude okamžitě odstředěna (10 minut při 2000 G) a plazma dekantována do zkumavky bez přísad (tím se obvykle získá 1,5 ml plazmy). Dekantovaná zkumavka (s plazmou) a zbývající zkumavka s EDTA (s plnou krví) se poté zmrazí a uloží na určeném místě instituce. Až do odeslání bude skladován při teplotě -20 Celsia.

Údaje o pacientech budou uloženy v databázi REDCap umístěné na švédském zabezpečeném serveru. Data budou uložena po dobu trvání studie a 5 let poté pro účely analýzy dat.

Pacienti se souhlasem budou sledováni pomocí protokolů pacientů každou zúčastněnou institucí. Číslo lékařského záznamu bude shromážděno, aby byl zachován konzistentní identifikátor pro sběr dat klíčovými pracovníky pracoviště. Jakmile jsou zaznamenána všechna data pacienta, data budou exportována z REDCap s odstraněným MRN. V Karolinska Institute ani v laboratoři A23 nebudou používány žádné identifikátory pacientů. O pacientovi budou zaznamenány následující informace PHI a non-PHI:

PHI:

Číslo lékařského záznamu (MRN)

Demografické údaje jiné než PHI

• Stockholm3 Identifikační číslo
• Závod
• PSČ

Klinická data

• Celkové PSA
• Věk v den odběru vzorků [roky]
• Rodinná anamnéza rakoviny prostaty
• Použití inhibitorů 5-alfa reduktázy
• Byla provedena dřívější biopsie
• Objem prostaty [Objem prostaty jako měření s USA]
• Stav digitálního rektálního vyšetření [benigní/normální, nahmataný uzlík/indurace, asymetrie, neprovedeno]

A

Výsledky - výsledky biopsie provedené bezprostředně po odběru krve, tj.

Výsledky budou rozděleny na jádra cílené biopsie a jádra systematické biopsie

• Gleasonovo skóre 1
• Gleasonovo skóre 2
• Gleason Sum
• Délka rakoviny (mm) (celková a nejvyšší stupeň)
• Počet jader
• Počet kladných jader
• Čas k provedení biopsie po odběru krve [dny]
• Výsledky z MRI, tzn. Systém hlášení a dat zobrazení prostaty (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Povolené použití:

Spustit Stockholm3 test definovaný Gronbergem et al AND informativní genetické markery předků

Vzorky budou odeslány do laboratoře v Uppsale (A23 Laboratory) ve Švédsku k analýze. Každý pacient bude mít dva vzorky krve (plazma a plná krev) a bude zmrazen na -20 Celsia. Vzorky krve pak budou testovány na kvantitativní hladiny hladin sérových proteinů a DNA bude extrahována z bílých krvinek a bude testována na genové a malé nukleotidové polymorfní (SNP) zárodečné mutace a varianty.

Genotypizace bude prováděna pomocí vlastních genotypizačních testů. Pro analýzu proteinů bude použita plazma. Analýza plazmatických proteinů bude prováděna pomocí vlastních proteinových testů včetně celkového a volného PSA, lidského glandulárního kalikreinu 2 (hK2), mikroseminoproteinu-beta (MSMB) a makrofágového inhibičního cytokinu 1 (MIC-1). PSA bude testován komerčním testem.

Na základě výsledků analýzy plazmatických proteinů, genetické analýzy a klinických dat bude vypočítáno Stockholm3 rizikové skóre. Vzorky účastníků budou zpracovány v souladu s předpisy Švédska v laboratoři se sídlem v Uppsale ve Švédsku.

Výsledky testů nebudou sdíleny s pacientem, výsledky se nezmění ani neovlivní lékařská rozhodnutí.

Očekávaná rizika/přínosy

Předpokládaná rizika:

Vzhledem k tomu, že se jedná o retrospektivní analýzu deidentifikovaných informací o pacientech i neidentifikovaných biovzorků, existuje jen málo předpokládaných rizik. Porušení důvěrnosti a ztráta soukromí jsou možné, ale vynaložíme veškeré úsilí, abychom toto riziko minimalizovali.

Očekávané výhody:

Účastníci budou rozvíjet vědecké a klinické znalosti. Účastníci také obdrží malou platbu za čas a zapojení do studie.

Sběr dat a postupy správy

Tato studie bude využívat REDCap (Research Electronic Data Capture), sadu softwarových nástrojů a metodologii pracovních postupů pro elektronický sběr a správu klinických a výzkumných dat, ke shromažďování a ukládání dat. Oddělení informačních technologií Karolinska Institute (KI-IT) bude využíváno jako centrální místo pro zpracování a správu dat. REDCap je hostitelem KI-IT v Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Švédsko 17165)

Analýza dat

Analýza dat bude provedena PI, spoluřešiteli a/nebo klíčovými výzkumnými pracovníky.

Kontrola kvality a zajištění kvality

Klíčový výzkumný personál bude odpovědný za zajištění toho, aby všechna shromážděná data byla v souladu s protokolem.

Monitorování dat a bezpečnosti

Tato studie představuje minimální riziko a vynaložíme veškeré úsilí, aby nedošlo k porušení důvěrnosti ani ke ztrátě soukromí.

Statistické úvahy

Analýza výkonu Tato studie se provádí na několika místech, a proto bude provedena souhrnná analýza. Na základě vyvinutého rámce oboustranného alfa 0,05 dává 250 mužů v každém etniku 80% schopnost detekovat 10procentní rozdíly v citlivosti a/nebo specifičnosti Stockholmského testu3 napříč různými etniky. Shromážděná data z několika míst umožní srovnání mezi nehispánskými bílými, africkými/černošskými, asijskými a hispánskými bílými muži. V každé etnické skupině 250 mužů poskytuje stejná velikost vzorku 90% sílu pro detekci rozdílů v oblasti pod křivkou (AUC) mezi Stockholm3 a PSA pro detekci PC, které jsou alespoň 10 procentních bodů (primární cíl).

Cílový přírůstek je 500 mužů v každé rase/etniku, průběžná analýza bude provedena, když se zapíše 250 mužů v každé rase/etnicitě.

Analýza dat K porovnání skupin bude použita popisná jednorozměrná statistika. Binární koncové body budou hodnoceny pomocí modelu logistické regrese. Statistická analýza bude zahrnovat logistické regresní modelování, výpočet AUC, kalibrační analýzy a výpočet základních výkonnostních charakteristik (citlivost, specificita a prediktivní hodnoty).

Regulační požadavky

Informovaný souhlas Účastníci dávají svůj souhlas s účastí ve studii podepsáním informovaného souhlasu s přístupem k lékařským záznamům, prováděním genetického výzkumu a podstoupením venepunkce vzorků krve.

Důvěrnost subjektu Data použitá pro tuto studii budou uložena v REDCaps a všechna data přenášená mezi institucemi zůstanou po celou dobu studie neidentifikována.

Neočekávané problémy Jakékoli neočekávané problémy budou okamžitě nahlášeny etickému kontrolnímu výboru specifickému pro dané místo určenými výzkumnými pracovníky.