Stockholm3 Valideringsstudie i en multietnisk kohort (SEPTA)

Studiedesign och procedurer:

Forskningskoordinatorn kommer att förklara informationen i samtycket. Dessutom kommer patientens blod att tas före biopsi.

Före biopsi kommer blod att samlas in i x2 etylendiamintetraättiksyra (EDTA) 4 ml rör efter att ha erhållit samtycke från försökspersonerna. Ett rör centrifugeras omedelbart (10 minuter vid 2000G) och plasma dekanteras till ett rör utan tillsatser (detta producerar vanligtvis 1,5 ml plasma). Det dekanterade röret (med plasma) och det återstående EDTA-röret (med helblod) fryses sedan och förvaras på den utsedda deltagande institutionsplatsen. Den kommer att förvaras vid -20 Celsius tills den skickas.

Patientdata kommer att lagras i en REDCap-databas, värd på Sveriges säkra server. Data kommer att lagras under studiens varaktighet och 5 år efteråt för dataanalysändamål.

Patienter med samtycke kommer att spåras av patientloggar av varje deltagande institution. Journalnumret kommer att samlas in för att hålla en konsekvent identifierare för datainsamling av nyckelpersonal på plats. När alla patientdata har registrerats kommer data att exporteras från REDCap med MRN borttaget. Det kommer inte att finnas några patientbeteckningar som används på Karolinska Institutet eller A23-labbet. Följande PHI- och icke-PHI-information kommer att loggas om patienten:

PHI:

Journalnummer (MRN)

Icke-PHI Demografisk data

• Stockholm3 Identifikationsnummer
• Lopp
• Postnummer

Kliniska data

• Totalt PSA
• Ålder på provtagningsdatum [år]
• Familjehistoria av prostatacancer
• Användning av 5-alfa-reduktashämmare
• Tidigare biopsi utförd
• Prostatavolym [Prostatavolym som mått med US]
• Digital rektal undersökningsstatus [godartad/normal, knöl/förhårdnad kändes, asymmetri, ej utförd]

OCH

Resultatdata - Resultat från biopsi utförd omedelbart efter blodvenpunktion, dvs:

Resultaten kommer att delas upp i riktade biopsikärnor och systematiska biopsikärnor

• Gleason poäng 1
• Gleason poäng 2
• Gleason Summa
• Cancerlängd (mm) (total och högsta grad)
• Antal kärnor
• Antal positiva kärnor
• Dags att utföra biopsi efter blodtagning [dagar]
• Resultat från MRT, d.v.s. Prostata Imaging Reporting & Data System (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Tillåten användning:

Att köra Stockholm3-testet definierat av Gronberg et al AND Ancestry informativa genetiska markörer

Prover kommer att skickas till det Uppsalabaserade laboratoriet (A23-laboratoriet) i Sverige för analys. Varje patient kommer att ha två blodprover (plasma och helblod) och kommer att frysas vid -20 Celsius. Blodproverna kommer sedan att testas för kvantitativa nivåer av serumproteinnivåer och DNA kommer att extraheras från vita blodkroppar och kommer att testas för gen och små nukleotidpolymorfa (SNP) mutationer och varianter av könsceller.

Genotypning kommer att utföras med hjälp av anpassade genotypningsanalyser. Plasma kommer att användas för proteinanalys. Plasmaproteinanalys kommer att utföras med hjälp av en anpassad proteinanalys inklusive total och fri PSA, humant körtelkallikrein 2 (hK2), mikroseminoprotein-beta (MSMB) och makrofaghämmande cytokin 1 (MIC-1). PSA kommer att testas med en kommersiell analys.

Baserat på resultaten från plasmaproteinanalysen, den genetiska analysen och kliniska data kommer Stockholm3 Risk Score att beräknas. Deltagarnas prover kommer att behandlas i enlighet med Sveriges bestämmelser vid laboratoriet i Uppsala.

Resultaten av testerna kommer inte att delas med patienten, inte heller kommer resultaten att förändras eller påverka medicinska beslut.

Förväntade risker/fördelar

Förväntade risker:

Eftersom detta är retrospektiv analys av avidentifierad patientinformation samt avidentifierade bioprover, finns det få förväntade risker. Ett brott mot konfidentialitet samt förlust av integritet är möjliga, men allt kommer att göras för att minimera denna risk.

Förväntade fördelar:

Deltagarna kommer att föra fram vetenskaplig och klinisk kunskap. Deltagarna kommer också att få en liten betalning för tiden och engagemanget i studien.

Datainsamling och hanteringsrutiner

Denna studie kommer att använda REDCap (Research Electronic Data Capture), en mjukvaruverktygsuppsättning och arbetsflödesmetodik för elektronisk insamling och hantering av kliniska data och forskningsdata, för att samla in och lagra data. Karolinska Institutets avdelning för informationsteknologi (KI-IT) kommer att användas som en central plats för databehandling och hantering. REDCap är värd för KI-IT i Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Sverige 17165)

Dataanalys

Dataanalys kommer att utföras av PI, medutredare och/eller nyckelforskare.

Kvalitetskontroll och kvalitetssäkring

Nyckelforskare kommer att ansvara för att se till att all data som samlas in följer protokollet.

Data- och säkerhetsövervakning

Denna studie är minimal risk och alla ansträngningar kommer att göras för att säkerställa att det inte förekommer några sekretessbrott och ingen förlust av integritet.

Statistiska överväganden

Effektanalys Denna studie genomförs bland flera platser och därför kommer poolanalys att utföras. Baserat på det framtagna ramverket en dubbelsidig alfa på 0,05, ger 250 män i varje etnicitet 80 % kraft att upptäcka 10 procentenheters skillnader i sensitivitet och/eller specificitet för Stockholm3-testet över olika etniciteter. Poolad data från flera webbplatser kommer att möjliggöra jämförelse mellan icke-spansktalande vita, Afrika/svarta, asiatiska och latinamerikanska vita män. Inom varje etnicitetsgrupp på 250 män ger samma provstorlek 90 % kraft för att upptäcka skillnader i area under curve (AUC) mellan Stockholm3 och PSA för detektering av PC som är minst 10 procentenheter (primärt mål).

Målsättningen är 500 man inom varje ras/etnicitet, interimsanalys kommer att göras när 250 man i varje ras/etnicitet är anmälda.

Dataanalys Beskrivande univariat statistik kommer att användas för att jämföra grupper. Binära endpoints kommer att bedömas med en logistisk regressionsmodell. Statistisk analys kommer att involvera logistisk regressionsmodellering, AUC-beräkning, kalibreringsanalyser och beräkning av grundläggande prestandaegenskaper (känslighet, specificitet och prediktiva värden).

Tillsynskrav

Informerat samtycke Deltagarna anger sitt samtycke till att delta i studien genom att underteckna informerat samtycke för att få tillgång till medicinska journaler, utföra genetisk forskning och genomgå venpunktion för blodprover.

Ämneskonfidentialitet Data som används för denna studie kommer att lagras i REDCaps och all data som överförs mellan institutioner kommer att förbli avidentifierad under hela studien.

Oväntade problem Alla oförutsedda problem kommer omedelbart att rapporteras till den platsspecifika etiska granskningsnämnden av utsedd forskarpersonal.