Stockholm3 valideringsundersøgelse i en multietnisk kohorte (SEPTA)

Undersøgelsesdesign og -procedurer:

Forskningskoordinatoren vil forklare de oplysninger, der er indeholdt i samtykket. Derudover vil patientens blod blive udtaget før deres biopsi.

Forud for biopsien vil der blive opsamlet blod i x2 ethylendiamintetraeddikesyre (EDTA) 4 ml rør efter indhentet samtykke fra forsøgspersonerne. Et rør vil straks blive centrifugeret (10 minutter ved 2000G) og plasma dekanteret til et rør uden tilsætningsstoffer (dette producerer typisk 1,5 ml plasma). Det dekanterede rør (med plasma) og det resterende EDTA-rør (med fuldblod) fryses derefter og opbevares på det udpegede deltagende institutionssted. Det vil blive opbevaret ved -20 Celsius indtil afsendelse.

Patientdata vil blive lagret i en REDCap-database, hostet på Sveriges sikre server. Data vil blive opbevaret under undersøgelsens varighed og 5 år derefter til dataanalyseformål.

Patienter med samtykke vil blive sporet af patientlogfiler af hver deltagende institution. Lægejournalnummeret vil blive indsamlet for at holde en ensartet identifikator til dataindsamling af nøglepersonale på stedet. Når alle patientdata er registreret, vil dataene blive eksporteret fra REDCap med MRN fjernet. Der vil ikke blive brugt patientidentifikatorer på Karolinska Institutet eller A23-laboratoriet. Følgende PHI- og ikke-PHI-oplysninger vil blive logget om patienten:

PHI:

Lægejournalnummer (MRN)

Ikke-PHI demografiske data

• Stockholm3 Identifikationsnummer
• Race
• Postnummer

Kliniske data

• Samlet PSA
• Alder på prøveudtagningsdatoen [år]
• Familiehistorie med prostatakræft
• Brug af 5-alfa-reduktasehæmmere
• Tidligere biopsi udført
• Prostatavolumen [Prostatavolumen som mål med US]
• Digital rektal undersøgelsesstatus [godartet/normal, knuder/forhærdelse mærket, asymmetri, ikke udført]

OG

Resultatdata - Resultater fra biopsi udført umiddelbart efter blodvenepunktur, dvs.:

Resultaterne vil blive opdelt i målrettede biopsikerner og systematiske biopsikerner

• Gleason score 1
• Gleason score 2
• Gleason Sum
• Kræftlængde (mm) (total og højeste grad)
• Antal kerner
• Antal positive kerner
• Tid til at udføre biopsi efter blodprøvetagning [dage]
• Resultater fra MR, dvs. Prostata Imaging Reporting & Data System (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Tilladt brug:

At køre Stockholm3-testen defineret af Gronberg et al. OG Ancestrys informative genetiske markører

Prøver vil blive sendt til det Uppsala-baserede laboratorium (A23 Laboratory) i Sverige til analyse. Hver patient får to blodprøver (plasma og fuldblod) og vil blive frosset ved -20 grader Celsius. Blodprøverne vil derefter blive testet for kvantitative niveauer af serumproteinniveauer, og DNA vil blive ekstraheret fra hvide blodlegemer og vil blive testet for gen- og små nukleotidpolymorfe (SNP'er) kimlinjemutationer og varianter.

Genotyping vil blive udført ved hjælp af brugerdefinerede genotypebestemmelsesassays. Plasma vil blive brugt til proteinanalyse. Plasmaproteinanalyse vil blive udført ved hjælp af tilpassede proteinassays, herunder total og fri PSA, human glandulær kallikrein 2 (hK2), mikroseminoprotein-beta (MSMB) og makrofaghæmmende cytokin 1 (MIC-1). PSA vil blive testet med et kommercielt assay.

Baseret på resultaterne fra plasmaproteinanalysen, den genetiske analyse og kliniske data vil Stockholm3 Risk Score blive beregnet. Deltagernes prøver vil blive behandlet i overensstemmelse med reglerne i Sverige på laboratoriet med base i Uppsala, Sverige.

Resultaterne af testene vil ikke blive delt med patienten, og resultaterne vil heller ikke ændre eller påvirke medicinske beslutninger.

Forventede risici/fordele

Forventede risici:

Da dette er retrospektiv analyse af afidentificerede patientoplysninger såvel som afidentificerede bioprøver, er der få forventede risici. Et brud på fortroligheden samt tab af privatlivets fred er muligt, men der vil blive gjort alt for at minimere denne risiko.

Forventede fordele:

Deltagerne vil fremme videnskabelig og klinisk viden. Deltagerne vil også modtage en mindre betaling for tid og involvering i undersøgelsen.

Dataindsamling og forvaltningsprocedurer

Denne undersøgelse vil bruge REDCap (Research Electronic Data Capture), et softwareværktøjssæt og workflowmetodologi til elektronisk indsamling og styring af kliniske og forskningsdata, til at indsamle og gemme data. Karolinska Institutets informationsteknologi (KI-IT) afdeling vil blive brugt som et centralt sted for databehandling og -styring. REDCap er hostet af KI-IT i Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Sverige 17165)

Dataanalyse

Dataanalyse vil blive udført af PI, co-investigators og/eller nøgleforskere.

Kvalitetskontrol og kvalitetssikring

Nøgleforskningspersonale vil være ansvarlige for at sikre, at alle indsamlede data overholder protokollen.

Data- og sikkerhedsovervågning

Denne undersøgelse er minimal risiko, og alle bestræbelser vil blive gjort for at sikre, at der ikke er nogen brud på fortroligheden samt intet tab af privatlivets fred.

Statistiske betragtninger

Strømanalyse Denne undersøgelse udføres blandt flere lokaliteter, og der vil således blive udført en samlet analyse. Baseret på den udviklede ramme, en tosidet alfa på 0,05, giver 250 mænd i hver etnicitet 80 % magt til at opdage 10 procentpoint forskelle i sensitivitet og/eller specificitet af Stockholm3-testen på tværs af forskellige etniciteter. Samlede data fra flere websteder vil give mulighed for sammenligning mellem ikke-spansktalende hvide, Afrika/sorte, asiatiske og latinamerikanske hvide mænd. Inden for hver etnicitetsgruppe på 250 mænd giver den samme prøvestørrelse en effekt på 90 % til påvisning af forskelle i area under curve (AUC) mellem Stockholm3 og PSA til påvisning af PC, der er mindst 10 procentpoint (primært mål).

Målopbygning er 500 mand inden for hver race/etnicitet, foreløbig analyse vil blive udført når 250 mand i hver race/etnicitet er tilmeldt.

Dataanalyse Beskrivende univariat statistik vil blive brugt til at sammenligne grupper. Binære endepunkter vil blive vurderet med en logistisk regressionsmodel. Statistisk analyse vil involvere logistisk regressionsmodellering, AUC-beregning, kalibreringsanalyser og beregning af grundlæggende præstationskarakteristika (sensitivitet, specificitet og prædiktive værdier).

Regulatoriske krav

Informeret samtykke Deltagerne angiver deres samtykke til at deltage i undersøgelsen ved at underskrive informerede samtykker til at få adgang til lægejournaler, udføre genetisk forskning og gennemgå venepunktur til blodprøver.

Emnets fortrolighed Data, der bruges til denne undersøgelse, vil blive gemt i REDCaps, og alle data, der overføres mellem institutioner, vil forblive afidentificeret under hele undersøgelsen.

Uforudsete problemer Eventuelle uforudsete problemer vil straks blive rapporteret til det stedspecifikke etiske bedømmelsesudvalg af udpeget forskningspersonale.