Stockholm3 Valideringsstudie i en multietnisk kohort (SEPTA)

Studiedesign og prosedyrer:

Forskningskoordinatoren vil forklare informasjonen i samtykket. I tillegg vil pasientens blod bli tappet før biopsien.

Før biopsien vil det bli tatt opp blod i x2 etylendiamintetraeddiksyre (EDTA) 4 ml rør etter innhentet samtykke fra forsøkspersonene. Ett rør vil umiddelbart bli sentrifugert (10 minutter ved 2000G) og plasma dekantert til et rør uten tilsetningsstoffer (dette produserer vanligvis 1,5 ml plasma). Det dekanterte røret (med plasma) og det gjenværende EDTA-røret (med fullblod) fryses deretter og lagres på det angitte deltakende institusjonsstedet. Den vil bli lagret ved -20 Celsius til den sendes.

Pasientdata vil bli lagret i en REDCap-database, hostet på Sveriges sikre server. Data vil bli lagret så lenge studien varer, og 5 år etterpå for dataanalyseformål.

Godkjente pasienter vil bli sporet av pasientlogger av hver deltakende institusjon. Journalnummeret vil bli samlet inn for å holde en konsistent identifikator for datainnsamling av nøkkelpersonell på stedet. Når alle pasientdataene er registrert, vil dataene bli eksportert fra REDCap med MRN fjernet. Det vil ikke bli brukt pasientidentifikatorer ved Karolinska Institutet eller A23-laboratoriet. Følgende PHI- og ikke-PHI-informasjon vil bli loggført om pasienten:

PHI:

Medisinsk journalnummer (MRN)

Ikke-PHI demografiske data

• Stockholm3 Identifikasjonsnummer
• Løp
• Post kode

Kliniske data

• Total PSA
• Alder på prøvetakingsdato [år]
• Familiehistorie med prostatakreft
• Bruk av 5-alfa-reduktasehemmere
• Tidligere biopsi utført
• Prostatavolum [Prostatavolum som mål med US]
• Digital rektal undersøkelsesstatus [godartet/normal, knuter/indurasjon følt, asymmetri, ikke utført]

OG

Utfallsdata - Resultater fra biopsi utført umiddelbart etter blodvenepunktur, dvs.:

Resultatene vil bli delt inn i målrettede biopsikjerner og systematiske biopsikjerner

• Gleason score 1
• Gleason score 2
• Gleason Sum
• Kreftlengde (mm) (total og høyeste karakter)
• Antall kjerner
• Antall positive kjerner
• På tide å utføre biopsi etter blodprøvetaking [dager]
• Resultater fra MR, dvs. Prostata Imaging Reporting & Data System (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Tillatt bruk:

Å kjøre Stockholm3-testen definert av Gronberg et al AND Ancestry informative genetiske markører

Prøver vil bli sendt til det Uppsala-baserte laboratoriet (A23-laboratoriet) i Sverige for analyse. Hver pasient vil ha to blodprøver (plasma og fullblod) og fryses ved -20 Celsius. Blodprøvene vil deretter bli testet for kvantitative nivåer av serumproteinnivåer og DNA vil bli ekstrahert fra hvite blodceller og vil bli testet for gen- og små nukleotidpolymorfe (SNP-er) kimlinjemutasjoner og varianter.

Genotyping vil bli utført ved hjelp av tilpassede genotypingsanalyser. Plasma vil bli brukt til proteinanalyse. Plasmaproteinanalyse vil bli utført ved hjelp av en tilpasset proteinanalyse inkludert total og fri PSA, human kjertelkallikrein 2 (hK2), mikroseminoprotein-beta (MSMB) og makrofaghemmende cytokin 1 (MIC-1). PSA vil bli testet med en kommersiell analyse.

Basert på resultatene fra plasmaproteinanalysen, den genetiske analysen og kliniske data, vil Stockholm3 Risk Score beregnes. Deltakernes prøver vil bli behandlet i henhold til svenske forskrifter ved laboratoriet med base i Uppsala, Sverige.

Resultatene av testene vil ikke bli delt med pasienten, og resultatene vil heller ikke endres eller påvirke medisinske beslutninger.

Forventede risikoer/fordeler

Forventede risikoer:

Siden dette er retrospektiv analyse av avidentifisert pasientinformasjon så vel som avidentifiserte bioprøver, er det få forventet risiko. Et konfidensialitetsbrudd samt tap av personvern er mulig, men vi vil gjøre alt for å minimere denne risikoen.

Forventede fordeler:

Deltakerne vil fremme vitenskapelig og klinisk kunnskap. Deltakerne vil også motta en liten betaling for tid og engasjement i studien.

Datainnsamling og administrasjonsprosedyrer

Denne studien vil bruke REDCap (Research Electronic Data Capture), et programvareverktøysett og arbeidsflytmetodikk for elektronisk innsamling og håndtering av kliniske og forskningsdata, for å samle inn og lagre data. Karolinska Institute Information Technology (KI-IT) avdeling vil bli brukt som et sentralt sted for databehandling og forvaltning. REDCap er vert for KI-IT i Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Sverige 17165)

Dataanalyse

Dataanalyse vil bli utført av PI, medetterforskere og/eller nøkkelpersonell.

Kvalitetskontroll og kvalitetssikring

Sentrale forskningspersonell vil være ansvarlig for å sikre at alle data som samles inn, overholder protokollen.

Data og sikkerhetsovervåking

Denne studien er minimal risiko, og alle anstrengelser vil bli gjort for å sikre at det ikke er noen konfidensialitetsbrudd eller tap av personvern.

Statistiske betraktninger

Kraftanalyse Denne studien gjennomføres blant flere lokaliteter og derfor vil det bli utført en samlet analyse. Basert på rammeverket utviklet en tosidig alfa på 0,05, gir 250 menn i hver etnisitet 80 % kraft til å oppdage 10 prosentpoeng forskjeller i sensitivitet og/eller spesifisitet til Stockholm3-testen på tvers av ulike etnisiteter. Sammenslåtte data fra flere nettsteder vil tillate sammenligning mellom ikke-spanske hvite, Afrika/svarte, asiatiske og latinamerikanske hvite menn. Innenfor hver etnisitetsgruppe på 250 menn gir samme prøvestørrelse 90 % kraft for å oppdage forskjeller i area under curve (AUC) mellom Stockholm3 og PSA for påvisning av PC som er på minst 10 prosentpoeng (primært mål).

Målopptjening er 500 mann innenfor hvert løp/etnisitet, foreløpig analyse vil bli utført når 250 mann i hvert løp/etnisitet er påmeldt.

Dataanalyse Beskrivende univariat statistikk vil bli brukt for å sammenligne grupper. Binære endepunkter vil bli vurdert med en logistisk regresjonsmodell. Statistisk analyse vil involvere logistisk regresjonsmodellering, AUC-beregning, kalibreringsanalyser og beregning av grunnleggende ytelsesegenskaper (sensitivitet, spesifisitet og prediktive verdier).

Regulatoriske krav

Informert samtykke Deltakerne gir samtykke til å delta i studien ved å signere informerte samtykker for å få tilgang til medisinske journaler, utføre genetisk forskning og gjennomgå venepunktur for blodprøver.

Emnekonfidensialitet Data som brukes for denne studien vil bli lagret i REDCaps og alle data som overføres mellom institusjoner vil forbli avidentifisert gjennom hele studien.

Uventede problemer Eventuelle uventede problemer vil umiddelbart bli rapportert til det stedsspesifikke etiske vurderingsutvalget av utpekt forskningspersonell.