Стокгольмское валидационное исследование в многоэтнической когорте (SEPTA)

Дизайн и процедуры исследования:

Координатор исследования объяснит информацию, содержащуюся в согласии. Кроме того, перед биопсией у пациента будет взята кровь.

Перед биопсией кровь будет собираться в пробирки x2 с этилендиаминтетрауксусной кислотой (ЭДТА) по 4 мл после получения согласия субъектов. Одну пробирку немедленно центрифугируют (10 минут при 2000G) и плазму декантируют в пробирку без добавок (обычно получается 1,5 мл плазмы). Затем декантированную пробирку (с плазмой) и оставшуюся пробирку с ЭДТА (с цельной кровью) замораживают и хранят в указанном учреждении-участнике. Он будет храниться при -20 по Цельсию до отправки.

Данные пациентов будут храниться в базе данных REDCap, размещенной на защищенном шведском сервере. Данные будут храниться на протяжении всего исследования, а затем в течение 5 лет для целей анализа данных.

Согласованные пациенты будут отслеживаться журналами пациентов каждым участвующим учреждением. Номер медицинской карты будет собираться, чтобы сохранить постоянный идентификатор для сбора данных ключевым персоналом объекта. Как только все данные пациента будут записаны, данные будут экспортированы из REDCap с удаленным MRN. В Каролинском институте или лаборатории A23 не будут использоваться идентификаторы пациентов. О пациенте будет регистрироваться следующая PHI-информация и не-PHI-информация:

PHI:

Номер медицинской карты (MRN)

Демографические данные, не относящиеся к PHI

• Стокгольм3 Идентификационный номер
• Раса
• Индекс

Клинические данные

• Общий ПСА
• Возраст на дату отбора проб [лет]
• Семейный анамнез рака простаты
• Применение ингибиторов 5-альфа-редуктазы
• Ранее проведенная биопсия
• Объем простаты [объем простаты как измерение с помощью УЗИ]
• Статус пальцевого ректального исследования [доброкачественное/нормальное, ощущается узелок/уплотнение, асимметрия, не выполнено]

И

Исходные данные - результаты биопсии, выполненной сразу после забора крови из вены, т.е.:

Результаты будут разделены на целевые образцы биопсии и систематические образцы биопсии.

• Оценка по Глисону 1
• Оценка по Глисону 2
• Сумма Глисона
• Длина рака (мм) (общая и высшая степень)
• Количество ядер
• Количество положительных ядер
• Время выполнения биопсии после забора крови [дни]
• Результаты МРТ, т.е. Система отчетов и данных визуализации простаты (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Разрешенное использование:

Для запуска теста Stockholm3, определенного Gronberg et al. И информативных генетических маркеров Ancestry.

Образцы будут отправлены в лабораторию в Уппсале (лаборатория A23) в Швеции для анализа. У каждого пациента будет два образца крови (плазма и цельная кровь), которые будут заморожены при температуре -20 по Цельсию. Затем образцы крови будут проверены на количественные уровни сывороточного белка, а ДНК будет извлечена из лейкоцитов и будет проверена на наличие мутаций и вариантов зародышевой линии генов и малых полиморфных нуклеотидов (SNP).

Генотипирование будет проводиться с использованием специальных анализов генотипирования. Плазма будет использоваться для анализа белка. Анализ белков плазмы будет выполняться с использованием специальных анализов белков, включая общий и свободный ПСА, человеческий железистый калликреин 2 (hK2), микросеминопротеин-бета (MSMB) и цитокин, ингибирующий макрофаги 1 (MIC-1). PSA будет протестирован с коммерческим assay.

На основании результатов анализа белков плазмы, генетического анализа и клинических данных будет рассчитана оценка риска Stockholm3. Образцы участников будут обработаны в соответствии с законодательством Швеции в лаборатории в Уппсале, Швеция.

Результаты тестов не будут переданы пациенту, а также не изменят результаты и не повлияют на медицинские решения.

Ожидаемые риски/выгоды

Ожидаемые риски:

Поскольку это ретроспективный анализ деидентифицированной информации о пациенте, а также деидентифицированных биообразцов, ожидаемых рисков немного. Нарушение конфиденциальности, а также потеря конфиденциальности возможны, однако будут предприняты все усилия, чтобы свести к минимуму этот риск.

Ожидаемые преимущества:

Участники будут продвигать научные и клинические знания. Участники также получат небольшую оплату за время и участие в исследовании.

Процедуры сбора и управления данными

В этом исследовании будет использоваться REDCap (Research Electronic Data Capture), набор программных инструментов и методология рабочего процесса для электронного сбора и управления клиническими и исследовательскими данными, для сбора и хранения данных. Департамент информационных технологий Каролинского института (KI-IT) будет использоваться в качестве центрального места для обработки данных и управления ими. REDCap размещается KI-IT в Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Швеция 17165)

Анализ данных

Анализ данных будет выполняться PI, соисследователями и/или ключевым исследовательским персоналом.

Контроль качества и обеспечение качества

Ключевой исследовательский персонал будет нести ответственность за обеспечение того, чтобы все собранные данные соответствовали протоколу.

Мониторинг данных и безопасности

Это исследование представляет собой минимальный риск, и будут предприняты все усилия для обеспечения отсутствия нарушений конфиденциальности, а также потери конфиденциальности.

Статистические соображения

Анализ мощности Данное исследование проводится на нескольких сайтах, поэтому будет проведен объединенный анализ. На основе разработанной структуры двусторонний альфа 0,05, 250 мужчин в каждой этнической группе дают 80% мощности для обнаружения различий в 10 процентных пунктов в чувствительности и / или специфичности Стокгольмского теста3 для разных этнических групп. Объединенные данные с нескольких сайтов позволят провести сравнение между белыми неиспаноязычными мужчинами, африканскими/черными, азиатскими и латиноамериканскими белыми мужчинами. В каждой этнической группе из 250 мужчин один и тот же размер выборки дает 90% мощность для выявления различий в площади под кривой (AUC) между Stockholm3 и PSA для выявления PC, которые составляют не менее 10 процентных пунктов (основная цель).

Целевой набор составляет 500 человек в каждой расе/этнической принадлежности, промежуточный анализ будет выполнен, когда будет зачислено 250 человек в каждой расе/этнической принадлежности.

Анализ данных Для сравнения групп будет использоваться описательная одномерная статистика. Бинарные конечные точки будут оцениваться с помощью модели логистической регрессии. Статистический анализ будет включать моделирование логистической регрессии, расчет AUC, калибровочный анализ и расчет основных рабочих характеристик (чувствительность, специфичность и прогностические значения).

Нормативные требования

Информированное согласие Участники выражают свое согласие на участие в исследовании путем подписания информированного согласия на доступ к медицинской документации, проведение генетических исследований и прохождение венепункции для получения образцов крови.

Конфиденциальность субъекта Данные, используемые для этого исследования, будут храниться в REDCaps, и все данные, передаваемые между учреждениями, останутся обезличенными на протяжении всего исследования.

Непредвиденные проблемы Обо всех непредвиденных проблемах будет немедленно сообщено назначенному исследовательскому персоналу комиссии по этике Зоны.