Sztokholm3 Badanie walidacyjne w kohorcie wieloetnicznej (SEPTA)

Projekt badania i procedury:

Koordynator badań wyjaśni informacje zawarte w zgodzie. Dodatkowo krew pacjenta zostanie pobrana przed wykonaniem biopsji.

Przed wykonaniem biopsji krew zostanie pobrana do x2 probówek z kwasem etylenodiaminotetraoctowym (EDTA) 4 ml po uzyskaniu zgody badanych. Jedna probówka zostanie natychmiast odwirowana (10 minut przy 2000 G), a osocze zostanie zdekantowane do probówki bez dodatków (zwykle daje to 1,5 ml osocza). Zdekantowana probówka (z osoczem) i pozostała probówka z EDTA (z pełną krwią) są następnie zamrażane i przechowywane w wyznaczonej uczestniczącej placówce instytucjonalnej. Do momentu wysyłki będzie przechowywany w temperaturze -20 stopni Celsjusza.

Dane pacjentów będą przechowywane w bazie danych REDCap, hostowanej na bezpiecznym serwerze w Szwecji. Dane będą przechowywane przez okres trwania badania oraz 5 lat po jego zakończeniu w celu analizy danych.

Pacjenci, którzy wyrazili zgodę, będą śledzeni za pomocą dzienników pacjentów przez każdą uczestniczącą instytucję. Numer dokumentacji medycznej zostanie zebrany w celu zachowania spójnego identyfikatora do celów gromadzenia danych przez kluczowy personel placówki. Po zarejestrowaniu wszystkich danych pacjenta dane zostaną wyeksportowane z REDCap z usuniętym numerem MRN. W Instytucie Karolinska i laboratorium A23 nie będą stosowane identyfikatory pacjentów. Następujące informacje PHI i inne niż PHI dotyczące pacjenta zostaną zarejestrowane:

CHIP:

Numer dokumentacji medycznej (MRN)

Dane demograficzne inne niż PHI

• Sztokholm3 Numer identyfikacyjny
• Wyścig
• Kod pocztowy

Dane kliniczne

• Całkowity PSA
• Wiek w dniu pobrania próbki [lata]
• Historia rodzinna raka prostaty
• Stosowanie inhibitorów 5-alfa reduktazy
• Wcześniej wykonano biopsję
• Objętość prostaty [Objętość prostaty mierzona w US]
• Stan badania per rectum [łagodny/normalny, wyczuwalny guzek/stwardnienie, asymetria, nie wykonano]

ORAZ

Dane wynikowe - Wyniki biopsji wykonanej bezpośrednio po wkłuciu krwi do żyły, tj.:

Wyniki zostaną podzielone na rdzenie biopsji celowanej i rdzenie biopsji systematycznej

• Wynik Gleasona 1
• Wynik Gleasona 2
• Suma Gleasona
• Długość raka (mm) (całkowity i najwyższy stopień)
• Liczba rdzeni
• Liczba dodatnich rdzeni
• Czas wykonania biopsji po pobraniu krwi [dni]
• Wyniki z MRI, tj. System raportowania i danych obrazowania prostaty (PIRADS) (0, 1, 2, 3, 4, 5)

Dozwolone użycie:

Aby przeprowadzić test Stockholm3 zdefiniowany przez Gronberga i wsp. ORAZ informacyjne markery genetyczne przodków

Próbki zostaną wysłane do laboratorium w Uppsali (A23 Laboratory) w Szwecji w celu analizy. Każdy pacjent otrzyma dwie próbki krwi (osocze i krew pełną) i zostanie zamrożony w temperaturze -20 stopni Celsjusza. Próbki krwi zostaną następnie przetestowane pod kątem ilościowego poziomu białek w surowicy, a DNA zostanie wyekstrahowane z białych krwinek i zostanie przetestowane pod kątem mutacji i wariantów polimorficznych genów i małych nukleotydów (SNP) linii zarodkowej.

Genotypowanie zostanie przeprowadzone przy użyciu niestandardowych testów genotypowania. Osocze zostanie użyte do analizy białek. Analiza białek osocza zostanie przeprowadzona przy użyciu niestandardowych testów białkowych, w tym całkowitego i wolnego PSA, ludzkiej kalikreiny gruczołowej 2 (hK2), mikroseminoproteiny-beta (MSMB) i cytokiny 1 hamującej makrofagi (MIC-1). PSA zostanie przetestowane za pomocą komercyjnego testu.

Na podstawie wyników analizy białek osocza, analizy genetycznej i danych klinicznych zostanie obliczona ocena ryzyka Stockholm3. Próbki uczestników będą traktowane zgodnie z przepisami szwedzkimi w laboratorium w Uppsali w Szwecji.

Wyniki badań nie będą udostępniane pacjentowi, nie zmienią się ani nie wpłyną na decyzje medyczne.

Oczekiwane ryzyko/korzyści

Przewidywane ryzyko:

Ponieważ jest to analiza retrospektywna zdeidentyfikowanych informacji o pacjencie, jak również niezidentyfikowanych próbek biologicznych, przewidywanych zagrożeń jest niewiele. Naruszenie poufności, jak również utrata prywatności są możliwe, jednak zostaną podjęte wszelkie starania, aby to ryzyko zminimalizować.

Oczekiwane korzyści:

Uczestnicy pogłębią wiedzę naukową i kliniczną. Uczestnicy otrzymają również niewielkie wynagrodzenie za czas i zaangażowanie w badaniu.

Procedury gromadzenia i zarządzania danymi

W tym badaniu wykorzystany zostanie REDCap (Research Electronic Data Capture), zestaw narzędzi programowych i metodologia przepływu pracy do elektronicznego gromadzenia i zarządzania danymi klinicznymi i badawczymi w celu gromadzenia i przechowywania danych. Dział Informatyki Instytutu Karolinska (KI-IT) będzie wykorzystywany jako centralna lokalizacja przetwarzania i zarządzania danymi. REDCap jest hostowany przez KI-IT w Biomedicum (Solnavägen 9, Solna, Szwecja 17165)

Analiza danych

Analiza danych zostanie przeprowadzona przez PI, współbadaczy i/lub kluczowy personel badawczy.

Kontrola jakości i zapewnienie jakości

Kluczowy personel badawczy będzie odpowiedzialny za zapewnienie zgodności wszystkich zebranych danych z protokołem.

Monitorowanie danych i bezpieczeństwa

Niniejsze badanie wiąże się z minimalnym ryzykiem i zostaną podjęte wszelkie starania, aby nie doszło do naruszenia poufności ani utraty prywatności.

Rozważania statystyczne

Analiza mocy To badanie jest przeprowadzane w kilku ośrodkach, dlatego zostanie przeprowadzona analiza zbiorcza. W oparciu o opracowane ramy dwustronnej alfa 0,05, 250 mężczyzn w każdej grupie etnicznej daje 80% mocy do wykrycia 10 punktów procentowych różnic w czułości i/lub swoistości testu sztokholmskiego3 w różnych grupach etnicznych. Połączone dane z kilku witryn pozwolą na porównanie między białymi nie-Latynosami, białymi Afrykańczykami / Czarnymi, Azjatami i białymi latynosami. W obrębie każdej grupy etnicznej liczącej 250 mężczyzn, ta sama wielkość próby daje 90% mocy do wykrycia różnic w obszarze pod krzywą (AUC) między Sztokholmem3 a PSA dla wykrycia PC, które wynoszą co najmniej 10 punktów procentowych (główny cel).

Docelowy przyrost to 500 mężczyzn w każdej rasie/pochodzeniu etnicznym, tymczasowa analiza zostanie przeprowadzona, gdy zapisanych zostanie 250 mężczyzn w każdej rasie/pochodzeniu etnicznym.

Analiza danych Do porównania grup zostaną wykorzystane opisowe statystyki jednowymiarowe. Binarne punkty końcowe zostaną ocenione za pomocą modelu regresji logistycznej. Analiza statystyczna będzie obejmowała modelowanie regresji logistycznej, obliczanie AUC, analizy kalibracyjne i obliczanie podstawowych charakterystyk działania (czułości, specyficzności i wartości predykcyjnych).

Wymogi regulacyjne

Świadoma zgoda Uczestnicy wyrażają zgodę na udział w badaniu poprzez podpisanie świadomych zgód na dostęp do dokumentacji medycznej, przeprowadzenie badań genetycznych oraz poddanie się nakłuciu żyły w celu pobrania próbek krwi.

Poufność podmiotu Dane wykorzystane w tym badaniu będą przechowywane w REDCaps, a wszystkie dane przesyłane między instytucjami pozostaną anonimowe przez cały czas trwania badania.

Nieoczekiwane problemy Wszelkie nieprzewidziane problemy będą natychmiast zgłaszane przez wyznaczony personel badawczy do komisji ds. oceny etycznej danej placówki.