UW:n diagnosoimattomien geneettisten sairauksien ohjelma

Arviolta 10 000 harvinaista Mendelin geneettistä häiriötä vaikuttaa yhteensä yhteen kahdestatoista yksilöstä. Tärkeää on, että hieman yli puolella näistä sairauksista on tunnettu geneettinen syy. Tämä jättää tuhansia sairausgeenejä odottamaan löytämistään ja miljoonia sairastuneita yksilöitä ilman diagnoosia. Tutkijat käsittelevät näitä kriittisiä genomisen lääketieteen kysymyksiä käyttämällä genomin sekvensointia ja muita "omiikkatekniikoita" arvioidakseen potilaita, joiden kattavat kliiniset tutkimukset eivät ole tuottaneet diagnoosia. Oletuksena on, että huolella valittuina nämä diagnosoimattomat sairaudet ovat rikas resurssi uusien tautien geenien löytämiselle.

Tämä tutkimus on UW-Diagnosed Disease -ohjelman (UW-UDP) tutkimusosasto. Tämän tutkimuksen ensisijaisena tavoitteena on löytää uusia sairausgeenejä ja laajentaa harvinaisten Mendelin sairauksien tunnettuja fenotyyppejä. Toissijaiset tavoitteet ovat: a) Diagnosoida yksilöitä, joilla on geneettisiä häiriöitä, joita ei ole diagnosoitu perinteisin kliinisin keinoin, ja tarjota heille käyttökelpoista tietoa sairauksien hallitsemiseksi; b) Parantaa ymmärrystämme geneettisten häiriöiden patobiologiasta ja genomisen variaation ja taudin välisistä suhteista; ja c) kehittää ja kokeilla uusia diagnostisia tekniikoita ja analytiikkaa.

Nämä tavoitteet saavutetaan kolmen tavoitteen avulla:

Tavoite 1: Tunnista ehdokassairausmuunnelmat yksilöillä, joilla epäillään diagnosoimattomasta geneettisestä häiriöstä käyttämällä triolyhytlukuisen genomin sekvensointia ja tietojen jakamista harvinaisten sairauksien tietokantojen GeneMatcher ja MatchMaker Exchange kanssa.

Tavoite 2: Arvioi edelleen henkilöitä, joita ei diagnosoitu tavoitteessa 1 käyttämällä uusia omiikkatekniikoita ja bioinformatiikan algoritmeja. Nämä lähestymistavat sisältävät a) ultrapitkän de novo -kokoonpanoon perustuvan genomisen sekvensoinnin; b) RNA-Seq; c) epigenominen profilointi ja d) kromatiiniorganisaation konformaatioanalyysi.

Tavoite 3: Tarjoa toiminnallisia arviointeja valituista ehdokassairausgeeneistä ja tavoitteissa 1 ja 2 löydetyistä genomivarianteista yhteistyössä UW:n ja ulkoisten malliorganismien tutkijoiden kanssa. Näitä ponnisteluja helpotetaan käyttämällä UW-malliorganismien tutkijatietokantaa, joka on linkitetty Kanadan harvinaisten sairauksien mallien ja mekanismien verkkotietokantaan sekä nousevaan maailmanlaajuiseen malliorganismien tutkijatietokantojen verkostoon.

Tämä tutkimusprojekti on tiiviisti integroitu UW-UDP:n kattaviin kliinisiin arviointeihin diagnosoimattomista potilaista. Kliinisen hoidon vakiokomponentti sisältää potilaan lähetteen, potilaskertomusten keräämisen ja käyntiä edeltävän arvioinnin sekä klinikkakäynnit laajaa fenotyypitystä varten tutkimuksen alussa ja tulosten palauttamista tutkimuksen lopussa. Tutkimustyönkulku sisältää genomin sekvensoinnin, tiedon jakamisen maailmanlaajuisten sairausgeenien tutkimusverkostojen kanssa ja seurantatutkimuksia geneettisellä testauksella tunnistettujen varianttien syy-yhteyden määrittämiseksi. Tämä tutkimus edistää geneettisen sairauden patobiologian ymmärtämistä, parantaa kliinistä diagnostiikkaa ja auttaa diagnosoimaan ja hoitamaan yksilöitä, joilla on aiemmin diagnosoimattomia harvinaisia ​​sairauksia sekä Wisconsinissa että sen rajojen ulkopuolella.