NCCR AntiResist:: Uusia lähestymistapoja antibioottiresistenttien bakteerien torjuntaan (AntiResist)
NCCR AntiResist: Yksikeskinen tutkimus uusien lähestymistapojen tunnistamiseksi antibioottiresistenttien bakteerien torjuntaan.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
National Center of Competence in Research (NCCR) AntiResist pyrkii hyödyntämään potilasnäytteitä ihmispotilaiden bakteeripatogeenien fysiologian tutkimiseen ja perustamaan ainutlaatuisen monitieteisen verkoston kliinikoista, biologeista, insinööreistä, kemisteista, laskennallisista tutkijoista ja lääkekehittäjistä.
Tämän projektin tavoitteena on selvittää tartunnan saaneiden ihmispotilaiden bakteeripatogeenien fysiologisia ominaisuuksia, jotta voidaan tarjota uusia tapoja torjua superbakteereita. Näitä kliinisiä tietoja käytetään potilasta jäljittelevien ja in vitro -mallien kehittämisen ohjaamiseen ja vertailuun, uusien bakteerikohteiden, antibakteeristen yhdisteiden ja ei-tavanomaisten strategioiden etsimisen nopeuttamiseen.
Yksityiskohtaisesti keskitytään kolmeen tartuntatautien kliiniseen ilmenemismuotoon, jotka aiheutuvat neljästä kriittisestä bakteeripatogeenistä, jotka kuuluvat WHO:n "prioriteettipatogeenien" luetteloon: E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus ja P. aeruginosa:
A) Virtsatieinfektio B) Keuhkokuume C) Syvässä olevat infektiot D) Kontrollit A), B) ja C) E) Kliiniset kontrollit kohteille A), B) ja C) ilman saatuja näytteitä F) Analyysi, onko Art. . 34 HFV (Weiterverwendung biologischen Materials und/oder gesundheitsbezogener Personendaten für die Forschung bei fehlender Einwilligung und Information) voi välttää harhan.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Nina Khanna, Prof.
- Puhelinnumero: +41 61 328 73 25
- Sähköposti: nina.khanna@usb.ch
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Christoph Dehio, Prof.
Opiskelupaikat
-
-
-
Basel, Sveitsi, 4031
- Rekrytointi
- University Hospital Basel
-
Ottaa yhteyttä:
- Nina Khanna, Prof. Dr. med.
- Puhelinnumero: +41 61 328 73 25
- Sähköposti: nina.khanna@usb.ch
-
Ottaa yhteyttä:
- Richard Kühl, Dr. med.
- Puhelinnumero: +41 61 328 65 45
- Sähköposti: richard.kuehl@usb.ch
-
Päätutkija:
- Nina Khanna, Prof.
-
Alatutkija:
- Richard Kühl, Dr.
-
Alatutkija:
- Adrian Egli, Prof.
-
Alatutkija:
- Christoph Dehio, Prof.
-
Alatutkija:
- Mario Morgenstern, PD
-
Alatutkija:
- Martin Siegemund, Prof.
-
Alatutkija:
- Daiana Stolz, Prof.
-
Alatutkija:
- Sarah Tschudin Sutter, Prof.
-
Alatutkija:
- Bram Stieltjes, Dr.
-
Alatutkija:
- Dirk Buman, Prof.
-
Alatutkija:
- Urs Jenal, Prof.
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Potilaat, joilla on vahvistettu (i) virtsatieinfektio, (ii) keuhkokuume (mukaan lukien potilaat keuhkonsiirron jälkeen, kystinen fibroosi) tai (iii) syvälle juurtunut infektio, jossa on fokuspatogeeni:
- E. coli
- Klebsiella-lajit
- S. aureus
- P. aeruginosa
- Kontrollit: ei havaittavissa olevia bakteereja rutiininomaisessa mikrobiologisessa laboratoriossa eikä muuta infektiokohtaa näytteen ottamisen ja 10 päivän seurannan yhteydessä, allekirjoitettu yleinen suostumus
Kliiniset kontrollit ilman saatuja näytteitä, mutta joissa on vahvistettu (i) virtsatieinfektio, (ii) keuhkokuume (mukaan lukien potilaat keuhkonsiirron jälkeen, kystinen fibroosi) tai (iii) syvälle juurtunut infektio fokuspatogeenin kanssa:
- E. coli
- Klebsiella-lajit
- S. aureus
- P. aeruginosa
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, jotka ovat kieltäytyneet tutkimuksesta ja tietojensa/näytteidensä uudelleenkäytöstä (esim. yleinen suostumus) tai muu kieltäytyminen (esim. Patientenverfügung).
- muu kuin yksi rutiinimikrobiologian laboratorion fokusbakteereista
- Ikä: <18 vuotta
- Valvonta ilman allekirjoitettua yleistä suostumusta
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
A) Virtsatietulehdus
Jäännösvirtsan käsittely proteominen, metabolominen ja transkriptominen analyysi, immunosytokemiallinen tai fluoresenssi in situ hybridisaatio (FISH) -analyysi, virtaussytometria-analyysi (FACS), immunofenotyypitys.
Jos positiivinen kohdebakteerille: näyte säilytetään biopankissa.
Jos aikaisempi antibioottihoito: plasmanäytteiden säilytys.
Bakteerien ominaisuuksien tutkiminen (erittäin herkkä massaspektrometria, koko genomin sekvensointi), virulenssitekijöiden ilmentyminen, bakteerilajien genomiset muutokset, aineenvaihdunta, pintamolekyylien ilmentyminen, geenien ilmentymistasot, sytokiinitasot, immuunisolubiologia, antibioottipitoisuus (kromatografia/massaspektrometria) ).
Demografiset, kliiniset, mikrobiologiset, laboratorio-, epidemiologiset ja sairaalaan liittyvät tiedot analysoidaan.
500 näytettä kohdebakteeria kohden (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, Klebsiella-lajit) mukaan lukien.
Ensin suoritetaan pilottitutkimus satunnaisesti valituista potilaista kustakin bakteerilajiryhmästä (n = 50, kukin).
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
|
B) Keuhkokuume
Jäännösnäytteiden käsittely (henkitorven eritys, bronkioalveolaarinen huuhtelu (BAL)) proteomista, metabolomista, transkriptomista ja sytologista analyysiä varten.
Jos positiivinen kohdebakteerille: näyte säilytetään biopankissa.
Jos aikaisempi antibioottihoito: plasmanäytteiden säilytys.
Bakteerien ominaisuuksien tutkiminen.
Demografiset, kliiniset, mikrobiologiset, laboratorio-, epidemiologiset ja sairaalaan liittyvät tiedot analysoidaan.
500 näytettä kohdebakteeria kohden (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, Klebsiella-lajit) mukaan lukien.
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
|
C) Syvälle juurtuneet infektiot
Leikkauksensisäisten jäännösnäytteiden käsittely proteomiseen, metabolomiseen, transkriptomiseen ja sytologiseen analyysiin.
Jos positiivinen kohdebakteerille: näyte säilytetään biopankissa.
Bakteerien ominaisuuksien tutkiminen.
Demografiset, kliiniset, mikrobiologiset, laboratorio-, epidemiologiset ja sairaalaan liittyvät tiedot analysoidaan.
500 näytettä kohdebakteeria kohden (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, Klebsiella-lajit) mukaan lukien.
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
|
D) Säätimet kohdille A), B) ja C)
Kontrollinäytteet ovat peräisin potilailta, joilla on epäilty infektio (infektiopaikat A, B) tai C), joilla ei ole todettu mikrobiologisesti vahvistettua infektiota.
Säilytys biopankissa
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
|
E) Kliiniset kontrollit kohteille A), B) ja C) ilman saatuja näytteitä
Kliinisissä kontrolleissa arvioidaan niiden potilaiden kliiniset ominaisuudet, joiden rutiininäytteissä on havaittu kohdepatogeenejä (mutta joita ei voitu sisällyttää näyteanalyysiin tässä tutkimuksessa).
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
|
F) Selvitä analyysi, voidaanko HFV:n 34 artiklan soveltamisella välttää harha
Koska osa tämän tutkimuksen tiedoista ja näytteistä on kerätty eettisten toimikuntien edustajan suostumuksella, tutkitaan, sovelletaanko Art.
34 HFV estää valintaharhaa suhteessa tutkimuspopulaatioon.
Tätä tarkoitusta varten erot todellisen tutkimusjoukon välillä käyttäen Art.
34 HFV:tä ja tutkimuspopulaatiota, jolle on myönnetty tutkimuslupa, tutkitaan kuvailevasti moniresistenttien bakteerien esiintyvyyden ja muiden käytettävissä olevien populaatioominaisuuksien perusteella.
|
Näytteissä potilaista, jotka ovat saaneet jonkin fokuspatogeenin (E. coli, Klebsiella-lajit, S. aureus, P. aeruginosa) ovat: i) eristetyt ja patogeeniset bakteerit, jotka on karakterisoitu; ii) patogeenin in situ -ominaisuudet yksisolu- ja bulkkikeskiarvolla määritettynä; (iii) ihmisen metaboliitit, proteiinit ja solut määritetty (iv) määritetty antibioottipitoisuus (v) seurattu bakteerien kasvu Tiedoista vähennetään:
Kliiniset tulokset (eloonjääminen/kuolleisuus) ja hoitovaste (vaste tai epäonnistuminen) korreloivat in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin. |
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kliininen tulos: eloonjäämisprosentti
Aikaikkuna: kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
Eloonjäämisprosentti (korreloi in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin.
In vitro haettuja isäntä- ja bakteeritietoja ovat: proteomiikka, aineenvaihdunta, FISH, histologia, PCR/mikrobigenomin sekvensointi, mikrobien transkripti, antibioottipitoisuus, Timelapse-tutkimukset, fenotyyppiset karakterisoinnit, molekyylityypitys, luontaisen immuunivasteen karakterisointi, antibioottikestävyystestit, mikrofluidijärjestelmät 3-D-mallit, transkriptomiikka, virtaussytometria (FACS))
|
kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
|
Kliininen tulos: kuolleisuus
Aikaikkuna: kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
Kuolleisuus (korreloi in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin).
In vitro haettuja isäntä- ja bakteeritietoja ovat: proteomiikka, aineenvaihdunta, FISH, histologia, PCR/mikrobigenomin sekvensointi, mikrobien transkripti, antibioottipitoisuus, Timelapse-tutkimukset, fenotyyppiset karakterisoinnit, molekyylityypitys, luontaisen immuunivasteen karakterisointi, antibioottikestävyystestit, mikrofluidijärjestelmät 3-D-mallit, transkriptomiikka, virtaussytometria (FACS))
|
kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
|
Hoitovaste (binäärinen: kyllä/ei)
Aikaikkuna: kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
Hoitovaste (korreloi in vitro haettuihin isäntä- ja bakteeritietoihin.
In vitro haettuja isäntä- ja bakteeritietoja ovat: proteomiikka, aineenvaihdunta, FISH, histologia, PCR/mikrobigenomin sekvensointi, mikrobien transkripti, antibioottipitoisuus, Timelapse-tutkimukset, fenotyyppiset karakterisoinnit, molekyylityypitys, luontaisen immuunivasteen karakterisointi, antibioottikestävyystestit, mikrofluidijärjestelmät 3-D-mallit, transkriptomiikka, virtaussytometria (FACS))
|
kerta-arviointi lähtötilanteessa
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Nina Khanna, Prof., University Hospital Basel, Division of Infectiology
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
- Keuhkokuume
- S. aureus
- E. coli
- P. aeruginosa
- Ventilaattoriin liittyvä keuhkokuume (VAP)
- Sairaalasta hankittu keuhkokuume (HAP)
- Virtsatieinfektio (UTI)
- Klebsiella-lajit
- National Center of Competence in Research (NCCR)
- Syvälle juurtuneet infektiot
- bakteerien ominaisuudet
- Yhteisön hankkima keuhkokuume (CAP)
- kystinen fibroosi (CF)
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2020-02588; pe20Khanna
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .