NCCR AntiResist:: Nuevos enfoques para combatir las bacterias resistentes a los antibióticos (AntiResist)

A) Infección del tracto urinario

Procesamiento de orina residual para análisis proteómico, metabolómico y transcriptómico, análisis inmunocitoquímico o de hibridación in situ con fluorescencia (FISH), análisis de citometría de flujo (FACS), inmunofenotipado. Si es positivo para bacterias diana: muestra almacenada en biobanco. Si tratamiento antibiótico previo: almacenamiento de muestra de plasma. Exploración de propiedades bacterianas (espectrometría de masas de alta sensibilidad, secuenciación del genoma completo), expresión de factores de virulencia, alteraciones genómicas de especies bacterianas, metabolismo, expresión de moléculas de superficie, niveles de expresión génica, niveles de citoquinas, biología de células inmunitarias, concentración de antibióticos (cromatografía/espectrometría de masas ). Se analizarán datos demográficos, clínicos, microbiológicos, de laboratorio, epidemiológicos y hospitalarios. 500 muestras por bacteria objetivo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, especies de Klebsiella) incluidas. En primer lugar, se realiza un estudio piloto de pacientes seleccionados al azar dentro de cada grupo de especies bacterianas (n=50, cada uno).

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

B) Neumonía

Procesamiento de muestras residuales (secreción traqueal, lavado bronquioalveolar (BAL)) para análisis proteómico, metabolómico, transcriptómico y citológico. Si es positivo para bacterias diana: muestra almacenada en biobanco. Si tratamiento antibiótico previo: almacenamiento de muestra de plasma. Exploración de propiedades bacterianas. Se analizarán datos demográficos, clínicos, microbiológicos, de laboratorio, epidemiológicos y hospitalarios. 500 muestras por bacteria objetivo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, especies de Klebsiella) incluidas.

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

C) Infecciones profundas

Procesamiento de muestras de material residual intraoperatorio para análisis proteómico, metabolómico, transcriptómico y citológico. Si es positivo para bacterias diana: muestra almacenada en biobanco. Exploración de propiedades bacterianas. Se analizarán datos demográficos, clínicos, microbiológicos, de laboratorio, epidemiológicos y hospitalarios. 500 muestras por bacteria objetivo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, especies de Klebsiella) incluidas.

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

D) Controles para A), B) y C)

Las muestras de control proceden de pacientes con sospecha de infección (sitios de infección A), B) o C), en los que no se ha diagnosticado infección microbiológicamente confirmada. Almacenamiento en biobanco

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

E) Controles clínicos para A), B) y C) sin muestras obtenidas

Para los controles clínicos, se evaluarán las características clínicas de los pacientes con detección de patógenos objetivo en sus muestras de rutina (pero que no pudieron incluirse para el análisis de muestras en este estudio).

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

F) Cohorte con análisis si la aplicación del artículo (Art) 34 HFV puede evitar un sesgo

Dado que parte de los datos y muestras de este estudio se recopilan con el consentimiento representativo de los comités de ética, se investiga si la aplicación del art. 34 HFV previene el sesgo de selección con respecto a la población de estudio. A tal efecto, las diferencias entre la población real de estudio utilizando el art. 34 HFV y la población de estudio con el consentimiento de investigación proporcionado se investigarán de forma descriptiva en términos de prevalencia de gérmenes multirresistentes y otras características de población disponibles.

Otro: análisis de resistencia antimicrobiana

En muestras de pacientes infectados con uno de los patógenos foco (E. coli, especies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serán:

(i) bacterias patógenas aisladas y caracterizadas; (ii) determinación de las propiedades in situ del patógeno en una sola célula y promedio a granel; (iii) determinación de metabolitos, proteínas y células humanas (iv) determinación de la concentración de antibióticos (v) seguimiento del crecimiento bacteriano

De los datos se deducirá:

1. componentes humanos relevantes y propiedades de patógenos que son comunes a la mayoría de los pacientes con indicaciones similares
2. redes reguladoras subyacentes y desencadenantes en células patógenas y tejidos humanos.

Los resultados clínicos (supervivencia/mortalidad) y la respuesta al tratamiento (respuesta o fracaso) se correlacionarán con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro.

Resultado clínico: tasa de supervivencia

Tasa de supervivencia (correlacionada con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro). Los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro incluyen: proteómica, metabolómica, FISH, histología, PCR/secuenciación del genoma microbiano, transcriptoma microbiano, concentración de antibióticos, estudios de lapso de tiempo, caracterizaciones fenotípicas, tipificación molecular, caracterización de la respuesta inmunitaria innata, pruebas de tolerancia a los antibióticos, sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptómica, citometría de flujo (FACS))

Resultado clínico: tasa de mortalidad

Tasa de mortalidad (correlacionada con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro). Los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro incluyen: proteómica, metabolómica, FISH, histología, PCR/secuenciación del genoma microbiano, transcriptoma microbiano, concentración de antibióticos, estudios de lapso de tiempo, caracterizaciones fenotípicas, tipificación molecular, caracterización de la respuesta inmunitaria innata, pruebas de tolerancia a los antibióticos, sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptómica, citometría de flujo (FACS))

Respuesta al tratamiento (binario: sí/no)

Respuesta al tratamiento (correlacionada con los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro). Los datos bacterianos y del huésped recuperados in vitro incluyen: proteómica, metabolómica, FISH, histología, PCR/secuenciación del genoma microbiano, transcriptoma microbiano, concentración de antibióticos, estudios de lapso de tiempo, caracterizaciones fenotípicas, tipificación molecular, caracterización de la respuesta inmunitaria innata, pruebas de tolerancia a los antibióticos, sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptómica, citometría de flujo (FACS))