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NCCR AntiResist :: Nouvelles approches pour lutter contre les bactéries résistantes aux antibiotiques (AntiResist)

27 février 2025 mis à jour par: University Hospital, Basel, Switzerland

NCCR AntiResist : étude monocentrique pour identifier de nouvelles approches de lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques.

Il s'agit d'une étude exploratoire monocentrique comprenant des échantillons de patients collectés de manière prospective à l'hôpital universitaire de Bâle. Il s'agit d'étudier la résistance aux antimicrobiens (RAM) incluant trois manifestations cliniques des maladies infectieuses : l'infection urinaire, la pneumonie et les infections profondes. L'accent est mis sur quatre bactéries (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) qui font partie de la liste hautement prioritaire de l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Les échantillons de patients résiduels sont analysés pour l'analyse protéomique, métabolomique et transcriptomique, l'analyse immunocytochimique ou par hybridation in situ par fluorescence (FISH), l'analyse par cytométrie en flux (FACS) et l'immunophénotypage et l'exploration des propriétés bactériennes.

Aperçu de l'étude

Statut

Recrutement

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Le National Center of Competence in Research (NCCR) AntiResist vise à utiliser des échantillons de patients afin d'étudier la physiologie des pathogènes bactériens chez les patients humains et d'établir un réseau multidisciplinaire unique de cliniciens, biologistes, ingénieurs, chimistes, informaticiens et développeurs de médicaments.

L'objectif de ce projet est d'élucider les propriétés physiologiques des pathogènes bactériens chez les patients humains infectés afin de fournir de nouvelles façons de combattre les superbactéries. Ces données cliniques seront utilisées pour guider et comparer le développement de modèles imitant le patient et in vitro, accélérer la recherche de nouvelles cibles bactériennes, de composés antibactériens et de stratégies non conventionnelles.

Dans le détail, l'accent sera mis sur trois manifestations cliniques de maladies infectieuses causées par quatre pathogènes bactériens critiques appartenant à la liste des « pathogènes prioritaires » de l'OMS : E. coli, Klebsiella sp, S. aureus et P. aeruginosa :

A) Infection des voies urinaires B) Pneumonie C) Infections profondes D) Contrôles pour A), B) et C) E) Contrôles cliniques pour A), B) et C) sans échantillons obtenus F) Analyse si l'application de l'Art . 34 HFV (Weiterverwendung biologischen Materials und/oder gesundheitsbezogener Personendaten für die Forschung bei fehlender Einwilligung und Information) peut éviter un biais.

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

8000

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

  • Nom: Nina Khanna, Prof.
  • Numéro de téléphone: +41 61 328 73 25
  • E-mail: nina.khanna@usb.ch

Sauvegarde des contacts de l'étude

  • Nom: Christoph Dehio, Prof.

Lieux d'étude

  • Suisse
      • Basel, Suisse, 4031
        • Recrutement
        • University Hospital Basel
        • Contact:
          • Nina Khanna, Prof. Dr. med.
          • Numéro de téléphone: +41 61 328 73 25
          • E-mail: nina.khanna@usb.ch
        • Contact:
        • Chercheur principal:
          • Nina Khanna, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Richard Kühl, Dr.
        • Sous-enquêteur:
          • Adrian Egli, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Christoph Dehio, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Mario Morgenstern, PD
        • Sous-enquêteur:
          • Martin Siegemund, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Daiana Stolz, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Sarah Tschudin Sutter, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Bram Stieltjes, Dr.
        • Sous-enquêteur:
          • Dirk Buman, Prof.
        • Sous-enquêteur:
          • Urs Jenal, Prof.

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

18 ans et plus (Adulte, Adulte plus âgé)

Accepte les volontaires sains

Oui

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Échantillons de patients lors du prélèvement de routine à l'Hôpital universitaire de Bâle de novembre 2020 à décembre 2024 environ.

La description

Critère d'intégration:

  • Patients atteints (i) d'une infection des voies urinaires confirmée, (ii) d'une pneumonie (y compris les patients après une transplantation pulmonaire, la mucoviscidose) ou (iii) d'une infection profonde avec un pathogène focal :

    • E. coli
    • Espèces de Klebsiella
    • S. aureus
    • P. aeruginosa
  • Contrôles : aucune bactérie détectable dans le laboratoire de microbiologie de routine et aucun autre site d'infection à l'inclusion de l'échantillon et suivi pendant 10 jours, consentement général signé

  • Témoins cliniques sans échantillons obtenus, mais avec (i) infection des voies urinaires confirmée, (ii) pneumonie (y compris les patients après transplantation pulmonaire, fibrose kystique) ou (iii) infection profonde avec pathogène focal :

    • E. coli
    • Espèces de Klebsiella
    • S. aureus
    • P. aeruginosa

Critère d'exclusion:

  • Les patients qui ont refusé la recherche et la réutilisation de leurs données/échantillons (par ex. consentement général) ou tout autre refus (par ex. Patientenverfügung).
  • autre que l'une des bactéries ciblées dans le laboratoire de microbiologie de routine
  • Âge : <18 ans
  • Contrôles sans consentement général signé

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Intervention / Traitement
A) Infection urinaire
Traitement des urines résiduelles pour analyse protéomique, métabolomique et transcriptomique, analyse immunocytochimique ou par hybridation in situ par fluorescence (FISH), analyse par cytométrie en flux (FACS), immunophénotypage. Si positif pour les bactéries cibles : échantillon conservé à la biobanque. Si traitement antibiotique antérieur : conservation des échantillons de plasma. Exploration des propriétés bactériennes (spectrométrie de masse hautement sensible, séquençage du génome entier), expression des facteurs de virulence, altérations génomiques des espèces bactériennes, métabolisme, expression des molécules de surface, niveaux d'expression des gènes, niveaux de cytokines, biologie des cellules immunitaires, concentration d'antibiotiques (chromatographie/spectrométrie de masse ). Les données démographiques, cliniques, microbiologiques, de laboratoire, épidémiologiques et hospitalières seront analysées. 500 échantillons par bactérie cible (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espèce Klebsiella) inclus. Tout d'abord, une étude pilote à partir de patients sélectionnés au hasard dans chaque groupe d'espèces bactériennes (n = 50, chacun) est réalisée.
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.
B) Pneumonie
Traitement des échantillons résiduels (sécrétion trachéale, lavage bronchioalvéolaire (BAL)) pour analyse protéomique, métabolomique, transcriptomique et cytologique. Si positif pour les bactéries cibles : échantillon conservé à la biobanque. Si traitement antibiotique antérieur : conservation des échantillons de plasma. Exploration des propriétés bactériennes. Les données démographiques, cliniques, microbiologiques, de laboratoire, épidémiologiques et hospitalières seront analysées. 500 échantillons par bactérie cible (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espèce Klebsiella) inclus.
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.
C) Infections profondes
Traitement des échantillons résiduels de matériel peropératoire pour analyse protéomique, métabolomique, transcriptomique et cytologique. Si positif pour les bactéries cibles : échantillon conservé à la biobanque. Exploration des propriétés bactériennes. Les données démographiques, cliniques, microbiologiques, de laboratoire, épidémiologiques et hospitalières seront analysées. 500 échantillons par bactérie cible (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espèce Klebsiella) inclus.
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.
D) Contrôles pour A), B) et C)
Les échantillons de contrôle proviennent de patients suspects d'infection (sites d'infection A), B) ou C), chez lesquels aucune infection confirmée microbiologique n'a été diagnostiquée. Stockage à la biobanque
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.
E) Contrôles cliniques pour A), B) et C) sans échantillons obtenus
Pour les contrôles cliniques, les caractéristiques cliniques des patients avec détection d'agents pathogènes cibles dans leurs échantillons de routine (mais qui n'ont pas pu être inclus pour l'analyse des échantillons dans cette étude) seront évaluées.
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.
F) Cohorte avec analyse si l'application de l'article (art) 34 HFV peut éviter un biais
Étant donné qu'une partie des données et des échantillons de cette étude sont collectés avec le consentement représentatif des comités d'éthique, il est examiné si l'application de l'art. 34 HFV évite les biais de sélection par rapport à la population étudiée. À cette fin, les différences entre la population réelle de l'étude utilisant l'art. 34 Le VHF et la population de l'étude avec le consentement fourni pour la recherche feront l'objet d'une enquête descriptive en termes de prévalence de germes multirésistants et d'autres caractéristiques démographiques disponibles.
Autre: analyse de la résistance aux antimicrobiens

Dans des échantillons provenant de patients infectés par l'un des pathogènes cibles (E. coli, espèces Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) seront :

(i) bactéries isolées et pathogènes caractérisées ; (ii) les propriétés pathogènes in situ à une seule cellule et en vrac déterminées ; (iii) métabolites humains, protéines et cellules déterminés (iv) concentration d'antibiotique déterminée (v) croissance bactérienne surveillée

Seront déduits des données :

  1. composants humains pertinents et propriétés pathogènes communes à la plupart des patients présentant une indication similaire
  2. réseaux de régulation sous-jacents et déclencheurs dans les cellules pathogènes et les tissus humains.

Les résultats cliniques (survie/mortalité) et la réponse au traitement (réponse ou échec) seront corrélés aux données in vitro sur l'hôte et les bactéries.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Résultat clinique : taux de survie
Délai: évaluation unique au départ
Taux de survie (corrélé aux données sur l'hôte et les bactéries récupérées in vitro. Les données sur les hôtes et les bactéries récupérées in vitro incluent : protéomique, métabolomique, FISH, histologie, PCR/séquençage du génome microbien, transcriptome microbien, concentration d'antibiotiques, études Timelapse, caractérisations phénotypiques, typage moléculaire, caractérisation de la réponse immunitaire innée, tests de tolérance aux antibiotiques, systèmes microfluidiques, Modèles 3D, Transcriptomique, Cytométrie en flux (FACS))
évaluation unique au départ
Résultat clinique : taux de mortalité
Délai: évaluation unique au départ
Taux de mortalité (corrélé aux données sur l'hôte et les bactéries récupérées in vitro. Les données sur les hôtes et les bactéries récupérées in vitro incluent : protéomique, métabolomique, FISH, histologie, PCR/séquençage du génome microbien, transcriptome microbien, concentration d'antibiotiques, études Timelapse, caractérisations phénotypiques, typage moléculaire, caractérisation de la réponse immunitaire innée, tests de tolérance aux antibiotiques, systèmes microfluidiques, Modèles 3D, Transcriptomique, Cytométrie en flux (FACS))
évaluation unique au départ
Réponse au traitement (binaire : oui/non)
Délai: évaluation unique au départ
Réponse au traitement (corrélée aux données sur l'hôte et les bactéries récupérées in vitro. Les données sur les hôtes et les bactéries récupérées in vitro incluent : protéomique, métabolomique, FISH, histologie, PCR/séquençage du génome microbien, transcriptome microbien, concentration d'antibiotiques, études Timelapse, caractérisations phénotypiques, typage moléculaire, caractérisation de la réponse immunitaire innée, tests de tolérance aux antibiotiques, systèmes microfluidiques, Modèles 3D, Transcriptomique, Cytométrie en flux (FACS))
évaluation unique au départ

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

University Hospital, Basel, Switzerland

Collaborateurs

Swiss National Science Foundation

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Nina Khanna, Prof., University Hospital Basel, Division of Infectiology

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

3 décembre 2020

Achèvement primaire (Estimé)

1 décembre 2028

Achèvement de l'étude (Estimé)

1 décembre 2028

Dates d'inscription aux études

Première soumission

26 juillet 2021

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

18 août 2021

Première publication (Réel)

24 août 2021

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

25 mars 2025

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

27 février 2025

Dernière vérification

1 février 2025

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • 2020-02588; pe20Khanna

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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