NCCR AntiResist:: Novas abordagens para combater bactérias resistentes a antibióticos (AntiResist)
NCCR AntiResist: Estudo monocêntrico para identificar novas abordagens para combater bactérias resistentes a antibióticos.
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
O Centro Nacional de Competência em Pesquisa (NCCR) AntiResist visa utilizar amostras de pacientes para investigar a fisiologia de patógenos bacterianos em pacientes humanos e estabelecer uma rede multidisciplinar única de médicos, biólogos, engenheiros, químicos, cientistas computacionais e desenvolvedores de medicamentos.
O objetivo deste projeto é elucidar as propriedades fisiológicas de patógenos bacterianos em pacientes humanos infectados, a fim de fornecer novas formas de combater superbactérias. Esses dados clínicos serão usados para orientar e avaliar o desenvolvimento de modelos de imitação de pacientes e in vitro, acelerar a busca por novos alvos bacterianos, compostos antibacterianos e estratégias não convencionais.
Em detalhes, o foco será em três manifestações clínicas de doenças infecciosas causadas por quatro patógenos bacterianos críticos pertencentes à lista de "patógenos prioritários" da OMS: E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus e P. aeruginosa:
A) Infecção do trato urinário B) Pneumonia C) Infecções profundas D) Controles para A), B) e C) E) Controles clínicos para A), B) e C) sem amostras obtidas F) Análise se a aplicação do art. . 34 HFV (Weiterverwendung biologischen Materials und/oder gesundheitsbezogener Personendaten für die Forschung bei fehlender Einwilligung und Information) pode evitar um viés.
Tipo de estudo
Inscrição (Estimado)
Contactos e Locais
Contato de estudo
- Nome: Nina Khanna, Prof.
- Número de telefone: +41 61 328 73 25
- E-mail: nina.khanna@usb.ch
Estude backup de contato
- Nome: Christoph Dehio, Prof.
Locais de estudo
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Basel, Suíça, 4031
- Recrutamento
- University Hospital Basel
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Contato:
- Nina Khanna, Prof. Dr. med.
- Número de telefone: +41 61 328 73 25
- E-mail: nina.khanna@usb.ch
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Contato:
- Richard Kühl, Dr. med.
- Número de telefone: +41 61 328 65 45
- E-mail: richard.kuehl@usb.ch
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Investigador principal:
- Nina Khanna, Prof.
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Subinvestigador:
- Richard Kühl, Dr.
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Subinvestigador:
- Adrian Egli, Prof.
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Subinvestigador:
- Christoph Dehio, Prof.
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Subinvestigador:
- Mario Morgenstern, PD
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Subinvestigador:
- Martin Siegemund, Prof.
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Subinvestigador:
- Daiana Stolz, Prof.
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Subinvestigador:
- Sarah Tschudin Sutter, Prof.
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Subinvestigador:
- Bram Stieltjes, Dr.
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Subinvestigador:
- Dirk Buman, Prof.
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Subinvestigador:
- Urs Jenal, Prof.
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critério de inclusão:
Pacientes com (i) infecção do trato urinário confirmada, (ii) pneumonia (incluindo pacientes após transplante de pulmão, fibrose cística) ou (iii) infecção profunda com foco patogênico:
- E. coli
- espécie Klebsiella
- S. aureus
- P. aeruginosa
- Controles: nenhuma bactéria detectável no laboratório de microbiologia de rotina e nenhum outro local de infecção na inclusão da amostra e acompanhamento por 10 dias, consentimento geral assinado
Controles clínicos sem amostras obtidas, mas com (i) infecção do trato urinário confirmada, (ii) pneumonia (incluindo pacientes após transplante de pulmão, fibrose cística) ou (iii) infecção profunda com foco patogênico:
- E. coli
- espécie Klebsiella
- S. aureus
- P. aeruginosa
Critério de exclusão:
- Pacientes que recusaram a pesquisa e a reutilização de seus dados/amostras (por exemplo, consentimento geral) ou qualquer outra recusa (por exemplo, Patientenverfügung).
- diferente de uma das bactérias foco no laboratório de microbiologia de rotina
- Idade: <18 anos
- Controles sem consentimento geral assinado
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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A) Infecção urinária
Processamento de urina residual para análise proteômica, metabolômica e transcriptômica, imunocitoquímica ou hibridação in situ fluorescente (FISH), análise por citometria de fluxo (FACS), imunofenotipagem.
Se positivo para bactérias-alvo: amostra armazenada em biobanco.
Se tratamento antibiótico anterior: armazenamento da amostra de plasma.
Exploração de propriedades bacterianas (espectrometria de massa altamente sensível, sequenciamento completo do genoma), expressão de fatores de virulência, alterações genômicas de espécies bacterianas, metabolismo, expressão de moléculas de superfície, níveis de expressão gênica, níveis de citocinas, biologia celular imune, concentração de antibióticos (cromatografia/espectrometria de massa ).
Serão analisados dados demográficos, clínicos, microbiológicos, laboratoriais, epidemiológicos e hospitalares.
500 amostras por bactéria alvo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espécies de Klebsiella) incluídas.
Primeiro, é feito um estudo piloto de pacientes selecionados aleatoriamente dentro de cada grupo de espécies bacterianas (n = 50, cada).
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
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B) Pneumonia
Processamento de amostras residuais (secreção traqueal, lavado bronquioalveolar (BAL)) para análise proteômica, metabolômica, transcriptômica e citológica.
Se positivo para bactérias-alvo: amostra armazenada em biobanco.
Se tratamento antibiótico anterior: armazenamento da amostra de plasma.
Exploração das propriedades bacterianas.
Serão analisados dados demográficos, clínicos, microbiológicos, laboratoriais, epidemiológicos e hospitalares.
500 amostras por bactéria alvo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espécies de Klebsiella) incluídas.
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
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C) Infecções profundas
Processamento de amostras residuais de material intraoperatório para análise proteômica, metabolômica, transcriptômica e citológica.
Se positivo para bactérias-alvo: amostra armazenada em biobanco.
Exploração das propriedades bacterianas.
Serão analisados dados demográficos, clínicos, microbiológicos, laboratoriais, epidemiológicos e hospitalares.
500 amostras por bactéria alvo (S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, espécies de Klebsiella) incluídas.
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
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D) Controles para A), B) e C)
As amostras de controle resultam de pacientes com suspeita de infecção (sítios de infecção A), B) ou C), nos quais nenhuma infecção microbiológica confirmada foi diagnosticada.
Armazenamento em biobanco
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
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E) Controles clínicos para A), B) e C) sem amostras obtidas
Para os controles clínicos, serão avaliadas as características clínicas dos pacientes com detecção de patógenos-alvo em suas amostras de rotina (mas que não puderam ser incluídas para análise da amostra neste estudo).
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
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F) Coorte com análise se a aplicação do Artigo (Art) 34 HFV pode evitar um viés
Como parte dos dados e amostras deste estudo são coletados com o consentimento representativo dos comitês de ética, investiga-se se a aplicação do art.
34 O HFV evita o viés de seleção em relação à população do estudo.
Para este propósito, as diferenças entre a população real do estudo usando o art.
34 O HFV e a população do estudo com consentimento de pesquisa fornecido serão investigados descritivamente em termos da prevalência de germes multirresistentes e outras características populacionais disponíveis.
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Em amostras de pacientes infectados com um dos focos de patógenos (E. coli, espécies de Klebsiella, S. aureus, P. aeruginosa) serão: (i) bactérias patogênicas isoladas e caracterizadas; (ii) propriedades in-situ do patógeno em célula única e média geral determinadas; (iii) metabólitos humanos, proteínas e células determinadas (iv) concentração de antibiótico determinada (v) crescimento bacteriano monitorado Deduzido dos dados será:
Os resultados clínicos (sobrevivência/mortalidade) e a resposta ao tratamento (resposta ou falha) serão correlacionados com os dados bacterianos e hospedeiros recuperados in vitro. |
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Resultado clínico: taxa de sobrevivência
Prazo: avaliação única na linha de base
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Taxa de sobrevivência (correlacionada com o hospedeiro recuperado in vitro e dados bacterianos.
Os dados de hospedeiros e bactérias recuperados in vitro incluem: Proteômica, Metabolômica, FISH, Histologia, PCR/Sequenciamento do genoma microbiano, Transcriptoma microbiano, Concentração de antibióticos, Estudos de lapso de tempo, caracterizações fenotípicas, tipagem molecular, caracterização da resposta imune inata, Teste de tolerância a antibióticos, Sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptômica, citometria de fluxo (FACS))
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avaliação única na linha de base
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Desfecho clínico: taxa de mortalidade
Prazo: avaliação única na linha de base
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Taxa de mortalidade (correlacionada com o hospedeiro recuperado in vitro e dados bacterianos.
Os dados de hospedeiros e bactérias recuperados in vitro incluem: Proteômica, Metabolômica, FISH, Histologia, PCR/Sequenciamento do genoma microbiano, Transcriptoma microbiano, Concentração de antibióticos, Estudos de lapso de tempo, caracterizações fenotípicas, tipagem molecular, caracterização da resposta imune inata, Teste de tolerância a antibióticos, Sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptômica, citometria de fluxo (FACS))
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avaliação única na linha de base
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Resposta ao tratamento (binário: sim/não)
Prazo: avaliação única na linha de base
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Resposta ao tratamento (correlacionada com o hospedeiro recuperado in vitro e dados bacterianos.
Os dados de hospedeiros e bactérias recuperados in vitro incluem: Proteômica, Metabolômica, FISH, Histologia, PCR/Sequenciamento do genoma microbiano, Transcriptoma microbiano, Concentração de antibióticos, Estudos de lapso de tempo, caracterizações fenotípicas, tipagem molecular, caracterização da resposta imune inata, Teste de tolerância a antibióticos, Sistemas microfluídicos, modelos 3-D, transcriptômica, citometria de fluxo (FACS))
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avaliação única na linha de base
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Nina Khanna, Prof., University Hospital Basel, Division of Infectiology
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Estimado)
Conclusão do estudo (Estimado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
- Pneumonia
- S. aureus
- E. coli
- P. aeruginosa
- Pneumonia associada à ventilação mecânica (PAV)
- Pneumonia Adquirida em Hospital (PAH)
- Infecção do trato urinário (ITU)
- Espécie Klebsiella
- Centro Nacional de Competência em Pesquisa (NCCR)
- Infecções profundas
- propriedades bacterianas
- Pneumonia adquirida na comunidade (PAC)
- fibrose cística (FC)
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- 2020-02588; pe20Khanna
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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