Seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) ja potilaasta johdettujen tuumoriorganoidien (PDO) ohjatun hoidon tuleva kliininen validointi potilailla, joilla on pitkälle edenneitä/leikkauskelvottomia kiinteitä kasvaimia (PDO)

Tietoisen suostumuksen perusteella potilaille tehdään kudosnäytteitä (radiologinen, endoskooppinen tai kirurginen leikkaus). DNA uutetaan kudoksesta ja lähetetään koko eksomin sekvensointiin (WES), organoidiviljelmään ja lääketestaukseen. DNA-mutaatiot PDO-malleissa määritetään käyttämällä koko eksomin sekvensointia (WES). Mutaatiotaakka ja kuljettajageeniprofiili arvioidaan samankaltaisuuksien varalta primaarisissa syövissä tunnistettujen geenien kanssa. Luodut geneettiset tiedot tulkitaan vasteena FDA:n hyväksymille molekyyliin kohdistuville lääkkeille. Tutkijat tutkivat SAN-viljelmiä, jotka ovat resistenttejä saatavilla oleville kemoterapeuttisille vaihtoehdoille. Ne olisivat poikkeuksellisen arvokkaita tutkittaessa herkkyyttä kohdennetuille aineille, tarjoten vaihtoehtoisia hoitovaihtoehtoja kemorefraktorisille sairauksille. Aiemman kokemuksen perusteella projektiryhmä on kehittänyt alueelle Standard Operational Protocol (SOP) -protokollan ja luonut putkilinjan integroivaan analyysiin genomitietojen kanssa. SAN-kulttuuri ja genomiohjattu lääkeseulonta [12] Varmistaakseen alustamme kliinisen hyödyllisyyden tutkijat pyrkivät toimittamaan kunkin suojatun alkuperänimityksen lääkevaihtoehdot mielekkäässä ajassa. Tässä tyypillisesti 4-6 viikon puitteissa tutkijat luovat organoideja, tutkivat niiden molekyyliprofiilia ja suorittavat ex vivo -lääkeseulonnan, jonka avulla voimme yksilöidä hoidon kullekin potilaalle. Tukikelpoiset potilaat nähdään MDT-taulussa, jossa käydään läpi potilaiden tapaushistoria, laboratorio- ja radiologiset tulokset. Tietoisen suostumuksensa perusteella tutkimukseen osallistumiselle potilaalle suoritetaan kudosnäytteitä kasvaimesta (radiologisilla, endoskooppisilla tai kirurgisilla menetelmillä). Näytteistä otetut kasvaimet altistetaan sitten DNA-uutolle koko eksomin sekvensointia, organoidiviljelmää ja lääkeseulontaa varten. Tämä kestää 2-4 viikkoa. Väliaikana potilas voi saada kemoterapia-, kohde- tai hormonihoitoa biopsian ja lääkeseulontatulosten saatavuuden välillä. MDT tarkistaa huumeiden seulontatulokset ja suosittelee sellaisen lääkkeen käyttöä, jonka vaste on SAN. Kun useiden lääkkeiden on osoitettu olevan tehokkaita, lähetteen lähettäneellä onkologilla on viimeinen harkintavalta kemo- tai kohdennetun aineen valinnassa.

Tuumoriarvioinnit suoritetaan lähtötilanteessa 8 viikon välein. Tutkijat raportoivat kaikki haittatapahtumat ja vakavat haittatapahtumat NCI CTCAE:n määritelmien perusteella. Tutkijat raportoivat kaikista SAE-tapauksista yhteiselle NTEC-CUHK CREC:lle 24 tunnin kuluessa niiden esiintymisestä. CREC:n vanhemmat lääkärit arvioivat kaikki vakavat sairaudet.

Tutkijat pyrkivät määrittämään NGS/PDO-lääkeseulontaohjatun hoidon kliinisen tehokkuuden potilailla, joilla on leikkauskelvoton/edenneet kiinteät kasvaimet, jotka eivät kestä tavanomaista kemoterapiaa. Tutkijat korreloivat PDO-lääkevasteen ex vivo kliiniseen vasteeseen näillä potilailla. Hypoteesimme on, että WES- ja PDO-lääkeseulonta voi tarkasti tunnistaa ehdokaslääkkeet, jotka vähentävät kasvaimen kokoa ja tuovat etuja näille potilaille.

Tutkijat olettavat, että hoitovaste tavallisella hoidolla on noin 10 %. SAN- ja NGS-ohjattu hoito todennäköisesti parantaa vasteprosenttia noin 30 prosenttiin tai enemmän. Ensimmäisessä vaiheessa kertyy 10 potilasta. Jos vastetta on yksi tai vähemmän, näillä 10 potilaalla tutkimus keskeytetään. Muutoin potilasta kertyy 19 lisää eli yhteensä 29. Nollahypoteesi hylätään, jos 29 potilaalla havaitaan vähintään 6 vastetta. Tämä malli antaa tyypin 1 virhesuhteen 0,05 ja tehon 80 %. Tutkijat aikovat ottaa mukaan 40 tai enemmän potilasta kahden vuoden aikana olettaen, että noin 20 %:lla potilaista suojatun alkuperänimityksen viljely epäonnistuu.