Validazione clinica prospettica del sequenziamento di nuova generazione (NGS) e della terapia guidata con organoidi tumorali derivati ​​dal paziente (PDO) in pazienti con tumori solidi avanzati/inoperabili (PDO)

Previo consenso informato, i pazienti vengono sottoposti a campionamento dei tessuti (escissione radiologica, endoscopica o chirurgica). Il DNA viene estratto dal tessuto e inviato per il sequenziamento dell'intero esoma (WES), la coltura di organoidi e il test antidroga. Le mutazioni del DNA nei modelli PDO saranno determinate utilizzando il sequenziamento dell'intero esoma (WES). Il carico mutazionale e il profilo dei geni driver saranno valutati per somiglianze con quelli identificati nei tumori primari. I dati genetici generati verranno interpretati per la risposta ai farmaci con targeting molecolare approvati dalla FDA. I ricercatori studieranno le colture PDO resistenti alle opzioni chemioterapeutiche disponibili. Sarebbero di eccezionale valore per studiare la sensibilità agli agenti mirati, fornendo opzioni terapeutiche alternative per le malattie chemiorefrattarie. Sulla base dell'esperienza passata, il team del progetto ha sviluppato un protocollo operativo standard (SOP) nell'area e ha stabilito una pipeline di analisi integrativa con i dati del genoma. Cultura PDO e screening farmacologico guidato dal genoma [ 12 ] Per garantire l'utilità clinica della nostra piattaforma, i ricercatori mirano a fornire opzioni farmacologiche per ciascuna PDO entro un periodo di tempo significativo. In questo quadro, tipicamente di 4-6 settimane, i ricercatori genereranno organoidi, studieranno il loro profilo molecolare e intraprenderanno uno screening farmacologico ex vivo che ci consentirebbe di personalizzare la terapia per ciascun paziente. I pazienti idonei vengono esaminati in un comitato MDT in cui vengono esaminati l'anamnesi dei pazienti, i risultati di laboratorio e radiologici. Con il consenso informato alla partecipazione allo studio, il paziente viene sottoposto a prelievo di tessuto dal tumore (mediante metodi radiologici, endoscopici o chirurgici). I tumori campionati vengono quindi sottoposti all'estrazione del DNA per il sequenziamento dell'intero esoma, la coltura di organoidi e lo screening dei farmaci. Questo richiede dalle 2 alle 4 settimane. Nel periodo transitorio, al paziente è consentito ricevere un agente chemioterapico, un agente target o una terapia ormonale tra il momento della biopsia e la disponibilità dei risultati dello screening farmacologico. Un MDT esaminerà i risultati dello screening del farmaco e consiglierà l'uso di un farmaco con una risposta in un PDO. Quando più farmaci si dimostrano efficaci, l'oncologo referente ha la discrezione finale sulla scelta dell'agente chemioterapico o mirato.

Le valutazioni del tumore verranno eseguite al basale, ogni 8 settimane. Gli investigatori segnalano tutti gli eventi avversi e gli eventi avversi gravi in ​​base alle definizioni dell'NCI CTCAE. Gli investigatori segnalano tutti gli SAE al CREC congiunto NTEC-CUHK entro 24 ore dal loro verificarsi. I medici senior del CREC hanno giudicato tutti i SAE.

Gli investigatori mirano a determinare l'efficacia clinica del trattamento guidato dallo screening dei farmaci NGS/PDO in pazienti con tumori solidi inoperabili/avanzati refrattari alla chemioterapia convenzionale. I ricercatori hanno correlato la risposta ai farmaci PDO ex vivo con la risposta clinica in questi pazienti. La nostra ipotesi è che lo screening dei farmaci WES e PDO possa identificare con precisione i farmaci candidati che ridurranno le dimensioni del tumore e conferiranno benefici a questi pazienti.

Gli investigatori presumono che una risposta al trattamento con il trattamento standard sia intorno al 10%. Un trattamento guidato da PDO e NGS migliorerà probabilmente il tasso di risposta a circa il 30% o più. Nella prima fase verranno arruolati 10 pazienti. Se ci sarà una o meno risposte in questi 10 pazienti, lo studio verrà interrotto. In caso contrario verranno maturati ulteriori 19 pazienti per un totale di 29. L'ipotesi nulla verrà rifiutata se si osserveranno 6 o più risposte in 29 pazienti. Questo progetto produce un tasso di errore di tipo 1 di 0,05 e una potenza dell'80%. I ricercatori prevedono di arruolare 40 o più pazienti in un periodo di 2 anni, partendo dal presupposto che in circa il 20% dei pazienti la coltura PDO non ha successo.