Prospektivní klinická validace sekvenování nové generace (NGS) a řízené terapie nádorovými organoidy odvozenými od pacienta (PDO) u pacientů s pokročilým/inoperabilním pevným nádorem (PDO)

Na základě informovaného souhlasu pacienti podstupují odběr vzorků tkáně (radiologická, endoskopická nebo chirurgická excize). DNA je extrahována z tkáně a odeslána k celoexomovému sekvenování (WES), kultivaci organoidů a testování léků. Mutace DNA v modelech PDO budou určeny pomocí celoexomového sekvenování (WES). Mutační zátěž a profil hnacích genů budou posuzovány na podobnosti s těmi, které byly identifikovány u primárních rakovin. Získaná genetická data budou interpretována jako odpověď na molekulárně cílená léčiva schválená FDA. Výzkumníci by studovali kultury PDO odolné vůči dostupným chemoterapeutickým možnostem. Měly by výjimečnou hodnotu pro studium citlivosti na cílené látky, které by poskytovaly alternativní možnosti léčby nemocí odolných vůči chemoterapii. Na základě minulých zkušeností projektový tým vyvinul v této oblasti standardní operační protokol (SOP) a vytvořil propojení integrační analýzy s genomovými daty. Drogový screening na základě kultury CHOP a genomu [ 12 ] Aby byla zajištěna klinická užitečnost naší platformy, vyšetřovatelé se snaží dodávat lékové možnosti každého CHOP ve smysluplném časovém rámci. V tomto rámci typicky 4-6 týdnů výzkumní pracovníci vytvoří organoidy, prostudují jejich molekulární profil a provedou ex vivo screening léků, který by nám umožnil individualizovat terapii pro každého pacienta. Způsobilí pacienti jsou viděni na MDT tabuli, kde je přezkoumána anamnéza pacientů, laboratorní a radiologické výsledky. S informovaným souhlasem s účastí ve studii pacient podstoupí odběr tkáně do jeho nádoru (radiologickými, endoskopickými nebo chirurgickými metodami). Vzorky nádorů jsou poté podrobeny extrakci DNA pro sekvenování celého exomu, kultivaci organoidů a screening léčiv. To trvá 2-4 týdny. V přechodném období je pacientovi umožněno dostávat chemoterapeutickou látku, cílovou látku nebo hormonální terapii mezi časem biopsie a dostupností výsledků screeningu léků. MDT zkontroluje výsledky screeningu léků a doporučí použití léku s odezvou v PDO. Když se ukáže, že několik léků je účinných, má konečné rozhodnutí o volbě chemo- nebo cílené látky odesílající onkolog.

Hodnocení nádoru se bude provádět na začátku, každých 8 týdnů. Vyšetřovatelé hlásí všechny nežádoucí příhody a závažné nežádoucí příhody na základě definic v NCI CTCAE. Vyšetřovatelé hlásí všechny SAE Joint NTEC-CUHK CREC do 24 hodin od jejich výskytu. Starší lékaři v CREC posuzovali všechny SAE.

Výzkumníci se zaměřují na stanovení klinické účinnosti léčby NGS/PDO řízené screeningem léků u pacientů s inoperabilními/pokročilými solidními nádory refrakterními na konvenční chemoterapii. Vyšetřovatelé u těchto pacientů korelují lékovou odpověď PDO ex vivo s klinickou odpovědí. Naší hypotézou je, že screening léků WES a PDO dokáže přesně identifikovat kandidátní léky, které sníží velikost nádoru a přinesou těmto pacientům výhody.

Vyšetřovatelé předpokládají, že léčebná odpověď se standardní léčbou bude kolem 10 %. Léčba vedená PDO a NGS pravděpodobně zlepší míru odpovědi na přibližně 30 % nebo více. V první fázi se nashromáždí 10 pacientů. Pokud je jedna nebo méně odpovědí, u těchto 10 pacientů bude studie zastavena. Jinak přibude dalších 19 pacientů, celkem tedy 29. Nulová hypotéza bude zamítnuta, pokud bude pozorováno 6 nebo více odpovědí u 29 pacientů. Tato konstrukce poskytuje chybovost typu 1 0,05 a sílu 80 %. Vyšetřovatelé plánují zařadit 40 a více pacientů v průběhu 2 let s předpokladem, že asi u 20 % pacientů je kultivace PDO neúspěšná.