Ihon mikrobiston evoluutio tehohoitopotilailla, joilla on CVC (ICMc) (ICMc)
perjantai 20. lokakuuta 2023 päivittänyt: Centre Hospitalier de Cayenne
Tuleva kuvaava tutkimus ICU-potilaiden ihon mikrobiotosta, joilla on keskuslaskimokatetri (ICMc)
Tehohoitoyksikön (ICU) potilaat altistuvat katetriin liittyville infektioille, joilla on merkittävä sairastuvuus.
Katetrin kolonisaatio on jatkuvaa, mutta infektio ei ole.
Ihon dysbioosi voi olla puuttuva lenkki.
Tutkimuksemme tavoitteena on arvioida metagenomiikan avulla ihon mikrobiotan kehitystä tehohoitopotilailla, joilla on keskuslaskimokatetri paikallaan.
Päätavoitteemme on arvioida alfa-diversiteetin kehitystä mitattuna Shannonin monimuotoisuusindeksin (bakteerien metagenomiikassa käytetty monimuotoisuusindeksi) potilaan sisäisellä vaihtelulla.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Keskuslaskimokatetrit (CVC:t) ovat välttämättömiä jopa 60 %:lla teho-osastopotilaista, mikä merkitsee katetriin liittyvien infektioiden riskiä, joilla on korkea sairastuvuus ja kuolleisuus. Pääosin ihosta peräisin oleva katetrikolonisaatio on jatkuvaa, mutta infektio ei ole. Dysbioosin tiedetään liittyvän patologisiin tiloihin ja infektioon, esimerkiksi antibiootin jälkeiseen C. difficile -ripuliin tai atooppiseen ihottumaan, jossa oireisiin liittyy dysbioosi ja S. aureus -dominanssi. Ihon dysbioosi voi olla puuttuva linkki katetrin kolonisaation ja infektion välillä. Hypoteesimme on, että useiden teho-osastotekijöiden (stressi, antibioottien anto, paikalliset dysinfektiotoimenpiteet) vaikutuksesta ihon dybioosi ilmenee tehohoitopotilailla, joilla on keskuslaskimokatetri.
Kaikki aikuiset tehohoitopotilaat, joilla on indikaatio CVC:n sijoittamiseen, otetaan mukaan kuuden kuukauden ajan. Iho poistetaan CVC:n kiinnityskohdasta ennen CVC:n asettamista (perustaso) ja sen jälkeen 3 päivän välein (tai sidoksen vaihdon yhteydessä) CVC:n ollessa paikallaan, sitten tehoosaston poistuessa. Bakteerien metagenomiikka, jossa käytetään bakteerien DNA:n uuttamista, 16S PCR -amplifikaatiota ja Nanopore-sekvensointia, mahdollistaa ihon mikrobiston kuvauksen ja monimuotoisuuden arvioinnin Shannon-indeksin avulla. Alfa-diversiteetin kehitystä arvioidaan aikasarjadataanalyysin avulla: Shannonin indeksin vertailu eri ajankohtina Shanonnin perusindeksiin (ennen CVC:n sijoittamista). Suoritetaan tavallinen mikrobiologinen viljely ihon vanupuikolla. Potilaan yleiset ominaisuudet ja tiedot CVC-infektiosta ja hoidosta kerätään.
Tällä tutkimuksella ei ole vaikutusta potilaan hoitoon.
Kategoria 3 Ei-interventiivinen ihmistutkimus (RIPH 3)
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
120
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Ariane ROUJANSKY
- Puhelinnumero: +594594395354
- Sähköposti: ariane.roujansky@ch-cayenne.fr
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Hatem KALLEL
- Puhelinnumero: +594594395354
- Sähköposti: hatem.kallel@ch-cayenne.fr
Opiskelupaikat
-
-
Guyane Française
-
Cayenne, Guyane Française, Ranskan Guayana, 97306
- Rekrytointi
- Centre Hospitalier de Cayenne
-
Ottaa yhteyttä:
- Ariane ROUJANSKY, Dr
- Puhelinnumero: 53 54 +594 594 39 53 54
- Sähköposti: ariane.roujansky@ch-cayenne.fr
-
Ottaa yhteyttä:
- Hatem KALLEL, PhD
- Sähköposti: hatem.kallel@ch-cayenne.fr
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Aikuinen sairaalahoidossa Cayennen sairaalakeskuksen teho-osastolla, jolle CVC:n asennus on aiheellista
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Aikuinen sairaalahoidossa Cayennen sairaalakeskuksen teho-osastolla, jolle CVC:n asentaminen on aiheellista
Poissulkemiskriteerit:
- Alle 18-vuotias potilas
- Potilas tai luotettu henkilö tai perhe tai sukulainen, joka vastustaa osallistumista tutkimukseen (kieltäytyminen)
- Potilas, joka on oikeusturvan tai muun suojajärjestelmän (huollon tai huoltajan) alainen
- Potilas, jolla on ihovaurioita (infektio, palovamma) lähellä CVC:n ihon asennuskohtaa
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Alfa-monimuotoisuuden evoluutio
Aikaikkuna: Perustaso
|
Shannon-indeksin vertailu eri ajankohtina Shannonin perusindeksiin (ennen keskuslaskimokatetrin sijoittamista tehohoitopalvelusta poistumisen kautta).
Mitä korkeampi Shannon-indeksi, sitä suurempi monimuotoisuus.
|
Perustaso
|
|
Alfa-monimuotoisuuden evoluutio
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Shannon-indeksin vertailu eri ajankohtina Shannonin perusindeksiin (ennen keskuslaskimokatetrin sijoittamista tehohoitopalvelusta poistumisen kautta).
Mitä korkeampi Shannon-indeksi, sitä suurempi monimuotoisuus.
|
Päivä 3
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Ihopuikot Metagenomics
Aikaikkuna: Perustaso
|
Metagenomiikka: Ihonäytteiden alfa- ja beeta-monimuotoisuus
|
Perustaso
|
|
Ihon kolonisaatio
Aikaikkuna: Perustaso
|
Ihon kolonisaatio: positiivinen standardiviljelmä ihon vanupuikoista
|
Perustaso
|
|
Katetriin liittyvä kolonisaatio
Aikaikkuna: Perustaso
|
Katetriin liittyvä kolonisaatio: standardi keskuslinjaviljelmän positiivisuus
|
Perustaso
|
|
Keskilaskimokatetrin metagenomiikka
Aikaikkuna: Perustaso
|
Metagenomiikka: keskuslaskimokatetrin alfa- ja beeta-diversiteetti poiston yhteydessä
|
Perustaso
|
|
Katetriin liittyvä infektio
Aikaikkuna: Perustaso
|
Kliiniset oireet ja veriviljely ja/tai positiivinen katetriviljely
|
Perustaso
|
|
Ihopuikot Metagenomics
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Shannon-indeksin vertailu eri ajankohtina Shannonin perusindeksiin (ennen keskuslaskimokatetrin sijoittamista tehohoitopalvelusta poistumisen kautta).
Mitä korkeampi Shannon-indeksi, sitä suurempi monimuotoisuus.
|
Päivä 3
|
|
Ihon kolonisaatio
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Ihon kolonisaatio: positiivinen standardiviljelmä ihon vanupuikoista
|
Päivä 3
|
|
Katetriin liittyvä kolonisaatio
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Katetriin liittyvä kolonisaatio: standardi keskuslinjaviljelmän positiivisuus
|
Päivä 3
|
|
Keskilaskimokatetrin metagenomiikka
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Metagenomiikka: keskuslaskimokatetrin alfa- ja beeta-diversiteetti poiston yhteydessä
|
Päivä 3
|
|
Katetriin liittyvä infektio
Aikaikkuna: Päivä 3
|
Kliiniset oireet ja veriviljely ja/tai positiivinen katetriviljely
|
Päivä 3
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Ariane ROUJANSKY, Centre Hospitalier de Cayenne
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Aagaard K, Petrosino J, Keitel W, Watson M, Katancik J, Garcia N, Patel S, Cutting M, Madden T, Hamilton H, Harris E, Gevers D, Simone G, McInnes P, Versalovic J. The Human Microbiome Project strategy for comprehensive sampling of the human microbiome and why it matters. FASEB J. 2013 Mar;27(3):1012-22. doi: 10.1096/fj.12-220806. Epub 2012 Nov 19.
- Chien AL, Tsai J, Leung S, Mongodin EF, Nelson AM, Kang S, Garza LA. Association of Systemic Antibiotic Treatment of Acne With Skin Microbiota Characteristics. JAMA Dermatol. 2019 Apr 1;155(4):425-434. doi: 10.1001/jamadermatol.2018.5221.
- Safdar N, Maki DG. The pathogenesis of catheter-related bloodstream infection with noncuffed short-term central venous catheters. Intensive Care Med. 2004 Jan;30(1):62-7. doi: 10.1007/s00134-003-2045-z. Epub 2003 Nov 26.
- Grice EA, Segre JA. The skin microbiome. Nat Rev Microbiol. 2011 Apr;9(4):244-53. doi: 10.1038/nrmicro2537. Erratum In: Nat Rev Microbiol. 2011 Aug;9(8):626.
- Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLoS Biol. 2016 Aug 19;14(8):e1002533. doi: 10.1371/journal.pbio.1002533. eCollection 2016 Aug.
- Meylan P, Lang C, Mermoud S, Johannsen A, Norrenberg S, Hohl D, Vial Y, Prod'hom G, Greub G, Kypriotou M, Christen-Zaech S. Skin Colonization by Staphylococcus aureus Precedes the Clinical Diagnosis of Atopic Dermatitis in Infancy. J Invest Dermatol. 2017 Dec;137(12):2497-2504. doi: 10.1016/j.jid.2017.07.834. Epub 2017 Aug 24.
- Raad I, Costerton W, Sabharwal U, Sacilowski M, Anaissie E, Bodey GP. Ultrastructural analysis of indwelling vascular catheters: a quantitative relationship between luminal colonization and duration of placement. J Infect Dis. 1993 Aug;168(2):400-7. doi: 10.1093/infdis/168.2.400.
- Kong HH, Oh J, Deming C, Conlan S, Grice EA, Beatson MA, Nomicos E, Polley EC, Komarow HD; NISC Comparative Sequence Program; Murray PR, Turner ML, Segre JA. Temporal shifts in the skin microbiome associated with disease flares and treatment in children with atopic dermatitis. Genome Res. 2012 May;22(5):850-9. doi: 10.1101/gr.131029.111. Epub 2012 Feb 6.
- Chen HS, Wang FD, Lin M, Lin YC, Huang LJ, Liu CY. Risk factors for central venous catheter-related infections in general surgery. J Microbiol Immunol Infect. 2006 Jun;39(3):231-6.
- Timsit JF. [Updating of the 12th consensus conference of the Societe de Reanimation de langue francaise (SRLF): catheter related infections in the intensive care unit]. Ann Fr Anesth Reanim. 2005 Mar;24(3):315-22. doi: 10.1016/j.annfar.2004.12.022. French.
- Grice EA, Kong HH, Conlan S, Deming CB, Davis J, Young AC; NISC Comparative Sequencing Program; Bouffard GG, Blakesley RW, Murray PR, Green ED, Turner ML, Segre JA. Topographical and temporal diversity of the human skin microbiome. Science. 2009 May 29;324(5931):1190-2. doi: 10.1126/science.1171700.
- Tacconelli E, Smith G, Hieke K, Lafuma A, Bastide P. Epidemiology, medical outcomes and costs of catheter-related bloodstream infections in intensive care units of four European countries: literature- and registry-based estimates. J Hosp Infect. 2009 Jun;72(2):97-103. doi: 10.1016/j.jhin.2008.12.012. Epub 2009 Feb 25.
- Soufir L, Timsit JF, Mahe C, Carlet J, Regnier B, Chevret S. Attributable morbidity and mortality of catheter-related septicemia in critically ill patients: a matched, risk-adjusted, cohort study. Infect Control Hosp Epidemiol. 1999 Jun;20(6):396-401. doi: 10.1086/501639.
- Christensen GD, Simpson WA, Bisno AL, Beachey EH. Adherence of slime-producing strains of Staphylococcus epidermidis to smooth surfaces. Infect Immun. 1982 Jul;37(1):318-26. doi: 10.1128/iai.37.1.318-326.1982.
- Darouiche RO. Device-associated infections: a macroproblem that starts with microadherence. Clin Infect Dis. 2001 Nov 1;33(9):1567-72. doi: 10.1086/323130. Epub 2001 Sep 26.
- Byrd AL, Belkaid Y, Segre JA. The human skin microbiome. Nat Rev Microbiol. 2018 Mar;16(3):143-155. doi: 10.1038/nrmicro.2017.157. Epub 2018 Jan 15.
- Coates M, Lee MJ, Norton D, MacLeod AS. The Skin and Intestinal Microbiota and Their Specific Innate Immune Systems. Front Immunol. 2019 Dec 17;10:2950. doi: 10.3389/fimmu.2019.02950. eCollection 2019.
- Nakatsuji T, Chen TH, Narala S, Chun KA, Two AM, Yun T, Shafiq F, Kotol PF, Bouslimani A, Melnik AV, Latif H, Kim JN, Lockhart A, Artis K, David G, Taylor P, Streib J, Dorrestein PC, Grier A, Gill SR, Zengler K, Hata TR, Leung DY, Gallo RL. Antimicrobials from human skin commensal bacteria protect against Staphylococcus aureus and are deficient in atopic dermatitis. Sci Transl Med. 2017 Feb 22;9(378):eaah4680. doi: 10.1126/scitranslmed.aah4680.
- Chen CH, Tu CC, Kuo HY, Zeng RF, Yu CS, Lu HH, Liou ML. Dynamic change of surface microbiota with different environmental cleaning methods between two wards in a hospital. Appl Microbiol Biotechnol. 2017 Jan;101(2):771-781. doi: 10.1007/s00253-016-7846-4. Epub 2016 Oct 22.
- Seekatz AM, Young VB. Clostridium difficile and the microbiota. J Clin Invest. 2014 Oct;124(10):4182-9. doi: 10.1172/JCI72336. Epub 2014 Jul 18.
- Sommer F, Anderson JM, Bharti R, Raes J, Rosenstiel P. The resilience of the intestinal microbiota influences health and disease. Nat Rev Microbiol. 2017 Oct;15(10):630-638. doi: 10.1038/nrmicro.2017.58. Epub 2017 Jun 19.
- Hooks KB, O'Malley MA. Dysbiosis and Its Discontents. mBio. 2017 Oct 10;8(5):e01492-17. doi: 10.1128/mBio.01492-17.
- McBride ME, Duncan WC, Knox JM. The environment and the microbial ecology of human skin. Appl Environ Microbiol. 1977 Mar;33(3):603-8. doi: 10.1128/aem.33.3.603-608.1977.
- Cusco A, Catozzi C, Vines J, Sanchez A, Francino O. Microbiota profiling with long amplicons using Nanopore sequencing: full-length 16S rRNA gene and the 16S-ITS-23S of the rrn operon. F1000Res. 2018 Nov 6;7:1755. doi: 10.12688/f1000research.16817.2. eCollection 2018.
- Haegeman B, Hamelin J, Moriarty J, Neal P, Dushoff J, Weitz JS. Robust estimation of microbial diversity in theory and in practice. ISME J. 2013 Jun;7(6):1092-101. doi: 10.1038/ismej.2013.10. Epub 2013 Feb 14.
- Kim BR, Shin J, Guevarra R, Lee JH, Kim DW, Seol KH, Lee JH, Kim HB, Isaacson R. Deciphering Diversity Indices for a Better Understanding of Microbial Communities. J Microbiol Biotechnol. 2017 Dec 28;27(12):2089-2093. doi: 10.4014/jmb.1709.09027.
- Rozas M, Brillet F, Callewaert C, Paetzold B. MinION Nanopore Sequencing of Skin Microbiome 16S and 16S-23S rRNA Gene Amplicons. Front Cell Infect Microbiol. 2022 Jan 5;11:806476. doi: 10.3389/fcimb.2021.806476. eCollection 2021.
- Matsuo Y, Komiya S, Yasumizu Y, Yasuoka Y, Mizushima K, Takagi T, Kryukov K, Fukuda A, Morimoto Y, Naito Y, Okada H, Bono H, Nakagawa S, Hirota K. Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION nanopore sequencing confers species-level resolution. BMC Microbiol. 2021 Jan 26;21(1):35. doi: 10.1186/s12866-021-02094-5.
- NCBI Resource Coordinators. Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D7-19. doi: 10.1093/nar/gkv1290. Epub 2015 Nov 28.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Perjantai 2. kesäkuuta 2023
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Lauantai 2. joulukuuta 2023
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Sunnuntai 2. kesäkuuta 2024
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Tiistai 20. kesäkuuta 2023
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 20. lokakuuta 2023
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Maanantai 23. lokakuuta 2023
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Maanantai 23. lokakuuta 2023
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 20. lokakuuta 2023
Viimeksi vahvistettu
Maanantai 1. toukokuuta 2023
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2023_006
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .