- ICH GCP
- Yhdysvaltain kliinisten tutkimusten rekisteri
- Kliininen tutkimus NCT06289283
Virtsan ja virtsaputken mikrobiota voi olla virtsarakon syövän induktiotekijä. Tutkimuksessa tutkitaan miespotilaiden virtsaa ja virtsarakon syöpäkudoksia sekä kontrollien virtsaa käyttäen koko genomista sekvensointitekniikkaa ja 16S-rRNA:ta. Tavoitteena on selvittää virtsarakon mikrobiotan roolia (Cancer bladder)
Virtsan mikrobiston profilointi miespotilailla, joilla on virtsarakon syöpä
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
-rationaalisuus ja tavoitteet:
A- Virtsarakon syöpä:
Perustelut Virtsarakon syövän on arvioitu olevan yhdeksänneksi yleisin pahanlaatuinen sairaus, ja sen arvioidaan olevan 160 000 tai enemmän kuolemaa vuodessa maailmanlaajuisesti.
Yhä enemmän tiedostetaan virtsateissä asuvien mikrobien tärkeä rooli terveyden ylläpitämisessä sekä sairauksien ja virtsarakon syövän kehittymisessä [1].
Virtsarakon syövän alkamisen ja tiettyjen mikrobien välillä on vakiintunut korrelaatio [2,3,4,5,].
Isäntä-DNA:n vaurioituminen voidaan aloittaa suoraan spesifisten E. coli -kantojen tuottamien genotoksiinien kautta tai epäsuoraa reittiä käynnistämällä hapettavia lajeja. Mikrobiomilla ja sen tuotteilla on syöpää estävä vaikutus [6].
Perinteisesti virtsaa ja virtsarakon uroteelia on pidetty steriileinä terveillä yksilöillä. Tämä konsepti perustui normaaleihin mikrobiologisiin virtsaviljelmiin. Viime aikoina on kertynyt todisteita ja todisteita siitä, että virtsateissä on myös erilaisia kommensaalisia mikro-organismeja. Virtsan mikrobiomia on raportoitu terveillä yksilöillä [7].
Virtsarakon mikrobiomia on tutkittu harvoin, ja Streptococcus sp:n on raportoitu rikastuneen joidenkin virtsarakkosyöpäpotilaiden virtsarakossa [8].
Bučević Popović V et al [1] raportoivat, että:" Virtsarakon syöpää sairastavien miespotilaiden ja terveiden yksilöiden virtsanäytteissä olevat bakteeriyhteisöt analysoitiin 16S-sekvensoinnilla. Tulokset osoittavat, että molemmissa ryhmissä runsain kasvi oli Firmicutes, jota seurasivat Actinobacteria, Bacteroidetes ja Proteobacteria. Merkittävästi virtsarakon syövän suhteen rikastui Fusobacterium-suku, joka on mahdollinen protumorigeeninen patogeeni. Virtsarakon syöpäkudoksissa PCR:llä havaitut Fusobacterium nucleatum -suvut Veillonella, Streptococcus ja Corynebacterium olivat runsaammin terveissä virtsassa. Campylobacter hominis rikastettiin virtsanäytteissä virtsarakon syöpäpotilailta, Campylobacter-lajit ovat mahdollisesti patogeenisiä, koska ne tuottavat myrkkyjä, tunkeutuvat epiteelisoluihin ja voivat välttää isännän immuunivasteet.
Mikrobiotalla voi olla tuumoria tukahduttavia vaikutuksia ihmisisännälle [6]. Seuraavan sukupolven sekvensointitekniikat (NGS) ovat mahdollistaneet mikrobiyhteisöjen profiloinnin tietyissä elinympäristöissä. 16S ribosomaalisen RNA:n (rRNA) geenisekvensointia käytetään mikrobiotan profilointiin NGS-tekniikoilla. Mikrobiootan profilointitutkimuksissa on tärkeää valita, mikä 16S rRNA:n hypervariaabeli alue sekvenssiin on kriittinen. Kaikki yhdeksän 16S rRNA:n hypervariaabelia aluetta ovat taksonomisesti informatiivisia, mutta johtuen profilointisuorituskyvyn vaihtelusta spesifisesti, ihanteellisen 16S rRNA:n hypervariaabelin alueen valinta riippuu tutkittavan elinympäristön bakteerikoostumuksesta. Virtsateitä kolonisoivat mikrobiyhteisöt (urobiomi) tunnistetaan V4:stä, V5:stä. Viimeaikaiset tutkimukset ovat osoittaneet, että urobiomidysbioosi liittyy useisiin urologisiin tiloihin [9,10,11] ja virtsarakon syöpään [12].
Tavoitteet: Siksi on ratkaisevan tärkeää karakterisoida urobiomi terveydessä ja virtsarakon syövissä, ja se voi johtaa uusiin virtsarakon syövän ehkäisy-, diagnoosi- ja hoitostrategioihin.
Tavoitteet Tämän tutkimuksen tavoitteena on karakterisoida virtsarakon syöpään sairastuneiden aikuisten miespotilaiden virtsan mikrobistoa ja korreloida mikrobiotaan terveillä aikuisilla miehillä.
2-Metodologia 2-1 Tutkimustyyppi: Prospektiivinen tapauskontrollitutkimus 2-2 Sisällys-, poissulkemiskriteerit, rekrytointiprosessi. [tutkimukseen osallistuvia potilaita pyydetään antamaan tietoinen suostumus, tohtori Loay Mostafa ja tohtori Mohamed Sahab urologian osastolta - TBRI vastaa tästä kohdasta].
Sisällyttämiskriteerit:
- Aikuiset yli 18-vuotiaat miehet,
- Virtsarakon syöpä diagnosoitu kuvantamisultraäänitutkimuksella ja/tai tietokonetomografialla sekä virtsan sytologialla.
- Varmistettu virtsarakon syöpä joko diagnostisen kystoskopian, aiemman patologian tai biopsianäytteiden patologisen tutkimuksen aikana.
Poissulkemiskriteerit:
- Aiempi sädehoito virtsarakkoon tai viereiseen elimeen.
- Aiempi intravesikaalinen instillaatioimmunoterapia Calmette-Guérin-bacillus (BCG) tai kemoterapeuttisten lääkkeiden rakonsisäinen tiputus.
- Aiempi neoadjuvanttikemoterapia. Rekrytointiprosessi Potilaat, jotka täyttävät poissulkemis- ja mukaanottokriteerit. 2-3 Otoskoko Kolmekymmentäkahdeksan egyptiläistä miestä, ikä ≥ 18, rekrytoidaan TBRI:n urologian osastolle otoskoon laskennan mukaisesti käyttämällä online-ohjelmistoa (Sample Size Calculator). Normaalilta henkilöltä otetaan kymmenen virtsanäytettä.
https://www.calculator.net/sample-size-calculator.html Näytteen koko on 16 ei-lihakseen invasiivista virtsarakon syöpää (NMIBC). Tämä tarkoittaa, että 95 %:n luotettavuustason saavuttamiseksi tarvitaan vähintään 16 mittausta/tutkimusta. Lihasinvasiivisen virtsarakon syövän (MIBC) näytteen koko on 11. Tämä tarkoittaa, että tarvitaan 40 tai enemmän mittausta/tutkimusta, jotta luotettavuustaso on 95 %. Kontrolliryhmän näytekoko on 11. Tämä tarkoittaa, että vähintään 10 mittausta/tutkimusta tarvitaan, jotta luottamustaso on 95 % A. TBRI:n urologian osastolle rekrytoidaan 38 miestä. Otoskoon laskennan mukaan online-ohjelmistolla (Sample Size Calculator). Yksitoista virtsanäytettä kerätään osoitteesta. Näytteen koko on 16 ei-lihakseen invasiivista virtsarakon syöpää (NMIBC) varten. Tämä tarkoittaa, että tarvitaan vähintään 16 mittausta/tutkimusta, jotta 95 %:n luottamustaso on, että todellinen arvo on ±17,53 %:n sisällä mitatusta/tutkitusta arvosta.
Lihasinvasiivisen virtsarakon syövän (MIBC) näytteen koko on 11. Tämä tarkoittaa, että tarvitaan vähintään 11 mittausta/tutkimusta, jotta 95 %:n luottamustaso on, että todellinen arvo on ±30,36 %:n sisällä mitatusta/tutkitusta arvosta.
Kontrolliryhmän näytekoko on 11. Tämä tarkoittaa, että tarvitaan vähintään 11 mittausta/tutkimusta, jotta 95 %:n luottamustaso on, että todellinen arvo on ±30,36 %:n sisällä mitatusta/tutkitusta arvosta.
normaaleja yksilöitä. Tämä näyte edustaa virtsarakon syövän mikrobiomitutkimusta.
https://www.calculator.net/sample-size-calculator.html 2-4 Näytekokoelma
Virtsarakon syöpä:
Tutkittujen näytteiden kokonaismäärä: Tutkimuksessa selvitetään virtsan ja kudosnäytteiden mikrobiota, joten jokainen virtsarakon syöpää sairastava potilas antaa (2 näytettä). Kontrolliryhmä antaa virtsanäytteen (yksi näyte). Viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että mikrobiotaa on havaittu normaaleiden yksilöiden ja virtsarakon syöpäpotilaiden uroteelissä, tämä mikrobiota eroaisi virtsan (nestemäisen) mikrobiotosta.
Viitteet:
- Mansour B, Monyók Á, Makra N, Gajdács M, Vadnay I, Ligeti B, Juhász J, Szabó D, Ostorházi E. Virtsarakon syöpään liittyvä mikrobiota: virtsa- ja kudosnäytteiden erojen tutkiminen. Sci Rep. 2020 heinäkuu 6;10(1):11042. doi: 10.1038/s41598-020-67443-2.
Parra-Grande M, Oré-Arce M, Martínez-Priego L, D'Auria G, Rosselló-Mora R, Lillo M, Sempere A, Lumbreras B, Sánchez-Hellín V. Virtsarakon mikrobiotan profilointi potilailla, joilla on virtsarakon syöpä. Edessä Microbiol. 2022 7. helmikuuta;12:718776. doi: 10.3389/fmicb.2021.718776.
Ryhmä I: Ei-lihakseen invasiivinen virtsarakon syöpä, 16 potilasta, 16 virtsarakon kudosta ja 16 virtsanäytteitä. Yhteensä 32 näytettä. (Tutkimuksessa selvitetään virtsan ja kudosnäytteiden mikrobiota, joten jokainen virtsarakon syöpää sairastava potilas antaa (2 näytettä). Kontrolliryhmä antaa virtsanäytteen (yksi näyte). Viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että mikrobiotaa on havaittu normaaleiden yksilöiden ja virtsarakon syöpäpotilaiden uroteelissä, tämä mikrobisto eroaisi virtsan (nestemäisen) mikrobiotosta. (Viitteet: ) Ryhmä II: Lihaksiin invasiivinen virtsarakon syöpä, 11 potilasta. 22 näytettä 11 virtsarakon kudokselle ja 11 virtsanäytteelle, jotka on otettu samoista potilaista. Ryhmä III: 11 normaalia aikuista: virtsanäytteet toimivat tutkimuksen kontrolliryhmänä.
Osallistujamäärä on yhteensä 38 henkilöä.
Näytteet mikrobiomianalyysiin:
Näytteet kerätään puhtaisiin, vuotamattomiin säiliöihin, joissa ei ole desinfiointi- tai pesuainejäämiä ja joissa on tiiviit tiiviit kannet, ja säilytetään jääkaapissa TBRI:n mikrobiologian laboratoriossa analysoituihin asti.
Virtsanäytteitä (50 ml) mikrobiomianalyysiä varten kerätään kystoskopiatutkimuksen yhteydessä. Näytteet säilytetään -80 °C:ssa käsittelyyn asti.
Kudos- ja virtsanäytteet potilailta, joilla on virtsarakon syöpä: Diagnostisen kystoskopian standardimenettelyssä virtsanäyte kerätään täysin aseptisissa olosuhteissa, virtsarakon kasvainpotilaille suoritetaan virtsarakon kasvaimen transuretraalinen resektio, tutkitaan kudosnäyte, jonka koko on 0,5 x 0,5 cm. mikrobiomianalyysiä varten. Näytteet säilytetään -80 °C:ssa käsittelyyn asti. Histopatologisen diagnoosin hematoksyliini- ja eosiinivärillä tekee asiantuntijapatologi kasvaimen asteen ja vaiheen osalta WHO 22:n ja EAU:n ohjeiden 2023 mukaisesti. Tätä menettelyä sovelletaan sekä ei-lihasinvasiiviseen että lihasinvasiiviseen uroteelisyövän hoitoon. Potilaat, joille tehdään radikaali kystectomia virtsarakon syövän vuoksi, otetaan mukaan otokseen.
Näytteitä patologisiin tutkimuksiin:
Kudosnäytteet kiinnitetään formaliinilla ja tutkitaan hematoksyliini- ja eosiinivärillä.
Kliiniset tiedot Urologit antavat riittävät kudosnäytteet, jotka ovat pieni osa koko resektoidusta kasvaimesta tai osa kystektomianäytteitä. patologiseen arviointiin ja antaa patologille hyödyllistä kliinistä tietoa, jotta hän voi päättää parhaan tavan käsitellä ja käsitellä kirurgisia näytteitä ja laatia tarkan patologiaraportin.
Urologi määrittelee:
- Demografiset tiedot ja potilaan kliininen historia, virtsatieinfektion historia ja jos se oli toistuva tai satunnainen, virtsarakon sytologia, jos se on olemassa, onko kyseessä kasvaimen ensimmäinen esiintyminen, ja jos ei, tiedot aiemmasta hoidosta.
- Virtsarakon limakalvon kystoskooppinen ulkonäkö ja osoittavat kasvainten lukumäärän, koon, sijainnin, vaurion morfologiset piirteet: papillaarinen, kiinteä tai haavainen.
- Jäljelle jääneen limakalvon tila, jos lisäbiopsiat tehdään.
Nämä tiedot ovat välttämättömiä uroteelin oikeaan arviointiin ja mikrobiomiin. Koska hoidoilla voi olla vaikutusta kasvaimen morfologiaan ja normaalin näköiseen uroteeliin.
Virtsarakon syöpänäytteiden raportointi
- Patologinen arviointi Patologi diagnosoi virtsarakon syövän ja virtsarakon syövän tyypin tutkimalla solut virtsarakon kudosbiopsiasta. Virtsarakon syövän eri histologiset kasvaintyypit raportoidaan vuonna 2022 muutetun WHO:n virtsarakon kasvainten 2016 luokituksen (Mazzucchelli ym. 2021) mukaisesti.
- Mikrobiologinen arviointi: Mikrobien tunnistusmenetelmät virtsasta ja kudoksesta
Näytteenotto- ja viljelyolosuhteet kliinisistä bakteeri-isolaateista:
Rajoitetun määrän mikro-organismeja, pääasiassa aerobisia ja nopeasti kasvavia bakteereja, havaitseminen.
Bakteeri-isolaattien tunnistaminen: Isolaatit tunnistetaan viljelemällä verellä, MacConkey-agarilla ja sabaruds-agarilla, minkä jälkeen ne tunnistetaan suorittamalla biokemialliset testit, oksidaasitesti mannitoli-, sappieskuliini- ja katalaasitestillä. Kaikki isolaatit tunnistetaan lajitasolla Vitek 2 -kompaktijärjestelmän avulla.
2-5 Biokemian ja molekyylibiologian arviointi: 16S Metagenomic Sekvensing -analyysi Koko genomista sekvensointia (WGS) sovelletaan kaikkiin tapauksiin, metodologia ja laadunvalvonta ovat genomi- ja metagenomisen keskuksen mukaisia lasten syöpäsairaalassa 57357, jotka aikovat suorittaa WGS- ja 16S-sekvensointi virtsa- ja kudosnäytteistä.
1- DNA:n eristäminen virtsasta ja kudoksesta. Virtsanäytteet (50 ml) sulatetaan ja sentrifugoidaan 7500 g:ssä 4 °C:ssa 10 minuuttia. Pellettiä käytetään DNA:n uuttamiseen käyttämällä Invitrogen™ PureLink™ Microbiome DNA Purification Kitiä valmistajan ohjeiden mukaisesti. Ympäristökontaminaation välttämiseksi kaikki eristykset virtsanäytteistä ja pelkkää reagenssia sisältävästä uuttokontrollista tehdään PCR-kuvun sisällä. Eristetyt DNA-näytteet sijoitetaan -20 °C:seen PCR-amplifikaatioon asti. DNA kvantifioidaan käyttämällä DeNovix dsDNA High Sensitivity Assay Kit -sarjaa (Illumina 2013).
2- PCR-pohjaiset KABA KAPA Library Quantification Kit -sarjat sisältävät kaikki reagenssit, joita tarvitaan seuraavan sukupolven sekvensointikirjastojen (NGS) tarkkaan, luotettavaan ja toistettavaan qPCR-pohjaiseen kvantifiointiin, jotka on valmistettu sekvensointiin Illumina-alustoilla. Sarjat sisältävät KAPA SYBR FAST qPCR Master Mixin (formuloitu erilaisilla passiivisilla vertailuväreillä eri qPCR-instrumentteihin), alustakohtaisen kirjaston kvantifiointialukkeen esiseoksen ja esilaimennetun joukon DNA-standardeja.
16S-rRNA-geenin V3-V4-aluetta monistetaan fuusioalukkeilla, jotka sisältävät Illumina-adapterit ja indeksointiviivakoodit. PCR-vaiheessa lisätään indeksi 1 (i7) ja indeksi 2 (i5), sekvensointi ja yhteiset sovittimet (P5 ja P7), joita tarvitaan klusterin luomiseen ja sekvensointiin. Korkean herkkyyden DNA-elektroforeesi Bioanalyzer-järjestelmällä tehdään NGS-kirjaston laadunvalvonta-analyysin parantamiseksi. 3-16S rRNA-geenikirjaston valmistus ja MiSeq-sekvensointi. 16S rDNA:n PCR-monistuksen, sekvensoinnin ja analyysit suorittaa NGS Illumina MiSeq, joka kohdistuu bakteerin V3V4-alueeseen MiSeq Reagent Kit v3 (600 sykli). 16S-rRNA-geeniamplikonin sekvensointia (16S-analyysi) käytetään laajalti mikrobiotan analysointiin seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoilla. 16S-analyysitiedot standardeista V3-V4-alukesarjoista (V34) virtsarakon mikrobiotan analyysiprotokollan optimoimiseksi. 4- Bioinformatiikka ja tilastolliset analyysit. Annotoitua genomia analysoidaan edelleen käyttämällä bioinformaattisia putkia saadakseen käsityksen patogeenin biologiasta ja mahdollisuudesta aiheuttaa tautia. Se sisältää:
- Laadunvalvonta ja luonnosgenomin parantaminen poistamalla virheitä ja täyttämällä aukkoja.
- Lopullisen genomin merkintä, mukaan lukien geenien toimintojen ja muiden ominaisuuksien tunnistaminen ja kuvaus.
- Vertaileva genomiikka, joka sisältää äskettäin sekvensoidun genomin vertaamisen samankaltaisten patogeenien genomiin erojen ja yhtäläisyyksien tunnistamiseksi.
- Funktionaalinen analyysi: tähän sisältyy annotoitujen geenien toimintojen tunnistaminen ja niiden polkujen ja prosessien ymmärtäminen, joihin ne osallistuvat. Tämä voi paljastaa tärkeimmät virulenssitekijät ja auttaa ymmärtämään patogeenin patogeneesimekanismia.
- Fylogeneettinen analyysi: Tämä sisältää äskettäin sekvensoidun genomin vertaamisen genomiin
- sukulaisia patogeenejä evoluutiosuhteiden määrittämiseksi ja patogeenien leviämisen seuraamiseksi eri populaatioissa.
- Erot yleisessä mikrobikoostumuksessa virtsarakon syövän ja terveen välillä
näytteet arvioidaan. NGS ei ole saatavilla TBRI:ssä, 16S-sekvensointi ja bioinformatiikka tehdään maksullisena lastensairaalassa 57357 (he ovat tervetulleita suorittamaan sekvensointia "maksettu"-periaatteella).
16S ribosomaalisen RNA:n (rRNA) sekvensointianalyysi
- DNA:n eristäminen virtsasta ja kudoksesta. Virtsanäytteet (50 ml) sulatetaan ja sentrifugoidaan 7500 g:ssä 4 °C:ssa 10 minuuttia. Pellettiä käytetään DNA:n uuttamiseen käyttämällä mikrobiomi-DNA-puhdistussarjaa. Ympäristökontaminaation välttämiseksi kaikki eristykset virtsanäytteistä ja pelkkää reagenssia sisältävästä uuttokontrollista tehdään PCR-kuvun sisällä. Eristetyt DNA-näytteet sijoitetaan -20 °C:seen PCR-monistukseen asti. DNA kvantifioidaan käyttämällä määrityssarjaa (Illumina 2013).
- PCR-pohjaiset KABA KAPA Library Quantification Kit -sarjat sisältävät kaikki reagenssit, joita tarvitaan seuraavan sukupolven sekvensointikirjastojen (NGS) tarkkaan, luotettavaan ja toistettavaan qPCR-pohjaiseen kvantifiointiin, joka on valmistettu sekvensointiin Illumina-alustoilla. Alustakohtainen kirjaston kvantifiointialukkeen esiseos ja esilaimennettu joukko DNA-standardeja.
16S rRNA:n hypervariaabelit alueet V1V2 ja V3-V4 vahvistetaan fuusioalukkeilla, jotka sisältävät Illumina-adapterit ja indeksointiviivakoodit.
Korkean herkkyyden DNA-elektroforeesi Bioanalyzer-järjestelmällä tehdään NGS-kirjaston laadunvalvonta-analyysin parantamiseksi.
3-16S rRNA-geenikirjaston valmistus ja MiSeq-sekvensointi. 16S rRNA:n PCR-monistuksen, sekvensoinnin ja analyysit suorittaa NGS Illumina, joka kohdistuu V1-V2- ja V3-V4-alueisiin. 16S-rRNA-geeniamplikonin sekvensointia (16S-analyysi) käytetään analysoimaan mikrobiota seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoilla. 16S-analyysitiedot standardeista V1-V2, V3-V4 alukesarjoista virtsarakon mikrobiotan analyysiprotokollan optimoimiseksi.
4- Bioinformatiikka ja tilastolliset analyysit. Annotoitua genomia analysoidaan edelleen käyttämällä bioinformaattisia putkia saadakseen käsityksen patogeenin biologiasta ja mahdollisuudesta aiheuttaa tautia.
Viitteet
- Bučević Popović V, Šitum M, Chow CT, Chan LS, Roje B, Terzić J. Virtsarakon syöpään liittyvä virtsan mikrobiomi. Sci Rep. 2018, 14. elokuuta; 8(1):12157. doi: 10.1038/s41598-018-29054-w.
- Wishahi, M., Otto, T. & Golka, K. Re: virtsarakon karsinoomat potilailla, joilla on neurogeeninen virtsarakon ja virtsan skitosomiaasi - ovatko ne samoja kasvaimia?. World J Urol 40, 2139-2140 (2022). https://doi.org/10.1007/s00345-022-04076-2
- Hanan R, Murata M, Ma N, Hammam O, Wishahi M, El Leithy T, Hiraku Y, Oikawa S, Kawanishi S (2012) COX-2:n ydinlokalisaatio suhteessa stemness markkerien ilmentymiseen virtsarakon syöpään. Mediat Inflamm 2012:165879 2012;2012:165879. doi: 10.1155/2012/165879.
- Cancrini F, Michel F, Cussenot O, Alshehhi H, Comperat E, Phé V (2022) Virtsarakon karsinoomat potilailla, joilla on neurogeeninen virtsarakon ja virtsan skitosomiaasi: ovatko ne samoja kasvaimia? Maailma J Urol. https://doi.org/10.1007/s00345-022-03941-4
- Hammam O, Wishahi M, Khalil H, El Ganzouri H, Badawy M, Elkhquly A, Elesaily K (2014) Sytokeratiinin 7, 20, 14 ilmentyminen Egyptin virtsarakon syövän uroteelikarsinoomassa ja levyepiteelikarsinoomassa. J Egypt Soc Parasitol 44(3):733-740
- Zitvogel L, Daillère R, Roberti MP, Routy B, Kroemer G. Mikrobiomin ja sen tuotteiden syövänvastaiset vaikutukset. Nat. Rev. Microbiol. 2017;15:109-128. doi: 10.1038/nrmicro.2017.44.
- Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. Virtsateiden mikrobiomi - rooli infektion ulkopuolella. Nat. Pastori Urol. 2015;12:81-90. doi: 10.1038/nrurol.2014.361.
- Xu W, et ai. Mini-katsaus: mikrobiomin näkökulma uroteelisyövän patogeneesissä. Olen. J. Clin. Exp. Urol. 2014; 2:57-61.
- Brubaker, L., Gourdine, J.-P. F., Siddiqui, N. Y., Holland, A., Halverson, T., Limeria, R., et ai. (2021a). Konsensuksen muodostaminen urobiomitutkimuksen edistämiseksi. mSystems 6, e0137120. doi: 10.1128/mSystems.01371-20
- Brubaker, L., Putonti, C., Dong, Q. ja Wolfe, A. J. (2021b). Ihmisen urobiomi. Mamm. Genomi 32, 232-238. doi: 10.1007/s00335-021-09862-8
- -Carrasco, V., Soriano-Lerma, A., Soriano, M., J. ja Garcia-Salcedo, J. A. (2021). Virtsateiden mikrobiomi: virtsateiden Yin ja Yang. Edessä. Cell. Tartuttaa. Microbiol. 11. doi: 10.3389/fcimb.2021.617002
- 43. Wu N, et ai. Ulosteen mikrobiotan dysbioosi-allekirjoitus paksusuolen ja peräsuolen syöpäpotilailla. Microb. Ecol. 2013;66:462-470. doi: 10.1007/s00248-013-0245-9.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Cairo, Egypti, 12411
- Theodor Bilharz Research Institute
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Ryhmä I: Ei-lihakseen invasiivinen virtsarakon syöpä, 16 potilasta, 16 virtsarakon kudosta ja 16 virtsanäytteitä. Yhteensä 32 näytettä. (Tutkimuksessa selvitetään virtsan ja kudosnäytteiden mikrobiota, joten jokainen virtsarakon syöpää sairastava potilas antaa (2 näytettä). Kontrolliryhmä antaa virtsanäytteen (yksi näyte). ) Ryhmä II: Lihakseen invasiivinen virtsarakon syöpä, 11 potilasta. 22 näytettä 11 virtsarakon kudokselle ja 11 virtsanäytteelle, jotka on otettu samoista potilaista. Ryhmä III: 11 normaalia aikuista: virtsanäytteet toimivat tutkimuksen kontrolliryhmänä.
Osallistujamäärä on yhteensä 38 henkilöä.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Aikuiset yli 18-vuotiaat miehet,
- Virtsarakon syöpä diagnosoitu kuvantamisultraäänitutkimuksella ja/tai tietokonetomografialla sekä virtsan sytologialla.
- Varmistettu virtsarakon syöpä joko diagnostisen kystoskopian, aiemman patologian tai biopsianäytteiden patologisen tutkimuksen aikana.
Poissulkemiskriteerit:
- Aiempi sädehoito virtsarakkoon tai viereiseen elimeen.
- Aiempi intravesikaalinen instillaatioimmunoterapia Calmette-Guérin-bacillus (BCG) tai kemoterapeuttisten lääkkeiden rakonsisäinen tiputus.
- Aiempi neoadjuvanttikemoterapia.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Ei-lihakseen invasiivisen virtsarakon syövän ja lihaksiin invasiivisen virtsarakon syövän virtsarakon syöpä.
Ryhmä I: Ei-lihakseen invasiivinen virtsarakon syöpä, 16 potilasta, 16 virtsarakon kudosta ja 16 virtsanäytteitä. Yhteensä 32 näytettä. (Tutkimuksessa selvitetään virtsan ja kudosnäytteiden mikrobiota, joten jokainen virtsarakon syöpää sairastava potilas antaa (2 näytettä). Kontrolliryhmä antaa virtsanäytteen (yksi näyte). Viimeaikaiset tutkimukset osoittivat, että mikrobiotaa on havaittu normaaleiden yksilöiden ja virtsarakon syöpäpotilaiden uroteelissä, tämä mikrobisto eroaisi virtsan (nestemäisen) mikrobiotosta. (Viitteet: ) Ryhmä II: Lihaksiin invasiivinen virtsarakon syöpä, 11 potilasta. 22 näytettä 11 virtsarakon kudokselle ja 11 virtsanäytteelle, jotka on otettu samoista potilaista. Ryhmä III: 11 normaalia aikuista: virtsanäytteet toimivat tutkimuksen kontrolliryhmänä. Osallistujamäärä on yhteensä 38 henkilöä |
Näytteet mikrobiomianalyysiin: Näytteet kerätään puhtaisiin, vuotamattomiin säiliöihin, joissa ei ole desinfiointi- tai pesuainejäämiä ja joissa on tiiviit tiiviit kannet, ja säilytetään jääkaapissa TBRI:n mikrobiologian laboratoriossa analysoituihin asti. Virtsanäytteitä (50 ml) mikrobiomianalyysiä varten kerätään kystoskopiatutkimuksen yhteydessä. Näytteet säilytetään -80 °C:ssa käsittelyyn asti. Kudos- ja virtsanäytteet potilailta, joilla on virtsarakon syöpä: Diagnostisen kystoskopian standardimenettelyssä virtsanäyte kerätään täysin aseptisissa olosuhteissa, virtsarakon kasvainpotilaille suoritetaan virtsarakon kasvaimen transuretraalinen resektio, tutkitaan kudosnäyte, jonka koko on 0,5 x 0,5 cm. mikrobiomianalyysiä varten. Näytteet säilytetään -80 °C:ssa käsittelyyn asti. Histopatologisen diagnoosin hematoksyliini- ja eosiinivärillä tekee asiantuntijapatologi kasvaimen asteen ja vaiheen osalta WHO 22:n ja EAU:n ohjeiden 2023 mukaisesti. Tätä menettelyä sovelletaan |
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Terveyden ja virtsarakon syövän mikrobiston karakterisoiminen ja voi johtaa uusiin virtsarakon syövän ehkäisy-, diagnoosi- ja hoitostrategioihin
Aikaikkuna: Näytteenotto 12 kuukautta, seuraavan sukupolven sekvensointi ja bioinformatiikka 6 kuukautta, tietojen tulkinta 6 kuukautta.
|
Biokemian ja molekyylibiologian arviointi: 16S Metagenomic Sekvensing -analyysi Koko genomisekvenssiä (WGS) sovelletaan kaikkiin tapauksiin, metodologia ja laadunvalvonta ovat genomi- ja metagenomisen keskuksen mukaisia lasten syöpäsairaalassa 57357, jotka suorittavat WGS:n ja 16S:n virtsan ja kudosnäytteiden sekvensointi.
1- DNA:n eristäminen virtsasta ja kudoksesta.
Virtsanäytteet (50 ml) sulatetaan ja sentrifugoidaan 7500 g:ssä 4 °C:ssa 10 minuuttia.
Pellettiä käytetään DNA:n uuttamiseen käyttämällä Invitrogen™ PureLink™ Microbiome DNA Purification Kitiä valmistajan ohjeiden mukaisesti.
Ympäristökontaminaation välttämiseksi kaikki eristykset virtsanäytteistä ja pelkkää reagenssia sisältävästä uuttokontrollista tehdään PCR-kuvun sisällä.
Eristetyt DNA-näytteet sijoitetaan -20 °C:seen PCR-amplifikaatioon asti.
DNA kvantifioidaan käyttämällä DeNovix dsDNA High Sensitivity Assay Kit -sarjaa (Illumina 2013).
2- PCR-pohjaiset KABA KAPA -kirjaston kvantifiointisarjat sisältävät kaiken
|
Näytteenotto 12 kuukautta, seuraavan sukupolven sekvensointi ja bioinformatiikka 6 kuukautta, tietojen tulkinta 6 kuukautta.
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvioitu)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
- Neoplasmat
- Urologiset kasvaimet
- Urogenitaaliset kasvaimet
- Neoplasmat sivustoittain
- Urologiset sairaudet
- Virtsarakon sairaudet
- Synnynnäiset poikkeavuudet
- Otorinolaryngologiset sairaudet
- Korvan sairaudet
- Naisten virtsa- ja sukupuolielinten sairaudet
- Naisten virtsa- ja sukupuolielinten sairaudet ja raskauden komplikaatiot
- Urogenitaaliset sairaudet
- Miesten urogenitaaliset sairaudet
- Virtsarakon kasvaimet
- Synnynnäinen mikrotia
- Infektiota estävät aineet
- Desinfiointiaineet
Muut tutkimustunnusnumerot
- Theodor Bilharz Research Ins.
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
IPD-suunnitelman kuvaus
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .