Ta strona została przetłumaczona automatycznie i dokładność tłumaczenia nie jest gwarantowana. Proszę odnieść się do angielska wersja za tekst źródłowy.

Mikrobiota w moczu i nabłonku dróg moczowych może być czynnikiem wywołującym raka pęcherza moczowego. W badaniu zostaną zbadane tkanki moczu i raka pęcherza moczowego pochodzące od mężczyzn oraz mocz osób kontrolnych przy użyciu technik sekwencjonowania całego genomu i 16S rRNA. Celem jest wyjaśnienie roli mikroflory w pęcherzu (Cancer bladder)

25 lutego 2024 zaktualizowane przez: Mohamed Wishahi, Theodor Bilharz Research Institute

Profilowanie mikroflory układu moczowego u mężczyzn chorych na raka pęcherza moczowego

Drobnoustroje zamieszkujące drogi moczowe odgrywają ważną rolę w utrzymaniu zdrowia oraz rozwoju chorób i raka pęcherza moczowego. Istnieje korelacja między inicjacją raka pęcherza moczowego a drobnoustrojami. Tkanki moczu i pęcherza moczowego od zdrowych osób i pacjentów z rakiem pęcherza moczowego analizowano za pomocą sekwencjonowania 16S rRNA, wyniki wskazują na liczną gromadę. Technologie sekwencjonowania nowej generacji zostaną zastosowane do sekwencjonowania całego genomu i genu rybosomalnego RNA 16S do profilowania mikroflory w tkance moczu i pęcherza moczowego zdrowych mężczyzn i pacjentów z rakiem pęcherza moczowego. Wyniki pozwolą opracować profilaktykę, diagnostykę i nowe strategie leczenia raka pęcherza moczowego.

Przegląd badań

Szczegółowy opis

-Racjonalność i cele:

A- Rak pęcherza:

Uzasadnienie Szacuje się, że rak pęcherza moczowego jest dziewiątą pod względem częstości występowania chorobą nowotworową, powodującą co najmniej 160 000 zgonów rocznie na całym świecie.

Rośnie świadomość istotnej roli drobnoustrojów bytujących w drogach moczowych, które odgrywają ważną rolę w utrzymaniu zdrowia oraz rozwoju chorób i raka pęcherza moczowego [1].

Istnieje dobrze ugruntowana korelacja pomiędzy inicjacją raka pęcherza moczowego a określonymi czynnikami drobnoustrojowymi [2,3,4,5,].

Uszkodzenie DNA gospodarza może zostać zainicjowane bezpośrednio przez genotoksyny wytwarzane przez specyficzne szczepy E. coli lub drogą pośrednią poprzez inicjację gatunków utleniających. Mikrobiom i jego produkty mają działanie przeciwnowotworowe [6].

Tradycyjnie u zdrowych osób nabłonek moczu i pęcherza moczowego uważa się za jałowy. Koncepcja ta opierała się na standardowych mikrobiologicznych posiewach moczu. Ostatnio istnieje coraz więcej dowodów i dowodów na to, że w drogach moczowych żyją także różne mikroorganizmy komensalne. Donoszono o mikrobiomie moczu u zdrowych osób [7].

Mikrobiom moczu w raku pęcherza moczowego był rzadko badany, donoszono, że w pęcherzu niektórych pacjentów z rakiem pęcherza moczowego wzbogacono Streptococcus sp. [8].

Bučević Popović V i wsp. [1] podali, że: „Zbiorowiska bakterii obecne w próbkach moczu pacjentów płci męskiej z rakiem pęcherza moczowego oraz osób zdrowych analizowano przy użyciu sekwencjonowania 16S. Wyniki pokazują, że najliczniejszym typem w obu grupach był Firmicutes, a następnie Actinobacteria, Bacteroidetes i Proteobacteria. W raka pęcherza moczowego istotnie wzbogacił się rodzaj Fusobacterium, który jest potencjalnym patogenem protumorogennym. W tkankach raka pęcherza moczowego sekwencje Fusobacterium jądro wykryte metodą PCR z rodzajów Veillonella, Streptococcus i Corynebacterium występowały częściej w zdrowym moczu. Campylobacter hominis został wzbogacony w próbki moczu pacjentów chorych na raka pęcherza moczowego. Gatunki Campylobacter są potencjalnie chorobotwórcze, ponieważ wytwarzają toksyny, atakują komórki nabłonkowe i mogą uniknąć odpowiedzi immunologicznej gospodarza”.

Mikroflora może zapewniać ludzkiemu gospodarzowi działanie hamujące nowotwór [6]. Technologie sekwencjonowania nowej generacji (NGS) umożliwiły profilowanie zbiorowisk drobnoustrojów w określonych siedliskach. Sekwencjonowanie genów rybosomalnego RNA 16S (rRNA) wykorzystuje się do profilowania mikroflory za pomocą technologii NGS. Wybór regionu hiperzmiennego 16S rRNA do sekwencjonowania ma kluczowe znaczenie w badaniach profilowania mikroflory. Wszystkie dziewięć regionów hiperzmiennych 16S rRNA dostarcza informacji taksonomicznych, ale ze względu na zmienność w wydajności profilowania w szczególności wybór idealnego regionu hiperzmiennego 16S rRNA będzie zależał od składu bakteryjnego badanego siedliska. Zbiorowiska drobnoustrojów kolonizujące drogi moczowe (urobiom) identyfikuje się w V4, V5. Ostatnie badania wykazały, że dysbioza ubiomu jest powiązana z kilkoma schorzeniami urologicznymi [9,10,11] i rakiem pęcherza moczowego [12].

Cele: Dlatego niezwykle istotne jest scharakteryzowanie urobimu w przypadku raka pęcherza moczowego i zdrowia, co może prowadzić do nowych strategii zapobiegania, diagnozowania i leczenia raka pęcherza moczowego.

Cele Celem tego badania jest scharakteryzowanie mikroflory układu moczowego dorosłych mężczyzn chorych na raka pęcherza moczowego i powiązanie jej z mikroflorą zdrowych dorosłych mężczyzn w grupie kontrolnej.

2-Metodologia 2-1 Typ badania: Prospektywne badanie kliniczno-kontrolne 2-2 Włączenie, kryteria wykluczenia, proces rekrutacji. [pacjenci włączeni do badania zostaną poproszeni o wyrażenie świadomej zgody, za tę pozycję odpowiedzialni będą dr Loay Mostafa i dr Mohamed Sahab z Oddziału Urologii – TBRI].

Kryteria przyjęcia:

  • Dorośli mężczyźni powyżej 18 roku życia,
  • Zdiagnozowano raka pęcherza moczowego za pomocą ultrasonografii obrazowej i/lub tomografii komputerowej oraz cytologii moczu.
  • Potwierdzony rak pęcherza moczowego podczas cystoskopii diagnostycznej, wcześniejszej patologii lub badania patologicznego próbek biopsyjnych.

Kryteria wyłączenia:

  • Wcześniejsza radioterapia pęcherza moczowego lub sąsiedniego narządu.
  • Wcześniejsza immunoterapia dopęcherzowa poprzez wkroplenie Bacillus Calmette-Guérin (BCG) lub dopęcherzowe wkroplenie chemioterapeutyków.
  • Wcześniejsza chemioterapia neoadjuwantowa. Proces rekrutacji Pacjenci spełniający kryteria wykluczenia i włączenia. 2-3 Wielkość próby Trzydziestu ośmiu egipskich mężczyzn w wieku ≥ 18 lat zostanie zatrudnionych na oddziale urologii TBRI na podstawie obliczeń wielkości próby przy użyciu oprogramowania internetowego (Kalkulator wielkości próbki). Od zdrowych osób zostanie pobranych dziesięć próbek moczu.

https://www.calculator.net/sample-size-calculator.html W przypadku nieinwazyjnego raka pęcherza moczowego (NMIBC) wielkość próbki wyniesie 16 osób. Oznacza to, że potrzeba 16 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95%. W przypadku inwazyjnego raka pęcherza moczowego (MIBC) wielkość próbki wyniesie 11 osób. Oznacza to, że potrzeba 40 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95%. Wielkość próby dla grupy kontrolnej będzie wynosić 11. Oznacza to, że potrzeba 10 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95% A. Na Oddziale Urologii TBRI zostanie zatrudnionych 38 mężczyzn. Zgodnie z obliczeniami wielkości próbki przy użyciu oprogramowania online (Kalkulator wielkości próbki). Zostanie pobranych jedenaście próbek moczu z wielkości próbki wynoszącej 16 w przypadku nieinwazyjnego raka pęcherza moczowego (NMIBC). Oznacza to, że potrzeba 16 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95%, że rzeczywista wartość mieści się w granicach ±17,53% zmierzonej/badanej wartości.

W przypadku inwazyjnego raka pęcherza moczowego (MIBC) wielkość próbki wyniesie 11 osób. Oznacza to, że potrzeba 11 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95%, że rzeczywista wartość mieści się w granicach ±30,36% zmierzonej/badanej wartości.

Wielkość próby dla grupy kontrolnej będzie wynosić 11. Oznacza to, że potrzeba 11 lub więcej pomiarów/ankiet, aby uzyskać poziom ufności wynoszący 95%, że rzeczywista wartość mieści się w granicach ±30,36% zmierzonej/badanej wartości.

normalne osoby. Ta próbka reprezentuje badania nad mikrobiomem w raku pęcherza moczowego.

https://www.calculator.net/sample-size-calculator.html 2-4 Pobieranie próbek

Rak pęcherza:

Całkowita liczba badanych próbek: W badaniu zostanie zbadana mikrobiota w moczu i próbkach tkanek, więc każdy pacjent z rakiem pęcherza moczowego odda (2 próbki). Grupa kontrolna odda próbkę moczu (jedna próbka). Niedawne badania wykazały, że mikroflorę wykrywa się w nabłonku dróg moczowych u zdrowych osób i pacjentów z rakiem pęcherza moczowego. Mikroflora ta różni się od mikroflory moczu (płynnego).

Bibliografia:

  1. Mansour B, Monyók Á, Makra N, Gajdács M, Vadnay I, Ligeti B, Juhász J, Szabó D, Ostorházi E. Mikrobiota związana z rakiem pęcherza moczowego: badanie różnic w próbkach moczu i tkanek. Sci Rep. 2020 6 lipca;10(1):11042. doi: 10.1038/s41598-020-67443-2.
  2. Parra-Grande M, Oré-Arce M, Martínez-Priego L, D'Auria G, Rosselló-Mora R, Lillo M, Sempere A, Lumbreras B, Sánchez-Hellín V. Profilowanie mikrobioty pęcherza u pacjentów z rakiem pęcherza moczowego. Przedni mikrobiolog. 7 lutego 2022 r.;12:718776. doi: 10.3389/fmicb.2021.718776.

    Grupa I: Nieinwazyjny rak pęcherza moczowego, 16 pacjentów, 16 w przypadku tkanki pęcherza i 16 w przypadku próbek moczu. Łącznie 32 próbki. (W badaniu zostanie zbadana mikrobiota w moczu i próbkach tkanek, więc każdy pacjent z rakiem pęcherza moczowego odda (2 próbki). Grupa kontrolna odda próbkę moczu (jedna próbka). Niedawne badania wykazały, że mikroflorę wykrywa się w nabłonku dróg moczowych u zdrowych osób i pacjentów z rakiem pęcherza moczowego. Ta mikroflora różni się od mikroflory (płynnej) moczu. (Źródło: ) Grupa II: Rak pęcherza moczowego naciekający mięśnie, 11 pacjentów. 22 próbki, 11 na tkankę pęcherza moczowego i 11 na próbki moczu pobrane od tych samych pacjentów. Grupa III: 11 zdrowych dorosłych: próbki moczu stanowią grupę kontrolną badania.

    Łączna liczba uczestników to 38 osób.

    Próbki do analizy mikrobiomu:

    Próbki będą pobierane do czystych, szczelnych pojemników, bez pozostałości środków dezynfekcyjnych i detergentów, z szczelnie przylegającymi, szczelnymi pokrywkami i przechowywane w lodówce do czasu analizy w laboratorium mikrobiologicznym TBRI.

    Podczas badania cystoskopowego zostaną pobrane próbki moczu (50 ml) do analizy mikrobiomu. Próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C do momentu przetworzenia.

    Próbki tkanek i moczu od pacjentów chorych na raka pęcherza moczowego: W ramach standardowej procedury cystoskopii diagnostycznej próbka moczu zostanie pobrana w warunkach całkowitej aseptyki, u pacjentów z guzem pęcherza moczowego zostanie poddana przezcewkowej resekcji guza pęcherza moczowego, zostanie zbadana próbka tkanki o wymiarach 0,5x0,5 cm do analizy mikrobiomu. Próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C do momentu przetworzenia. Diagnoza histopatologiczna z użyciem barwienia hematoksyliną i eozyną zostanie przeprowadzona przez doświadczonego patologa w celu ustalenia stopnia i stadium nowotworu zgodnie z wytycznymi WHO 22 i EAU 2023. Procedura ta będzie stosowana zarówno w przypadku raka nabłonkowego nienaciekającego mięśnie, jak i raka naciekającego mięśnie. Pacjenci, którzy zostaną poddani radykalnej cystektomii z powodu raka pęcherza moczowego, zostaną uwzględnieni w próbie.

    Próbki do badań patologicznych:

    Próbki tkanek zostaną utrwalone formaliną i zbadane barwieniem hematoksyliną i eozyną.

    Informacje kliniczne Urolodzy dostarczą odpowiednie próbki tkanek, czyli niewielką część całego wyciętego guza lub część wycinka po cystektomii. do oceny patologicznej z przekazaniem patologowi przydatnych informacji klinicznych w celu podjęcia decyzji o najlepszym podejściu do postępowania z próbkami chirurgicznymi i ich przetwarzania oraz sporządzenia dokładnego raportu patologicznego.

    Urolog określi:

    • Dane demograficzne i historia kliniczna pacjenta, historia infekcji dróg moczowych i jeśli była nawracająca lub sporadyczna, cytologia pęcherza moczowego, jeśli jest obecna, czy jest to pierwsza prezentacja guza, a jeśli nie, szczegóły poprzedniego leczenia.
    • Cystoskopowy wygląd błony śluzowej pęcherza moczowego i wskazuje liczbę, wielkość, lokalizację guza/guzów, cechy morfologiczne zmiany: brodawkowata, lita lub wrzodziejąca.
    • Stan pozostałej błony śluzowej w przypadku wykonania dalszych biopsji.

    Informacje te są niezbędne do prawidłowej oceny nabłonka dróg moczowych i poszukiwania mikrobiomu. Ponieważ leczenie może mieć wpływ na morfologię guza i normalny wygląd nabłonka dróg moczowych.

    Zgłaszanie próbek raka pęcherza moczowego

    • Ocena patologiczna Patolog zdiagnozuje, czy występuje rak pęcherza moczowego i jego rodzaj, badając komórki z biopsji tkanki pęcherza moczowego. Różne typy nowotworów histologicznych raka pęcherza moczowego zostaną opisane zgodnie z klasyfikacją WHO dotyczącą nowotworów pęcherza moczowego z 2016 r. (Mazzucchelli i wsp. 2021), zmodyfikowaną w 2022 r.
    • Ocena mikrobiologiczna: Metody identyfikacji drobnoustrojów z moczu i tkanek

    Pobieranie próbek i warunki hodowli klinicznych izolatów bakteryjnych:

    Wykrywanie ograniczonej liczby mikroorganizmów, głównie bakterii tlenowych i szybko rosnących.

    Identyfikacja izolatów bakterii: Izolaty zostaną zidentyfikowane poprzez hodowlę na krwi, agarze MacConkeya i agarze Sabarudsa, a następnie zostaną zidentyfikowane poprzez wykonanie testów biochemicznych, testu oksydazowego, mannitolu, eskuliny żółciowej i testu katalazy. Wszystkie izolaty zostaną zidentyfikowane na poziomie gatunku przy użyciu systemu kompaktowego Vitek 2.

    2-5 Ocena biochemii i biologii molekularnej: 16S Analiza sekwencjonowania metagenomicznego We wszystkich przypadkach zastosowane zostanie sekwencjonowanie całego genomu (WGS), metodologia i kontrola jakości są zgodne z centrum genomiki i metagenomiki w dziecięcym szpitalu onkologicznym 57357, które zamierza wykonać Sekwencjonowanie WGS i 16S na próbkach moczu i tkanek.

1- Izolacja DNA z moczu i tkanek. Próbki moczu (50 ml) zostaną rozmrożone i odwirowane przy 7500 g, 4°C przez 10 minut. Osad zostanie użyty do ekstrakcji DNA przy użyciu zestawu do oczyszczania mikrobiomu DNA Invitrogen™ PureLink™, przeprowadzonej zgodnie z protokołem producenta. Aby uniknąć skażenia środowiska, wszystkie izolacje z próbek moczu i kontroli ekstrakcji samego odczynnika będą przeprowadzane w komorze PCR. Wyizolowane próbki DNA zostaną umieszczone w temperaturze -20°C do czasu amplifikacji PCR. DNA będzie oznaczane ilościowo przy użyciu zestawu DeNovix dsDNA High Sensitivity Assay Kit (Illumina 2013).

Zestawy do kwantyfikacji bibliotek KABA KAPA oparte na PCR zawierają wszystkie odczynniki potrzebne do dokładnego, niezawodnego i powtarzalnego oznaczania ilościowego opartego na qPCR bibliotek sekwencjonowania nowej generacji (NGS) przygotowanych do sekwencjonowania na platformach Illumina. Zestawy obejmują KAPA SYBR FAST qPCR Master Mix (skomponowany z różnych pasywnych barwników referencyjnych dla różnych instrumentów qPCR), premiks starterów do kwantyfikacji specyficznej dla biblioteki oraz wstępnie rozcieńczony zestaw standardów DNA.

Region V3-V4 genu 16S rRNA będzie amplifikowany starterami fuzyjnymi, które zawierają adaptery Illumina i indeksujące kody kreskowe. Etap PCR dodaje Indeks 1 (i7) i Indeks 2 (i5), sekwencjonowanie i wspólne adaptery (P5 i P7) wymagane do generowania klastrów i sekwencjonowania. W celu usprawnienia analizy kontroli jakości biblioteki NGS zostanie przeprowadzona elektroforeza DNA o wysokiej czułości przy użyciu systemu Bioanalyzer. Przygotowanie biblioteki genowej 3-16S rRNA i sekwencjonowanie MiSeq. Amplifikacja PCR 16S rDNA, sekwencjonowanie i analizy zostaną przeprowadzone za pomocą NGS Illumina MiSeq ukierunkowanego na region V3V4 bakterii MiSeq Reagent Kit v3 (600 cykli). Sekwencjonowanie amplikonu genu 16S rRNA (analiza 16S) jest szeroko stosowane do analizy mikroflory za pomocą technologii sekwencjonowania nowej generacji. Dane analizy 16S ze standardowych zestawów starterów V3-V4 (V34) w celu optymalizacji protokołu analizy mikroflory pęcherza moczowego. 4- Bioinformatyka i analizy statystyczne. Genom z adnotacjami jest dalej analizowany za pomocą rurociągów bioinformatycznych, aby uzyskać wgląd w biologię patogenu i potencjał wywoływania choroby. Obejmuje:

- Kontrola jakości i doskonalenie projektu genomu poprzez usuwanie błędów i uzupełnianie luk.

  • Adnotacja ostatecznego genomu, obejmująca identyfikację i opis funkcji genów i innych cech.
  • Genomika porównawcza, która polega na porównaniu nowo zsekwencjonowanego genomu z genomem pokrewnych patogenów w celu zidentyfikowania różnic i podobieństw.
  • Analiza funkcjonalna: obejmuje identyfikację funkcji opisanych genów oraz zrozumienie ścieżek i procesów, w których uczestniczą. Może to ujawnić kluczowe czynniki zjadliwości i pomóc w zrozumieniu mechanizmu patogenezy patogenu.
  • Analiza filogenetyczna: polega na porównaniu nowo zsekwencjonowanego genomu z genomem
  • pokrewnych patogenów w celu określenia powiązań ewolucyjnych i śledzenia rozprzestrzeniania się patogenów w różnych populacjach.
  • Różnice w ogólnym składzie mikrobiologicznym między rakiem pęcherza moczowego a zdrowym
  • próbki zostaną poddane ocenie. NGS nie jest dostępny w TBRI, sekwencjonowanie 16S i bioinformatyka będą wykonywane odpłatnie w Szpitalu Dziecięcym 57357 (sekwencjonowanie jest mile widziane na zasadzie „płatnej”).

    Analiza sekwencjonowania 16S rybosomalnego RNA (rRNA).

    1. Izolacja DNA z moczu i tkanek. Próbki moczu (50 ml) zostaną rozmrożone i odwirowane przy 7500 g, 4°C przez 10 minut. Osad zostanie użyty do ekstrakcji DNA przy użyciu zestawu do oczyszczania DNA mikrobiomu. Aby uniknąć skażenia środowiska, wszystkie izolacje z próbek moczu i kontroli ekstrakcji samego odczynnika będą przeprowadzane w komorze PCR. Wyizolowane próbki DNA zostaną umieszczone w temperaturze -20°C do czasu amplifikacji PCR. Ilość DNA zostanie określona przy użyciu zestawu testowego (Illumina 2013).
    2. Zestawy do kwantyfikacji bibliotek KABA KAPA oparte na PCR zawierają wszystkie odczynniki potrzebne do dokładnego, niezawodnego i powtarzalnego oznaczania ilościowego opartego na qPCR bibliotek sekwencjonowania nowej generacji (NGS) przygotowanych do sekwencjonowania na platformach Illumina. Specyficzna dla platformy premiks starterów do ilościowego oznaczania biblioteki i wstępnie rozcieńczony zestaw standardów DNA.

    Regiony hiperzmienne 16S rRNA V1V2 i V3-V4 zostaną amplifikowane starterami fuzyjnymi, które zawierają adaptery Illumina i indeksujące kody kreskowe.

W celu usprawnienia analizy kontroli jakości biblioteki NGS zostanie przeprowadzona elektroforeza DNA o wysokiej czułości przy użyciu systemu Bioanalyzer.

Przygotowanie biblioteki genowej 3-16S rRNA i sekwencjonowanie MiSeq. Amplifikacja PCR 16S rRNA, sekwencjonowanie i analizy zostaną przeprowadzone przez NGS Illumina, ukierunkowując się na regiony V1-V2 i V3-V4. Sekwencjonowanie amplikonu genu 16S rRNA (analiza 16S) zostanie wykorzystane do analizy mikroflory za pomocą technologii sekwencjonowania nowej generacji. Dane analizy 16S ze standardowych zestawów starterów V1-V2, V3-V4 w celu optymalizacji protokołu analizy mikroflory pęcherza moczowego.

4- Bioinformatyka i analizy statystyczne. Genom z adnotacjami jest dalej analizowany za pomocą rurociągów bioinformatycznych, aby uzyskać wgląd w biologię patogenu i potencjał wywoływania choroby.

Bibliografia

  1. Bučević Popović V, Šitum M, Chow CT, Chan LS, Roje B, Terzić J. Mikrobiom układu moczowego związany z rakiem pęcherza moczowego. Sci Rep. 2018, 14 sierpnia; 8(1):12157. doi: 10.1038/s41598-018-29054-w.
  2. Wishahi, M., Otto, T. i Golka, K. Re: Raki pęcherza moczowego u pacjentów z pęcherzem neurogennym i schistosomatozą układu moczowego - czy są to te same nowotwory?. Świat J Urol 40, 2139-2140 (2022). https://doi.org/10.1007/s00345-022-04076-2
  3. Hanan R, Murata M, Ma N, Hammam O, Wishahi M, El Leithy T, Hiraku Y, Oikawa S, Kawanishi S (2012) Nuclear localization of COX-2 w odniesieniu do ekspresji markerów łodygi w raku pęcherza moczowego. Mediat Inflamm 2012:165879 2012;2012:165879. doi: 10.1155/2012/165879.
  4. Cancrini F, Michel F, Cussenot O, Alshehhi H, Comperat E, Phé V (2022) Raki pęcherza moczowego u pacjentów z pęcherzem neurogennym i schistosomatozą układu moczowego: czy to te same nowotwory? Świat J Urol. https://doi.org/10.1007/s00345-022-03941-4
  5. Hammam O, Wishahi M, Khalil H, El Ganzouri H, Badawy M, Elkhquly A, Elesaily K (2014) Expression of cytokeratin 7, 20, 14 in urothelial carcinoma and płaskonabłonkowego raka egipskiego raka pęcherza moczowego. J Egypt Soc Parasitol 44(3):733-740
  6. Zitvogel L, Daillère R, Roberti MP, Routy B, Kroemer G. Przeciwnowotworowe działanie mikrobiomu i jego produktów. Nat. Ks. Mikrobiol. 2017;15:109-128. doi: 10.1038/nrmicro.2017.44.
  7. Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. Mikrobiom dróg moczowych - rola poza infekcją. Nat. ks. Urol. 2015;12:81-90. doi: 10.1038/nrurol.2014.361.
  8. Xu W. i in. Miniprzegląd: perspektywa mikrobiomu w patogenezie raka urotelialnego. Jestem. J. Clin. Do potęgi. Urol. 2014;2:57-61.
  9. Brubaker, L., Gourdine, J.-P. F., Siddiqui, N. Y., Holland, A., Halverson, T., Limeria, R. i in. (2021a). Tworzenie konsensusu w celu postępu w badaniach nad Urobiome. mSystems 6, e0137120. doi: 10.1128/mSystems.01371-20
  10. Brubaker, L., Putonti, C., Dong, Q. i Wolfe, A. J. (2021b). Ludzki Urobiom. Mam. Genom 32, 232-238. doi: 10.1007/s00335-021-09862-8
  11. -Carrasco, V., Soriano-Lerma, A., Soriano, M., J. i Garcia-Salcedo, J.A. (2021). Mikrobiom układu moczowego: Yin i Yang dróg moczowych. Przód. Komórka. Infekować. Mikrobiol. 11. doi: 10.3389/fcimb.2021.617002
  12. 43. Wu N i in. Sygnatura dysbiozy mikroflory kałowej u pacjentów z rakiem jelita grubego. Mikrob. Ekol. 2013;66:462-470. doi: 10.1007/s00248-013-0245-9.

Typ studiów

Obserwacyjny

Zapisy (Rzeczywisty)

38

Kontakty i lokalizacje

Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.

Lokalizacje studiów

      • Cairo, Egipt, 12411
        • Theodor Bilharz Research Institute

Kryteria uczestnictwa

Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.

Kryteria kwalifikacji

Wiek uprawniający do nauki

  • Dorosły
  • Starszy dorosły

Akceptuje zdrowych ochotników

Tak

Metoda próbkowania

Próbka bez prawdopodobieństwa

Badana populacja

Grupa I: Nieinwazyjny rak pęcherza moczowego, 16 pacjentów, 16 w przypadku tkanki pęcherza i 16 w przypadku próbek moczu. Łącznie 32 próbki. (W badaniu zostanie zbadana mikrobiota w moczu i próbkach tkanek, więc każdy pacjent z rakiem pęcherza moczowego odda (2 próbki). Grupa kontrolna odda próbkę moczu (jedna próbka). ) Grupa II: Rak pęcherza moczowego naciekający mięśnie, 11 chorych. 22 próbki, 11 na tkankę pęcherza moczowego i 11 na próbki moczu pobrane od tych samych pacjentów. Grupa III: 11 zdrowych dorosłych: próbki moczu stanowią grupę kontrolną badania.

Łączna liczba uczestników to 38 osób.

Opis

Kryteria przyjęcia:

  • Dorośli mężczyźni powyżej 18 roku życia,
  • Zdiagnozowano raka pęcherza moczowego za pomocą ultrasonografii obrazowej i/lub tomografii komputerowej oraz cytologii moczu.
  • Potwierdzony rak pęcherza moczowego podczas cystoskopii diagnostycznej, wcześniejszej patologii lub badania patologicznego próbek biopsyjnych.

Kryteria wyłączenia:

  • Wcześniejsza radioterapia pęcherza moczowego lub sąsiedniego narządu.
  • Wcześniejsza immunoterapia dopęcherzowa poprzez wkroplenie Bacillus Calmette-Guérin (BCG) lub dopęcherzowe wkroplenie chemioterapeutyków.
  • Wcześniejsza chemioterapia neoadjuwantowa.

Plan studiów

Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.

Jak projektuje się badanie?

Szczegóły projektu

Kohorty i interwencje

Grupa / Kohorta
Interwencja / Leczenie
Rak pęcherza moczowego, nienaciekający mięśnie rak pęcherza moczowego i naciekający mięśnie rak pęcherza moczowego.

Grupa I: Nieinwazyjny rak pęcherza moczowego, 16 pacjentów, 16 w przypadku tkanki pęcherza i 16 w przypadku próbek moczu. Łącznie 32 próbki. (W badaniu zostanie zbadana mikrobiota w moczu i próbkach tkanek, więc każdy pacjent z rakiem pęcherza moczowego odda (2 próbki). Grupa kontrolna odda próbkę moczu (jedna próbka). Niedawne badania wykazały, że mikroflorę wykrywa się w nabłonku dróg moczowych u zdrowych osób i pacjentów z rakiem pęcherza moczowego. Ta mikroflora różni się od mikroflory (płynnej) moczu. (Źródło: ) Grupa II: Rak pęcherza moczowego naciekający mięśnie, 11 pacjentów. 22 próbki, 11 na tkankę pęcherza moczowego i 11 na próbki moczu pobrane od tych samych pacjentów. Grupa III: 11 zdrowych dorosłych: próbki moczu stanowią grupę kontrolną badania.

Łączna liczba uczestników to 38 osób

Próbki do analizy mikrobiomu:

Próbki będą pobierane do czystych, szczelnych pojemników, bez pozostałości środków dezynfekcyjnych i detergentów, z szczelnie przylegającymi, szczelnymi pokrywkami i przechowywane w lodówce do czasu analizy w laboratorium mikrobiologicznym TBRI.

Podczas badania cystoskopowego zostaną pobrane próbki moczu (50 ml) do analizy mikrobiomu. Próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C do momentu przetworzenia.

Próbki tkanek i moczu od pacjentów chorych na raka pęcherza moczowego: W ramach standardowej procedury cystoskopii diagnostycznej próbka moczu zostanie pobrana w warunkach całkowitej aseptyki, u pacjentów z guzem pęcherza moczowego zostanie poddana przezcewkowej resekcji guza pęcherza moczowego, zostanie zbadana próbka tkanki o wymiarach 0,5x0,5 cm do analizy mikrobiomu. Próbki będą przechowywane w temperaturze -80°C do momentu przetworzenia. Diagnoza histopatologiczna z użyciem barwienia hematoksyliną i eozyną zostanie przeprowadzona przez doświadczonego patologa w celu ustalenia stopnia i stadium nowotworu zgodnie z wytycznymi WHO 22 i EAU 2023. Procedura ta będzie stosowana

Co mierzy badanie?

Podstawowe miary wyniku

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Scharakteryzowanie mikroflory w zdrowiu i raku pęcherza moczowego oraz może prowadzić do nowych strategii zapobiegania, diagnozowania i leczenia raka pęcherza moczowego
Ramy czasowe: Pobieranie próbek 12 miesięcy, sekwencjonowanie nowej generacji w bioinformatyce 6 miesięcy, interpretacja danych 6 miesięcy.
Ocena biochemii i biologii molekularnej: Analiza sekwencjonowania metagenomicznego 16S We wszystkich przypadkach zastosowane zostanie sekwencjonowanie całego genomu (WGS), metodologia i kontrola jakości są zgodne z centrum genomiki i metagenomiki w szpitalu onkologicznym dziecięcym 57357, które przeprowadzi WGS i 16S sekwencjonowanie próbek moczu i tkanek. 1- Izolacja DNA z moczu i tkanek. Próbki moczu (50 ml) zostaną rozmrożone i odwirowane przy 7500 g, 4°C przez 10 minut. Osad zostanie użyty do ekstrakcji DNA przy użyciu zestawu do oczyszczania mikrobiomu DNA Invitrogen™ PureLink™, przeprowadzonej zgodnie z protokołem producenta. Aby uniknąć skażenia środowiska, wszystkie izolacje z próbek moczu i kontroli ekstrakcji samego odczynnika będą przeprowadzane w komorze PCR. Wyizolowane próbki DNA zostaną umieszczone w temperaturze -20°C do czasu amplifikacji PCR. DNA będzie oznaczane ilościowo przy użyciu zestawu DeNovix dsDNA High Sensitivity Assay Kit (Illumina 2013). Zestawy ilościowe biblioteki KABA KAPA oparte na PCR zawierają wszystkie
Pobieranie próbek 12 miesięcy, sekwencjonowanie nowej generacji w bioinformatyce 6 miesięcy, interpretacja danych 6 miesięcy.

Współpracownicy i badacze

Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.

Publikacje i pomocne linki

Osoba odpowiedzialna za wprowadzenie informacji o badaniu dobrowolnie udostępnia te publikacje. Mogą one dotyczyć wszystkiego, co jest związane z badaniem.

Daty zapisu na studia

Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.

Główne daty studiów

Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)

12 października 2023

Zakończenie podstawowe (Szacowany)

1 kwietnia 2026

Ukończenie studiów (Szacowany)

1 grudnia 2026

Daty rejestracji na studia

Pierwszy przesłany

25 lutego 2024

Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości

25 lutego 2024

Pierwszy wysłany (Szacowany)

1 marca 2024

Aktualizacje rekordów badań

Ostatnia wysłana aktualizacja (Szacowany)

1 marca 2024

Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości

25 lutego 2024

Ostatnia weryfikacja

1 lutego 2024

Więcej informacji

Terminy związane z tym badaniem

Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)

Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?

NIE

Opis planu IPD

Decyzja zapadnie po zakończeniu badania i analizie danych.

Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze

Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .

Subskrybuj