Äidin geenit ja epimutaatiot: Beckwith-Wiedemannin oireyhtymä ja lisääntymisriskit
Äidin vaikutusgeenien ja epimutaatioiden rooli Beckwith-Wiedemannin oireyhtymässä ja haitallisissa lisääntymistuloksissa
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Projektin ensimmäisenä tavoitteena on määritellä MEG-geenien (MEG) ja erityisesti SCMC:n patogeenisten varianttien esiintyvyys lisääntymistulosten erojen syynä hedelmättömissä naispopulaatioissa ja BWS-lasten äideissä. Tätä tarkoitusta varten rekrytoidaan kolme potilasryhmää: terveet naiset, joilla on BWS:n jälkeläisiä ja joilla on erikoinen lisääntymishistoria kliinisesti ja molekyylitasolla diagnosoitujen BWS-perheiden populaatiostamme (kohortti 1), alle 35-vuotiaat naiset, joille tehdään ART-hoito hedelmättömyyden vuoksi (määritelty epäonnistumisena tulla raskaaksi 12 kuukauden tai useamman säännöllisen suojaamattoman sukupuoliyhteyden jälkeen) eivätkä pysty synnyttämään elävänä kolmen syklin jälkeen tai vähintään 6 blastokystan siirron jälkeen (kohortti 2), ja alle 35-vuotiaat naiset, joilla on RPL (Recurrent Pregnancy Loss) määritellään kahden tai useamman raskauden menetyksenä ennen 24 raskausviikkoa) (kohortti 3).
Patogeenisten varianttien tunnistamiseksi koko eksomin sekvensointi (WES) suoritetaan ensimmäisenä lähestymistapana kaikille värvätyille potilaille. WES-analyysi suoritetaan eri vaiheiden mukaisesti. Ensin tutkijat analysoivat erilaisia geenien alaryhmiä, jotka kuuluvat:
- Äitivaikutusgeenit SCMC-komponentteina ja muut vastaavat geenit;
- Geenit, jotka ovat välttämättömiä munasolun kypsymiselle ja tsygootin etenemiselle alkion varhaisten vaiheiden läpi tai jotka ilmentyvät voimakkaasti munasolun kypsymisen eri vaiheissa;
- Geenit, joilla on tunnettuja ja potentiaalisia rooleja genomisen imprintingin muodostamisessa ja hallinnassa ja jotka osallistuvat DNA:n metylaatioreaktioihin.
Myöhemmin analysoidaan muunnoksia, joilla on korkea patogeenisyyspistemäärä, jotta voidaan tunnistaa geenit, jotka voivat liittyä ilmiöön, mutta jotka eivät kuulu aiemmin kuvattuihin geeniluokkiin. Lopuksi tutkijat suorittavat koko genomin sekvensointi (WGS) -analyysin valitulle BWS-äitien alaryhmälle, joilla on erikoinen kliininen historia ja negatiivinen WES-analyysi, tutkiakseen kaikkia ei-koodaavia ja sääteleviä alueita, joita WES ei ole kohdentanut.
Tämän projektin toisena tavoitteena on käyttää koko genomin metylaatioanalyysiä metylaatiomuutosten tunnistamiseen lisääntymisongelmista kärsivillä naisilla, mukaan lukien BWS:stä kärsivien jälkeläisten. Erityistehtävät ovat:
- Määritetään tavoitteessa 1 kuvattujen naisten kohorttien veren leukosyyttien koko genomimetylaatio ja verrataan sitä vastaavaan määrään sukupuoli- ja ikäsovitettuja kontrolleja;
- Hedelmöimättömien oosyyttien koko genomin metylaation määrittäminen samojen kohortien epäonnistuneista ART-sykleistä ja sen vertaaminen kontrollioosyyttien metylaatioon (joko tutkimusta varten tehdystä luovutuksesta tai julkisista aineistoista).
DNA:n metylaatio määritetään veren leukosyyteistä metylaatiorivianalyysillä ja hedelmöittämättömistä munasoluista yksisolubisulfiittisekvensoinnilla (scBS-Seq).
Projektin kolmantena tavoitteena on selvittää SCMC-geenimuunnelmien vahingoittamiseen liittyvän naisen hedelmättömyyden ja imprinting-häiriön taustalla olevia molekyylimekanismeja hiirimallin avulla. Erityistehtävät ovat:
- Padi6-mut/mut-oosyyttien ja pre-implantaatio-alkioiden koko genomin metylaatio- ja RNA-profiilien määrittäminen IVF:n jälkeen villityypin siittiöillä;
- Kohdassa a) kuvatusta IVF:stä peräisin olevien blastokystien siirto valeraskaana oleviin naaraisiin ja koko genomin DNA:n metylaation ja RNA:n analyysi johdetuissa raskauden puolivälissä olevissa alkioissa BS-seq:n ja RNA-seq:n avulla;
- Epigeneettisten yhdisteiden miniseulonta 2-soluisissa Padi6-mut/mut-alkioissa. Hiiren oosyyttien ja alkioiden DNA-metylaatio ja RNA-ilmentyminen määritetään koko genomin scBS-seq:llä ja scRNA-seq:llä.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Marco Reschini, MSc
- Puhelinnumero: +390255034303
- Sähköposti: marco.reschini@policlinico.mi.it
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Edgardo Somigliana, PhD
- Puhelinnumero: +390255034303
- Sähköposti: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
Opiskelupaikat
-
-
-
Milan, Italia, 20145
- Rekrytointi
- Istituto Auxologico Italiano
-
Ottaa yhteyttä:
- Silvia Russo, Phd
- Puhelinnumero: +393493237520
- Sähköposti: s.russo@auxologico.it
-
Milan, Italia, 20122
- Rekrytointi
- Fondazione IRCCS CA' Granda Ospedale Maggiore Policlinico
-
Ottaa yhteyttä:
- Edgardo Somigliana, PhD
- Puhelinnumero: +390255034303
- Sähköposti: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Kohortti 1: terveet naiset, joiden jälkeläisiä on kärsinyt BWS:stä ja joilla on erikoinen lisääntymishistoria kliinisesti ja molekyylisesti diagnosoitujen BWS-perheiden populaatiostamme;
- Kohortti 2: alle 35-vuotiaat naiset, joille tehdään ART-hoito hedelmättömyyden vuoksi (määritelty raskaudeksi 12 kuukauden tai useamman säännöllisen suojaamattoman yhdynnän jälkeen) ja jotka eivät voi saada elävää syntymää kolmen täytetyn syklin jälkeen tai vähintään kuuden blastokystan siirron jälkeen;
- Kohortti 3: alle 35-vuotiaat naiset, joilla on RPL (määritelty kahden tai useamman raskauden katkeamiseksi ennen 24 raskausviikkoa).
Poissulkemiskriteerit:
- tavanomaisten ja molekyylien karyotyyppimuutosten esiintyminen
- tunnettujen syiden esiintyminen, jotka voivat johtaa hedelmällisyyden heikkenemiseen tai toistuviin abortteihin: munasarjojen häiriöt, kuten munasarjojen monirakkulatauti ja muut follikulaariset sairaudet, lisääntymishormonitasojen epätasapainoa aiheuttavat endokriiniset häiriöt, autoimmuunisairaudet, miehen hedelmättömyys, kohtu tai munanjohdin toimintahäiriöt ja epämuodostumat, trombofiiliset tai korjaamattomat kilpirauhasen toimintahäiriöt.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Perustiede
- Jako: Ei satunnaistettu
- Inventiomalli: Rinnakkaistehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: terveitä naisia, joiden jälkeläisiä on sairastanut BWS
terveet naiset, joiden jälkeläisiä on sairastanut BWS ja joilla on erikoinen lisääntymishistoria kliinisesti ja molekyylitasolla diagnosoitujen BWS-perheiden populaatiosta
|
Koko eksomin sekvensointi suoritetaan ensimmäisenä lähestymistapana kaikille värvätyille potilaille. Ensin analysoimme erilaisia geenien alajoukkoja, jotka kuuluvat:
Myöhemmin analysoidaan muunnoksia, joilla on korkea patogeenisyyspistemäärä, jotta voidaan tunnistaa geenit, jotka voivat liittyä ilmiöön, mutta jotka eivät kuulu aiemmin kuvattuihin geeniluokkiin. Lopuksi suoritamme koko genomin sekvensointi (WGS) -analyysin valitulle BWS-äitien alaryhmälle, jolla on erikoinen kliininen historia ja negatiivinen WES-analyysi, tutkiaksemme kaikkia ei-koodaavia ja sääteleviä alueita, joita WES ei ole kohdentanut.
Koko genomin metylaatioanalyysi suoritetaan metylaatiomuutosten tunnistamiseksi naisilla, joilla on lisääntymisongelmia, mukaan lukien ne, joiden jälkeläiset ovat kärsineet BWS:stä.
|
|
Kokeellinen: alle 35-vuotiaat naiset, joille tehdään ART
alle 35-vuotiaat naiset, joille tehdään ART-hoito hedelmättömyyden vuoksi (määriteltynä raskauden epäonnistuminen 12 kuukauden tai useamman säännöllisen suojaamattoman sukupuoliyhteyden jälkeen) ja jotka eivät voi saada elävää syntymää kolmen täytetyn syklin jälkeen tai vähintään 6 blastokystan siirron jälkeen
|
Koko eksomin sekvensointi suoritetaan ensimmäisenä lähestymistapana kaikille värvätyille potilaille. Ensin analysoimme erilaisia geenien alajoukkoja, jotka kuuluvat:
Myöhemmin analysoidaan muunnoksia, joilla on korkea patogeenisyyspistemäärä, jotta voidaan tunnistaa geenit, jotka voivat liittyä ilmiöön, mutta jotka eivät kuulu aiemmin kuvattuihin geeniluokkiin. Lopuksi suoritamme koko genomin sekvensointi (WGS) -analyysin valitulle BWS-äitien alaryhmälle, jolla on erikoinen kliininen historia ja negatiivinen WES-analyysi, tutkiaksemme kaikkia ei-koodaavia ja sääteleviä alueita, joita WES ei ole kohdentanut.
Koko genomin metylaatioanalyysi suoritetaan metylaatiomuutosten tunnistamiseksi naisilla, joilla on lisääntymisongelmia, mukaan lukien ne, joiden jälkeläiset ovat kärsineet BWS:stä.
|
|
Kokeellinen: naiset alle 35, RPL
alle 35-vuotiaat naiset, joilla on RPL (määritelty kahden tai useamman raskauden katoamiseksi ennen 24 raskausviikkoa)
|
Koko eksomin sekvensointi suoritetaan ensimmäisenä lähestymistapana kaikille värvätyille potilaille. Ensin analysoimme erilaisia geenien alajoukkoja, jotka kuuluvat:
Myöhemmin analysoidaan muunnoksia, joilla on korkea patogeenisyyspistemäärä, jotta voidaan tunnistaa geenit, jotka voivat liittyä ilmiöön, mutta jotka eivät kuulu aiemmin kuvattuihin geeniluokkiin. Lopuksi suoritamme koko genomin sekvensointi (WGS) -analyysin valitulle BWS-äitien alaryhmälle, jolla on erikoinen kliininen historia ja negatiivinen WES-analyysi, tutkiaksemme kaikkia ei-koodaavia ja sääteleviä alueita, joita WES ei ole kohdentanut.
Koko genomin metylaatioanalyysi suoritetaan metylaatiomuutosten tunnistamiseksi naisilla, joilla on lisääntymisongelmia, mukaan lukien ne, joiden jälkeläiset ovat kärsineet BWS:stä.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
MEG-tapaus
Aikaikkuna: WES tietyissä geeneissä kaikissa kohorteissa ja SNP-ryhmässä suoritetaan ilmoittautumisen jälkeen ja viimeistellään kuukauden 17 kuluessa. Viimeinen WGS:ään liittyvä osa valitussa BWS-äitien alaryhmässä suoritetaan 16. - 20. kuukaudessa.
|
MEG:iden, erityisesti SCMC:n patogeneettisten varianttien, ilmaantuvuus hedelmättömillä naisväestöllä ja BWS:n sairastuneiden lasten äideillä
|
WES tietyissä geeneissä kaikissa kohorteissa ja SNP-ryhmässä suoritetaan ilmoittautumisen jälkeen ja viimeistellään kuukauden 17 kuluessa. Viimeinen WGS:ään liittyvä osa valitussa BWS-äitien alaryhmässä suoritetaan 16. - 20. kuukaudessa.
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Vertaa DNA:n metylaatiota
Aikaikkuna: kerätyistä näytteistä arvioidaan koko genomin metylaatio 20 kuukauden kuluessa
|
Veren leukosyyttien koko genomin DNA:n metylaatio lisääntymisongelmista kärsivien naisten kohortteissa, mukaan lukien BWS:stä kärsivien jälkeläisten, ja sen vertaaminen vastaavaan määrään sukupuolen ja iän mukaisia verrokkeja. Bioinformatiikan analyysin avulla päätellään metylaatiotiedoista eri tavalla metyloituneita alueita ja luokitellaan naisten asema metylaatioprofiilien perusteella. Koko genomin metylaatioprofiileihin liittyvän monimutkaisen jakauman vuoksi ulottuvuuden vähentämistekniikat (esim. PCA, MDS) ja klusterointimenetelmiä (sekä hierarkkisia että sentroidipohjaisia) käytetään arvioimaan tiettyjen alueiden tärkeyttä (esim. painettu lokus) erottaa etusijalla olevat naiset verrokkeista heidän metylaatioprofiilinsa perusteella. lisääntymisongelmia, mukaan lukien BWS:stä kärsivien jälkeläisten |
kerätyistä näytteistä arvioidaan koko genomin metylaatio 20 kuukauden kuluessa
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Edgardo Somigliana, PhD, Fondazione IRCCS Ca' Granda, Ospedale Maggiore Policlinico
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- PNRR-MR1-2022-12376622
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .