Maternale genen en epimutaties: Beckwith-Wiedemann-syndroom en reproductieve risico's
Rol van maternale effectgenen en epimutaties bij het Beckwith-Wiedemann-syndroom en nadelige reproductieve resultaten
Studie Overzicht
Toestand
Conditie
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Het eerste doel van het project is het definiëren van de incidentie van Maternal-Effect Genen (MEGs) en specifiek van SCMC-pathogene varianten als oorzaak van verschillen in reproductieve uitkomsten in de onvruchtbare vrouwelijke populatie en moeders van BWS-kinderen. Voor dit doel zullen drie cohorten patiënten worden gerekruteerd: gezonde vrouwen met nakomelingen die zijn getroffen door BWS en een bijzondere reproductieve geschiedenis uit onze populatie van klinisch en moleculair gediagnosticeerde BWS-families (Cohort 1), vrouwen onder de 35 die ART ondergaan vanwege onvruchtbaarheid (gedefinieerd als het onvermogen om een zwangerschap bereiken na 12 maanden of langer van regelmatige onbeschermde geslachtsgemeenschap) en niet in staat zijn een levendgeborene te verkrijgen na drie voltooide cycli of na de overdracht van ten minste 6 blastocysten (Cohort 2), en vrouwen onder de 35 jaar met RPL (Recurrent Pregnancy Loss gedefinieerd als het verlies van twee of meer zwangerschappen vóór 24 weken zwangerschap) (Cohort 3).
Om pathogene varianten te identificeren zal bij alle gerekruteerde patiënten als eerste benadering Whole-Exome Sequencing (WES) worden uitgevoerd. WES-analyse zal worden uitgevoerd volgens verschillende stappen. Eerst zullen de onderzoekers verschillende subsets van genen analyseren, die behoren tot:
- Maternale effectgenen als SCMC-componenten en andere gerelateerde genen;
- Genen die essentieel zijn bij de rijping van de eicel en de zygoot tijdens de vroege fasen van de embryogenese of die in hoge mate tot expressie komen in verschillende stadia van de rijping van de eicel;
- Genen met een bekende en potentiële rol bij het tot stand brengen en controleren van genomische imprinting en die betrokken zijn bij DNA-methyleringsreacties.
Vervolgens zullen varianten met een hoge pathogeniciteitsscore worden geanalyseerd om eventuele genen te identificeren die mogelijk geassocieerd zijn met het fenomeen, maar niet tot de eerder beschreven categorieën van genen behoren. Ten slotte zullen de onderzoekers een volledige genoomsequencing (WGS)-analyse uitvoeren op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders met een eigenaardige klinische geschiedenis en een negatieve WES-analyse, om alle niet-coderende en regulerende regio's te onderzoeken die niet het doelwit zijn van WES.
Het tweede doel van dit project is om methylatieanalyse van het hele genoom te gebruiken om methylatieveranderingen te identificeren bij vrouwen met reproductieve problemen, inclusief vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS. Specifieke taken zullen zijn:
- Bepalen van de methylering van het hele genoom van bloedleukocyten van de cohorten vrouwen beschreven in Doel 1 en deze vergelijken met die van een vergelijkbaar aantal op geslacht en leeftijd afgestemde controles;
- Bepalen van de methylering van het hele genoom van onbevruchte eicellen afkomstig van niet-succesvolle ART-cycli van dezelfde cohorten en deze vergelijken met die van controle-eicellen (afgeleid van donatie voor onderzoek of openbare datasets).
DNA-methylatie zal worden bepaald in bloedleukocyten door middel van methylation array-analyse en in onbevruchte eicellen door middel van single cell Bisulfite sequencing (scBS-Seq).
Het derde doel van het project is om de moleculaire mechanismen te bepalen die ten grondslag liggen aan vrouwelijke onvruchtbaarheid en imprinting-stoornissen geassocieerd met schadelijke SCMC-genvarianten door gebruik te maken van een muismodel. Specifieke taken zullen zijn:
- Bepalen van de methylatie- en RNA-profielen van het gehele genoom van de Padi6 mut/mut-oöcyten en pre-implantatie-embryo's verkregen na IVF met wildtype sperma;
- Overdracht van de blastocysten afgeleid van de IVF beschreven in a) naar pseudozwangere vrouwtjes en analyse van DNA-methylatie en RNA van het gehele genoom in de afgeleide embryo's halverwege de zwangerschap door BS-seq en RNA-seq;
- Mini-screening van epigenetische verbindingen op de 2-cel Padi6 mut/mut-embryo's. DNA-methylatie en RNA-expressie van de eicellen en embryo's van muizen zullen worden bepaald door scBS-seq en scRNA-seq van het hele genoom.
Studietype
Inschrijving (Geschat)
Fase
- Niet toepasbaar
Contacten en locaties
Studiecontact
- Naam: Marco Reschini, MSc
- Telefoonnummer: +390255034303
- E-mail: marco.reschini@policlinico.mi.it
Studie Contact Back-up
- Naam: Edgardo Somigliana, PhD
- Telefoonnummer: +390255034303
- E-mail: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
Studie Locaties
-
-
-
Milan, Italië, 20145
- Werving
- Istituto Auxologico Italiano
-
Contact:
- Silvia Russo, Phd
- Telefoonnummer: +393493237520
- E-mail: s.russo@auxologico.it
-
Milan, Italië, 20122
- Werving
- Fondazione IRCCS CA' Granda Ospedale Maggiore Policlinico
-
Contact:
- Edgardo Somigliana, PhD
- Telefoonnummer: +390255034303
- E-mail: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
-
-
Deelname Criteria
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Cohort 1: gezonde vrouwen met nakomelingen die zijn getroffen door BWS en een bijzondere reproductieve geschiedenis uit onze populatie van klinisch en moleculair gediagnosticeerde BWS-families;
- Cohort 2: vrouwen jonger dan 35 jaar die ART ondergaan vanwege onvruchtbaarheid (gedefinieerd als het onvermogen om zwanger te worden na 12 maanden of langer regelmatige onbeschermde geslachtsgemeenschap) en die niet in staat zijn een levendgeboren kind te krijgen na drie voltooide cycli of na de overdracht van ten minste zes blastocysten;
- Cohort 3: vrouwen onder de 35 jaar, met RPL (gedefinieerd als het verlies van twee of meer zwangerschappen vóór 24 weken zwangerschap).
Uitsluitingscriteria:
- aanwezigheid van conventionele en moleculaire karyotypeveranderingen
- optreden van bekende oorzaken die kunnen leiden tot verminderde vruchtbaarheid of herhaalde abortussen: aandoeningen van de eierstokken, zoals polycysteus ovariumsyndroom en andere folliculaire aandoeningen, aandoeningen van het endocriene systeem die onevenwichtigheden in de reproductieve hormonen veroorzaken, auto-immuunziekten, mannelijke onvruchtbaarheid, baarmoeder of eileiders disfuncties en misvormingen, trombofiele of niet-gecorrigeerde schildklierdisfuncties.
Studie plan
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
- Primair doel: Fundamentele wetenschap
- Toewijzing: Niet-gerandomiseerd
- Interventioneel model: Parallelle opdracht
- Masker: Geen (open label)
Wapens en interventies
Deelnemersgroep / Arm |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Experimenteel: gezonde vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS
gezonde vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS en een bijzondere reproductieve geschiedenis uit onze populatie van klinisch en moleculair gediagnosticeerde BWS-families
|
Whole-exome sequencing zal worden uitgevoerd als de eerste benadering bij alle gerekruteerde patiënten. Eerst zullen we verschillende subsets van genen analyseren, die behoren tot:
Vervolgens zullen varianten met een hoge pathogeniciteitsscore worden geanalyseerd om eventuele genen te identificeren die mogelijk geassocieerd zijn met het fenomeen, maar niet tot de eerder beschreven categorieën van genen behoren. Ten slotte zullen we een volledige genoomsequencing (WGS)-analyse uitvoeren op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders met bijzondere klinische geschiedenis en negatieve WES-analyse, om alle niet-coderende en regulerende regio's te onderzoeken die niet het doelwit zijn van WES.
Er zal een methyleringsanalyse van het hele genoom worden uitgevoerd om methyleringsveranderingen te identificeren bij vrouwen met reproductieve problemen, inclusief vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS
|
|
Experimenteel: vrouwen jonger dan 35 jaar die ART
vrouwen jonger dan 35 jaar die ART ondergaan vanwege onvruchtbaarheid (gedefinieerd als het onvermogen om zwanger te worden na 12 maanden of langer regelmatige onbeschermde geslachtsgemeenschap) en niet in staat zijn een levendgeboren kind te krijgen na drie voltooide cycli of na de overdracht van ten minste 6 blastocysten
|
Whole-exome sequencing zal worden uitgevoerd als de eerste benadering bij alle gerekruteerde patiënten. Eerst zullen we verschillende subsets van genen analyseren, die behoren tot:
Vervolgens zullen varianten met een hoge pathogeniciteitsscore worden geanalyseerd om eventuele genen te identificeren die mogelijk geassocieerd zijn met het fenomeen, maar niet tot de eerder beschreven categorieën van genen behoren. Ten slotte zullen we een volledige genoomsequencing (WGS)-analyse uitvoeren op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders met bijzondere klinische geschiedenis en negatieve WES-analyse, om alle niet-coderende en regulerende regio's te onderzoeken die niet het doelwit zijn van WES.
Er zal een methyleringsanalyse van het hele genoom worden uitgevoerd om methyleringsveranderingen te identificeren bij vrouwen met reproductieve problemen, inclusief vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS
|
|
Experimenteel: vrouwen onder de 35 jaar, met RPL
vrouwen jonger dan 35 jaar, met RPL (gedefinieerd als het verlies van twee of meer zwangerschappen vóór 24 weken zwangerschap)
|
Whole-exome sequencing zal worden uitgevoerd als de eerste benadering bij alle gerekruteerde patiënten. Eerst zullen we verschillende subsets van genen analyseren, die behoren tot:
Vervolgens zullen varianten met een hoge pathogeniciteitsscore worden geanalyseerd om eventuele genen te identificeren die mogelijk geassocieerd zijn met het fenomeen, maar niet tot de eerder beschreven categorieën van genen behoren. Ten slotte zullen we een volledige genoomsequencing (WGS)-analyse uitvoeren op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders met bijzondere klinische geschiedenis en negatieve WES-analyse, om alle niet-coderende en regulerende regio's te onderzoeken die niet het doelwit zijn van WES.
Er zal een methyleringsanalyse van het hele genoom worden uitgevoerd om methyleringsveranderingen te identificeren bij vrouwen met reproductieve problemen, inclusief vrouwen met nakomelingen die getroffen zijn door BWS
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
MEG-incidentie
Tijdsspanne: WES op specifieke genen in alle cohorten en SNP-arrays zal worden uitgevoerd na inschrijving en zal binnen maand 17 worden afgerond. Het laatste deel met betrekking tot WGS op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders zal worden uitgevoerd van 16 tot maand 20.
|
Incidentie van MEG's, met name pathogenetische varianten van SCMC, in onvruchtbare vrouwelijke populatie en moeders van kinderen die getroffen zijn door BWS
|
WES op specifieke genen in alle cohorten en SNP-arrays zal worden uitgevoerd na inschrijving en zal binnen maand 17 worden afgerond. Het laatste deel met betrekking tot WGS op een geselecteerde subgroep van BWS-moeders zal worden uitgevoerd van 16 tot maand 20.
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Vergelijk DNA-methylatie
Tijdsspanne: De verzamelde monsters zullen binnen maand 20 worden geëvalueerd op methylering van het gehele genoom
|
Whole-genome DNA-methylatie van bloedleukocyten van de cohorten vrouwen met reproductieve problemen, inclusief die met nakomelingen die zijn getroffen door BWS, en deze te vergelijken met die van een vergelijkbaar aantal geslachts- en leeftijdsgematchte controles. Bio-informatica-analyse zal worden gebruikt om differentieel gemethyleerde regio's af te leiden uit methylatiegegevens en om de status van vrouwen te classificeren op basis van methylatieprofielen. Vanwege de complexe distributie die gepaard gaat met methyleringsprofielen van het hele genoom, kunnen technieken voor dimensionaliteitsreductie (bijv. PCA,MDS) en clusteringmethoden (zowel hiërarchisch als centroid-gebaseerd) zullen worden gebruikt om het belang van specifieke regio’s (bijv. ingeprent loci) om vrouwen met prioriteit te onderscheiden van controles op basis van hun methyleringsprofielen. met reproductieve problemen, inclusief die met nakomelingen die getroffen zijn door BWS |
De verzamelde monsters zullen binnen maand 20 worden geëvalueerd op methylering van het gehele genoom
|
Medewerkers en onderzoekers
Medewerkers
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Edgardo Somigliana, PhD, Fondazione IRCCS Ca' Granda, Ospedale Maggiore Policlinico
Studie record data
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
Primaire voltooiing (Geschat)
Studie voltooiing (Geschat)
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
Eerst geplaatst (Werkelijk)
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
Laatst geverifieerd
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- PNRR-MR1-2022-12376622
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .