Geni materni ed epimutazioni: sindrome di Beckwith-Wiedemann e rischi riproduttivi
Ruolo dei geni con effetto materno e delle epimutazioni nella sindrome di Beckwith-Wiedemann e negli esiti riproduttivi avversi
Panoramica dello studio
Stato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Il primo obiettivo del progetto è definire l'incidenza dei geni ad effetto materno (MEG) e in particolare delle varianti patogene SCMC come causa di differenze negli esiti riproduttivi nella popolazione femminile infertile e nelle madri di bambini BWS. A questo scopo verranno reclutate tre coorti di pazienti: donne sane con figli affetti da BWS e storia riproduttiva peculiare dalla nostra popolazione di famiglie di BWS con diagnosi clinica e molecolare (Coorte 1), donne sotto i 35 anni sottoposte ad ART per infertilità (definita come incapacità di ottenere una gravidanza dopo 12 mesi o più di rapporti sessuali regolari non protetti) e incapaci di ottenere un parto vivo dopo tre cicli completati o dopo il trasferimento di almeno 6 blastocisti (Coorte 2), e donne sotto i 35 anni, con RPL (Perdita di Gravidanza Ricorrente definita come la perdita di due o più gravidanze prima delle 24 settimane di gestazione) (Coorte 3).
Per identificare le varianti patogene, il sequenziamento dell'intero esoma (WES) verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. L'analisi WES verrà effettuata seguendo vari passaggi. Innanzitutto, i ricercatori analizzeranno diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:
- Geni ad effetto materno come componenti SCMC e altri geni correlati;
- Geni essenziali nella maturazione dell'ovocita e nella progressione dello zigote attraverso le prime fasi dell'embriogenesi o altamente espressi nei diversi stadi di maturazione dell'ovocita;
- Geni con ruoli noti e potenziali nella creazione e nel controllo dell'imprinting genomico e coinvolti nelle reazioni di metilazione del DNA.
Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, i ricercatori condurranno un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.
Il secondo obiettivo di questo progetto è utilizzare l'analisi della metilazione dell'intero genoma per identificare i cambiamenti di metilazione nelle donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS. Compiti specifici saranno:
- Determinare la metilazione dell'intero genoma dei leucociti del sangue delle coorti di donne descritte nell'Obiettivo 1 e confrontarla con quella di un numero simile di controlli abbinati per sesso ed età;
- Determinazione della metilazione dell’intero genoma di ovociti non fecondati derivati da cicli ART infruttuosi delle stesse coorti e confronto con quella degli ovociti di controllo (derivati da donazioni per la ricerca o set di dati pubblici).
La metilazione del DNA sarà determinata nei leucociti del sangue mediante analisi di methylation array e negli ovociti non fecondati mediante sequenziamento di singole cellule con bisolfito (scBS-Seq).
Il terzo obiettivo del progetto è determinare i meccanismi molecolari alla base dell'infertilità femminile e del disturbo dell'imprinting associato a varianti dannose del gene SCMC utilizzando un modello murino. Compiti specifici saranno:
- Determinazione della metilazione dell'intero genoma e dei profili RNA degli ovociti Padi6 mut/mut e degli embrioni pre-impianto ottenuti dopo la fecondazione in vitro con spermatozoi wild-type;
- Trasferimento delle blastocisti derivate dalla fecondazione in vitro descritta in a) in femmine pseudogravide e analisi della metilazione del DNA e dell'RNA dell'intero genoma negli embrioni derivati a metà gestazione mediante BS-seq e RNA-seq;
- Mini-screening di composti epigenetici sugli embrioni Padi6 mut/mut a 2 cellule. La metilazione del DNA e l'espressione dell'RNA degli ovociti e degli embrioni di topo saranno determinate mediante scBS-seq e scRNA-seq dell'intero genoma.
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Fase
- Non applicabile
Contatti e Sedi
Contatto studio
- Nome: Marco Reschini, MSc
- Numero di telefono: +390255034303
- Email: marco.reschini@policlinico.mi.it
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Edgardo Somigliana, PhD
- Numero di telefono: +390255034303
- Email: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
Luoghi di studio
-
-
-
Milan, Italia, 20145
- Reclutamento
- Istituto Auxologico Italiano
-
Contatto:
- Silvia Russo, Phd
- Numero di telefono: +393493237520
- Email: s.russo@auxologico.it
-
Milan, Italia, 20122
- Reclutamento
- Fondazione IRCCS CA' Granda Ospedale Maggiore Policlinico
-
Contatto:
- Edgardo Somigliana, PhD
- Numero di telefono: +390255034303
- Email: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
-
-
Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Descrizione
Criterio di inclusione:
- Coorte 1: donne sane con figli affetti da BWS e storia riproduttiva peculiare dalla nostra popolazione di famiglie di BWS con diagnosi clinica e molecolare;
- Coorte 2: donne sotto i 35 anni sottoposte ad ART per infertilità (definita come mancato raggiungimento di una gravidanza dopo 12 mesi o più di rapporti sessuali regolari non protetti) e incapaci di ottenere un parto vivo dopo tre cicli completati o dopo il trasferimento di almeno 6 blastocisti;
- Coorte 3: donne sotto i 35 anni, con RPL (definita come perdita di due o più gravidanze prima delle 24 settimane di gestazione).
Criteri di esclusione:
- presenza di alterazioni del cariotipo convenzionale e molecolare
- comparsa di cause note che possono portare a una ridotta fertilità o ad aborti ricorrenti: disturbi delle ovaie, come la sindrome dell'ovaio policistico e altri disturbi follicolari, disturbi del sistema endocrino che causano squilibri dei livelli degli ormoni riproduttivi, condizioni autoimmuni, infertilità maschile, infertilità uterina o tubarica disfunzioni e malformazioni, disfunzioni trombofile o tiroidee non corrette.
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Scopo principale: Scienza basilare
- Assegnazione: Non randomizzato
- Modello interventistico: Assegnazione parallela
- Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)
Armi e interventi
Gruppo di partecipanti / Arm |
Intervento / Trattamento |
|---|---|
|
Sperimentale: donne sane con figli affetti da BWS
donne sane con figli affetti da BWS e storia riproduttiva peculiare della nostra popolazione di famiglie con diagnosi di BWS clinicamente e molecolare
|
Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:
Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.
Verrà eseguita un'analisi della metilazione dell'intero genoma per identificare i cambiamenti di metilazione nelle donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS
|
|
Sperimentale: donne sotto i 35 anni sottoposte ad ART
donne sotto i 35 anni sottoposte ad ART per infertilità (definita come mancata gravidanza dopo 12 mesi o più di rapporti sessuali regolari non protetti) e incapaci di ottenere un parto vivo dopo tre cicli completati o dopo il trasferimento di almeno 6 blastocisti
|
Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:
Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.
Verrà eseguita un'analisi della metilazione dell'intero genoma per identificare i cambiamenti di metilazione nelle donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS
|
|
Sperimentale: donne sotto i 35 anni, con RPL
donne sotto i 35 anni, con RPL (definita come la perdita di due o più gravidanze prima delle 24 settimane di gestazione)
|
Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:
Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.
Verrà eseguita un'analisi della metilazione dell'intero genoma per identificare i cambiamenti di metilazione nelle donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS
|
Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Incidenza del MEG
Lasso di tempo: Il WES su geni specifici in tutte le coorti e l'array SNP verrà eseguito dopo l'arruolamento e sarà finalizzato entro il mese 17. L'ultima parte relativa al WGS su un sottogruppo selezionato di madri BWS sarà completata dal mese 16 al mese 20
|
Incidenza dei MEG, in particolare delle varianti patogenetiche della SCMC, nella popolazione femminile infertile e nelle madri di bambini affetti da BWS
|
Il WES su geni specifici in tutte le coorti e l'array SNP verrà eseguito dopo l'arruolamento e sarà finalizzato entro il mese 17. L'ultima parte relativa al WGS su un sottogruppo selezionato di madri BWS sarà completata dal mese 16 al mese 20
|
Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
|---|---|---|
|
Confronta la metilazione del DNA
Lasso di tempo: i campioni raccolti verranno valutati per la metilazione dell'intero genoma entro il mese 20
|
Metilazione del DNA dell’intero genoma dei leucociti del sangue di gruppi di donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS, e confronto con quello di un numero simile di controlli abbinati per sesso ed età. L'analisi bioinformatica verrà utilizzata per dedurre regioni differenzialmente metilate dai dati di metilazione e per classificare lo status delle donne in base ai profili di metilazione. A causa della complessa distribuzione associata ai profili di metilazione dell’intero genoma, le tecniche di riduzione della dimensionalità (ad es. PCA,MDS) e metodi di clustering (sia gerarchici che basati su centroidi) verranno utilizzati per valutare l'importanza di regioni specifiche (ad es. loci impressi) per discriminare le donne prioritarie dai controlli in base ai loro profili di metilazione. con problemi riproduttivi, compresi quelli con prole affetta da BWS |
i campioni raccolti verranno valutati per la metilazione dell'intero genoma entro il mese 20
|
Collaboratori e investigatori
Collaboratori
Investigatori
- Investigatore principale: Edgardo Somigliana, PhD, Fondazione IRCCS Ca' Granda, Ospedale Maggiore Policlinico
Studiare le date dei record
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
Completamento primario (Stimato)
Completamento dello studio (Stimato)
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- PNRR-MR1-2022-12376622
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .