Geni materni ed epimutazioni: sindrome di Beckwith-Wiedemann e rischi riproduttivi

Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:

1. Geni ad effetto materno come componenti SCMC e altri geni correlati;
2. Geni essenziali nella maturazione dell'ovocita e nella progressione dello zigote attraverso le prime fasi dell'embriogenesi o altamente espressi nei diversi stadi di maturazione dell'ovocita;
3. Geni con ruoli noti e potenziali nella creazione e nel controllo dell'imprinting genomico e coinvolti nelle reazioni di metilazione del DNA.

Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.

Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:

1. Geni ad effetto materno come componenti SCMC e altri geni correlati;
2. Geni essenziali nella maturazione dell'ovocita e nella progressione dello zigote attraverso le prime fasi dell'embriogenesi o altamente espressi nei diversi stadi di maturazione dell'ovocita;
3. Geni con ruoli noti e potenziali nella creazione e nel controllo dell'imprinting genomico e coinvolti nelle reazioni di metilazione del DNA.

Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.

Il sequenziamento dell'intero esoma verrà eseguito come primo approccio in tutti i pazienti reclutati. Innanzitutto, analizzeremo diversi sottoinsiemi di geni, appartenenti a:

1. Geni ad effetto materno come componenti SCMC e altri geni correlati;
2. Geni essenziali nella maturazione dell'ovocita e nella progressione dello zigote attraverso le prime fasi dell'embriogenesi o altamente espressi nei diversi stadi di maturazione dell'ovocita;
3. Geni con ruoli noti e potenziali nella creazione e nel controllo dell'imprinting genomico e coinvolti nelle reazioni di metilazione del DNA.

Successivamente verranno analizzate varianti con un punteggio di patogenicità elevato, per identificare eventuali geni che possono essere associati al fenomeno, ma non appartenenti alle categorie di geni precedentemente descritte. Infine, condurremo un'analisi di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) su un sottogruppo selezionato di madri BWS con storie cliniche peculiari e analisi WES negativa, per esplorare tutte le regioni non codificanti e regolatorie non prese di mira dal WES.

Metilazione del DNA dell’intero genoma dei leucociti del sangue di gruppi di donne con problemi riproduttivi, comprese quelle con figli affetti da BWS, e confronto con quello di un numero simile di controlli abbinati per sesso ed età. L'analisi bioinformatica verrà utilizzata per dedurre regioni differenzialmente metilate dai dati di metilazione e per classificare lo status delle donne in base ai profili di metilazione. A causa della complessa distribuzione associata ai profili di metilazione dell’intero genoma, le tecniche di riduzione della dimensionalità (ad es. PCA,MDS) e metodi di clustering (sia gerarchici che basati su centroidi) verranno utilizzati per valutare l'importanza di regioni specifiche (ad es. loci impressi) per discriminare le donne prioritarie dai controlli in base ai loro profili di metilazione.

con problemi riproduttivi, compresi quelli con prole affetta da BWS