Материнские гены и эпимутации: синдром Беквита-Видемана и репродуктивные риски
Роль генов материнского эффекта и эпимутаций в синдроме Беквита-Видемана и неблагоприятных репродуктивных результатах
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Первой целью проекта является определение частоты генов материнского эффекта (MEG) и, в частности, патогенных вариантов SCMC как причины различий в репродуктивных результатах среди бесплодной женской популяции и матерей детей с BWS. С этой целью будут набраны три группы пациентов: здоровые женщины с потомством, страдающим BWS, и своеобразным репродуктивным анамнезом из нашей популяции семей с клинически и молекулярно диагностированным BWS (группа 1), женщины в возрасте до 35 лет, проходящие АРТ по поводу бесплодия (определяемого как неспособность достичь беременности через 12 и более месяцев регулярных незащищенных половых контактов) и не могут родить живого ребенка после трех полных циклов или после переноса как минимум 6 бластоцист (группа 2), а также женщины в возрасте до 35 лет с ПНБ (привычное невынашивание беременности). определяется как потеря двух или более беременностей до 24 недель беременности) (группа 3).
Для идентификации патогенных вариантов в качестве первого подхода у всех набранных пациентов будет проводиться секвенирование всего экзома (WES). WES-анализ будет проводиться в несколько этапов. Сначала исследователи проанализируют различные подмножества генов, принадлежащие:
- Гены материнского эффекта как компоненты SCMC и другие родственные гены;
- Гены, необходимые для созревания ооцита и развития зиготы на ранних стадиях эмбриогенеза или высоко экспрессируемые на разных стадиях созревания ооцита;
- Гены с известной и потенциальной ролью в установлении и контроле геномного импринтинга и участвующие в реакциях метилирования ДНК.
Впоследствии будут проанализированы варианты с высоким показателем патогенности, чтобы идентифицировать любые гены, которые могут быть связаны с этим явлением, но не принадлежат к ранее описанным категориям генов. Наконец, исследователи проведут анализ полногеномного секвенирования (WGS) на выбранной подгруппе матерей BWS с необычным клиническим анамнезом и отрицательным анализом WES, чтобы изучить все некодирующие и регуляторные области, не нацеленные на WES.
Вторая цель этого проекта — использовать анализ метилирования всего генома для выявления изменений метилирования у женщин с репродуктивными проблемами, в том числе у тех, у кого потомство пострадало от BWS. Конкретными задачами будут:
- Определение полногеномного метилирования лейкоцитов крови групп женщин, описанных в цели 1, и сравнение его с аналогичным количеством контрольных групп соответствующего пола и возраста;
- Определение полногеномного метилирования неоплодотворенных ооцитов, полученных в результате неудачных циклов ВРТ тех же когорт, и сравнение его с метилированием контрольных ооцитов (полученных либо в результате донорства для исследований, либо в результате общедоступных наборов данных).
Метилирование ДНК будет определяться в лейкоцитах крови с помощью анализа матрицы метилирования, а в неоплодотворенных ооцитах - с помощью бисульфитного секвенирования отдельных клеток (scBS-Seq).
Третья цель проекта — определить молекулярные механизмы, лежащие в основе женского бесплодия и расстройства импринтинга, связанного с повреждением вариантов гена SCMC, с помощью мышиной модели. Конкретными задачами будут:
- Определение полногеномного метилирования и профилей РНК ооцитов Padi6 mut/mut и предимплантационных эмбрионов, полученных после ЭКО со спермой дикого типа;
- Перенос бластоцист, полученных в результате ЭКО, описанного в пункте а), псевдобеременным самкам и анализ метилирования полногеномной ДНК и РНК в полученных эмбрионах в середине беременности с помощью BS-seq и RNA-seq;
- Мини-скрининг эпигенетических соединений на 2-клеточных эмбрионах Padi6 mut/mut. Метилирование ДНК и экспрессия РНК в мышиных ооцитах и эмбрионах будут определяться с помощью полногеномной scBS-seq и scRNA-seq.
Тип исследования
Регистрация (Оцененный)
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
Контакты исследования
- Имя: Marco Reschini, MSc
- Номер телефона: +390255034303
- Электронная почта: marco.reschini@policlinico.mi.it
Учебное резервное копирование контактов
- Имя: Edgardo Somigliana, PhD
- Номер телефона: +390255034303
- Электронная почта: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
Места учебы
-
-
-
Milan, Италия, 20145
- Рекрутинг
- Istituto Auxologico Italiano
-
Контакт:
- Silvia Russo, Phd
- Номер телефона: +393493237520
- Электронная почта: s.russo@auxologico.it
-
Milan, Италия, 20122
- Рекрутинг
- Fondazione IRCCS CA' Granda Ospedale Maggiore Policlinico
-
Контакт:
- Edgardo Somigliana, PhD
- Номер телефона: +390255034303
- Электронная почта: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
- Взрослый
- Пожилой взрослый
Принимает здоровых добровольцев
Описание
Критерии включения:
- Когорта 1: здоровые женщины с потомством, страдающим BWS, и своеобразным репродуктивным анамнезом из нашей популяции семей с клинически и молекулярно диагностированным BWS;
- Когорта 2: женщины в возрасте до 35 лет, проходящие АРТ по поводу бесплодия (определяемого как невозможность наступления беременности в течение 12 и более месяцев регулярных незащищенных половых контактов) и неспособные родить живого ребенка после трех полных циклов или после переноса как минимум 6 бластоцист;
- Когорта 3: женщины до 35 лет с ПНБ (определяется как потеря двух или более беременностей до 24 недель беременности).
Критерий исключения:
- наличие обычных и молекулярных изменений кариотипа
- возникновение известных причин, которые могут привести к снижению фертильности или повторным абортам: заболевания яичников, такие как синдром поликистозных яичников и другие фолликулярные заболевания, нарушения эндокринной системы, вызывающие дисбаланс уровня репродуктивных гормонов, аутоиммунные заболевания, мужское бесплодие, маточное или трубное бесплодие. дисфункции и пороки развития, тромбофилические или некорригированные нарушения функции щитовидной железы.
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Фундаментальная наука
- Распределение: Нерандомизированный
- Интервенционная модель: Параллельное назначение
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Экспериментальный: здоровые женщины с потомством, пораженным BWS
здоровые женщины с потомством, страдающим BWS, и своеобразным репродуктивным анамнезом из нашей популяции семей с клинически и молекулярно диагностированным BWS
|
Секвенирование всего экзома будет выполняться в качестве первого подхода у всех набранных пациентов. Сначала мы проанализируем различные подмножества генов, принадлежащие:
Впоследствии будут проанализированы варианты с высоким показателем патогенности, чтобы идентифицировать любые гены, которые могут быть связаны с этим явлением, но не принадлежат к ранее описанным категориям генов. Наконец, мы проведем анализ секвенирования всего генома (WGS) на выбранной подгруппе матерей BWS с своеобразным клиническим анамнезом и отрицательным анализом WES, чтобы изучить все некодирующие и регуляторные области, не затронутые WES.
Будет проведен полногеномный анализ метилирования для выявления изменений метилирования у женщин с репродуктивными проблемами, в том числе у тех, у кого потомство пострадало от BWS.
|
|
Экспериментальный: женщины до 35 лет, проходящие АРТ
женщины в возрасте до 35 лет, проходящие АРТ по поводу бесплодия (определяемого как невозможность наступления беременности в течение 12 и более месяцев регулярных незащищенных половых контактов) и неспособные родить живого ребенка после трех полных циклов или после переноса как минимум 6 бластоцист
|
Секвенирование всего экзома будет выполняться в качестве первого подхода у всех набранных пациентов. Сначала мы проанализируем различные подмножества генов, принадлежащие:
Впоследствии будут проанализированы варианты с высоким показателем патогенности, чтобы идентифицировать любые гены, которые могут быть связаны с этим явлением, но не принадлежат к ранее описанным категориям генов. Наконец, мы проведем анализ секвенирования всего генома (WGS) на выбранной подгруппе матерей BWS с своеобразным клиническим анамнезом и отрицательным анализом WES, чтобы изучить все некодирующие и регуляторные области, не затронутые WES.
Будет проведен полногеномный анализ метилирования для выявления изменений метилирования у женщин с репродуктивными проблемами, в том числе у тех, у кого потомство пострадало от BWS.
|
|
Экспериментальный: женщины до 35 лет, с РПЛ
женщины до 35 лет с ПНБ (определяется как потеря двух или более беременностей до 24 недель беременности)
|
Секвенирование всего экзома будет выполняться в качестве первого подхода у всех набранных пациентов. Сначала мы проанализируем различные подмножества генов, принадлежащие:
Впоследствии будут проанализированы варианты с высоким показателем патогенности, чтобы идентифицировать любые гены, которые могут быть связаны с этим явлением, но не принадлежат к ранее описанным категориям генов. Наконец, мы проведем анализ секвенирования всего генома (WGS) на выбранной подгруппе матерей BWS с своеобразным клиническим анамнезом и отрицательным анализом WES, чтобы изучить все некодирующие и регуляторные области, не затронутые WES.
Будет проведен полногеномный анализ метилирования для выявления изменений метилирования у женщин с репродуктивными проблемами, в том числе у тех, у кого потомство пострадало от BWS.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Заболеваемость МЭГ
Временное ограничение: WES по конкретным генам во всех когортах и SNP-матрице будет проводиться после регистрации и будет завершен в течение 17 месяцев. Последняя часть, связанная с WGS у выбранной подгруппы матерей BWS, будет выполнена с 16 по 20 месяц.
|
Частота возникновения МЭГ, особенно патогенетических вариантов СКМК, у женщин с бесплодием и матерей детей, больных МБВ
|
WES по конкретным генам во всех когортах и SNP-матрице будет проводиться после регистрации и будет завершен в течение 17 месяцев. Последняя часть, связанная с WGS у выбранной подгруппы матерей BWS, будет выполнена с 16 по 20 месяц.
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Сравните метилирование ДНК
Временное ограничение: Собранные образцы будут оценены на предмет метилирования всего генома в течение 20 месяцев.
|
Полногеномное метилирование ДНК лейкоцитов крови групп женщин с репродуктивными проблемами, в том числе тех, у кого потомство пострадало от BWS, и сравнение его с аналогичным количеством контрольной группы того же пола и возраста. Биоинформатический анализ будет использоваться для вывода дифференциально метилированных областей на основе данных о метилировании и для классификации статуса женщин на основе профилей метилирования. Из-за сложного распределения, связанного с профилями метилирования всего генома, методы уменьшения размерности (например, PCA,MDS) и методы кластеризации (как иерархические, так и центроидные) будут использоваться для оценки важности конкретных регионов (например, импринтированные локусы), чтобы отличить приоритетных женщин от контрольной группы в соответствии с их профилями метилирования. с репродуктивными проблемами, в том числе с потомством, пострадавшим от BWS |
Собранные образцы будут оценены на предмет метилирования всего генома в течение 20 месяцев.
|
Соавторы и исследователи
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Edgardo Somigliana, PhD, Fondazione IRCCS Ca' Granda, Ospedale Maggiore Policlinico
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Оцененный)
Завершение исследования (Оцененный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- PNRR-MR1-2022-12376622
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .