Gènes maternels et épimutations : syndrome de Beckwith-Wiedemann et risques reproductifs
Rôle des gènes à effet maternel et des épimutations dans le syndrome de Beckwith-Wiedemann et les résultats indésirables en matière de reproduction
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Le premier objectif du projet est de définir l'incidence des gènes à effet maternel (MEG) et spécifiquement des variantes pathogènes SCMC comme cause des différences dans les résultats de reproduction dans la population féminine infertile et les mères d'enfants BWS. Dans ce but, trois cohortes de patients seront recrutées : des femmes en bonne santé dont la progéniture est affectée par le BWS et des antécédents reproductifs particuliers de notre population de familles BWS diagnostiquées cliniquement et moléculairement (cohorte 1), les femmes de moins de 35 ans sous TAR pour infertilité (définie comme l'incapacité de obtenir une grossesse après 12 mois ou plus de rapports sexuels réguliers non protégés) et incapables d'obtenir une naissance vivante après trois cycles terminés ou après le transfert d'au moins 6 blastocystes (Cohorte 2), et les femmes de moins de 35 ans, avec RPL (Perte de Grossesse Récurrente définie comme la perte de deux grossesses ou plus avant 24 semaines de gestation) (cohorte 3).
Pour identifier les variantes pathogènes, le séquençage de l'exome entier (WES) sera réalisé comme première approche chez tous les patients recrutés. L’analyse WES sera réalisée en plusieurs étapes. Premièrement, les enquêteurs analyseront différents sous-ensembles de gènes, appartenant à :
- Gènes à effet maternel en tant que composants SCMC et autres gènes associés ;
- Gènes essentiels à la maturation de l'ovocyte et à la progression du zygote jusqu'aux premières phases de l'embryogenèse ou fortement exprimés aux différents stades de la maturation de l'ovocyte ;
- Gènes ayant des rôles connus et potentiels dans l’établissement et le contrôle de l’empreinte génomique et impliqués dans les réactions de méthylation de l’ADN.
Par la suite, les variants présentant un score de pathogénicité élevé seront analysés, afin d'identifier les éventuels gènes pouvant être associés au phénomène, mais n'appartenant pas aux catégories de gènes décrites précédemment. Enfin, les enquêteurs effectueront une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS avec des antécédents cliniques particuliers et une analyse WES négative, pour explorer toutes les régions non codantes et régulatrices non ciblées par WES.
Le deuxième objectif de ce projet est d'utiliser l'analyse de la méthylation du génome entier pour identifier les changements de méthylation chez les femmes ayant des problèmes de reproduction, y compris celles dont la progéniture est affectée par le BWS. Les tâches spécifiques seront :
- Déterminer la méthylation du génome entier des leucocytes sanguins des cohortes de femmes décrites dans l'objectif 1 et la comparer à celle d'un nombre similaire de témoins du même sexe et de même âge ;
- Déterminer la méthylation du génome entier des ovocytes non fécondés dérivés de cycles de TAR infructueux des mêmes cohortes et la comparer à celle des ovocytes témoins (dérivés d'un don pour la recherche ou d'ensembles de données publics).
La méthylation de l'ADN sera déterminée dans les leucocytes sanguins par analyse de réseau de méthylation et dans les ovocytes non fécondés par séquençage au bisulfite unicellulaire (scBS-Seq).
Le troisième objectif du projet est de déterminer les mécanismes moléculaires sous-jacents à l'infertilité féminine et aux troubles de l'empreinte associés aux variantes dommageables du gène SCMC en utilisant un modèle murin. Les tâches spécifiques seront :
- Détermination de la méthylation du génome entier et des profils d'ARN des ovocytes Padi6 mut/mut et des embryons préimplantatoires obtenus après FIV avec du sperme de type sauvage ;
- Transfert des blastocystes dérivés de la FIV décrite en a) chez des femelles pseudo-enceintes et analyse de la méthylation de l'ADN et de l'ARN du génome entier dans les embryons dérivés à mi-gestation par BS-seq et RNA-seq ;
- Mini-criblage de composés épigénétiques sur les embryons Padi6 mut/mut à 2 cellules. La méthylation de l'ADN et l'expression de l'ARN des ovocytes et des embryons de souris seront déterminées par scBS-seq et scRNA-seq du génome entier.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Phase
- N'est pas applicable
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Marco Reschini, MSc
- Numéro de téléphone: +390255034303
- E-mail: marco.reschini@policlinico.mi.it
Sauvegarde des contacts de l'étude
- Nom: Edgardo Somigliana, PhD
- Numéro de téléphone: +390255034303
- E-mail: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
Lieux d'étude
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Milan, Italie, 20145
- Recrutement
- Istituto Auxologico Italiano
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Contact:
- Silvia Russo, Phd
- Numéro de téléphone: +393493237520
- E-mail: s.russo@auxologico.it
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Milan, Italie, 20122
- Recrutement
- Fondazione IRCCS CA' Granda Ospedale Maggiore Policlinico
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Contact:
- Edgardo Somigliana, PhD
- Numéro de téléphone: +390255034303
- E-mail: edgardo.somigliana@policlinico.mi.it
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
La description
Critère d'intégration:
- Cohorte 1 : femmes en bonne santé dont la progéniture est affectée par le BWS et des antécédents reproductifs particuliers de notre population de familles BWS diagnostiquées cliniquement et moléculairement ;
- Cohorte 2 : femmes de moins de 35 ans sous TAR pour infertilité (définie comme l'échec d'une grossesse après 12 mois ou plus de rapports sexuels réguliers non protégés) et incapables d'obtenir une naissance vivante après trois cycles terminés ou après le transfert d'au moins 6 blastocystes ;
- Cohorte 3 : femmes de moins de 35 ans, avec RPL (défini comme la perte de deux grossesses ou plus avant 24 semaines de gestation).
Critère d'exclusion:
- présence d'altérations du caryotype conventionnel et moléculaire
- apparition de causes connues pouvant entraîner une diminution de la fertilité ou des avortements à répétition : troubles des ovaires, comme le syndrome des ovaires polykystiques et autres troubles folliculaires, troubles du système endocrinien provoquant des déséquilibres des taux d'hormones reproductives, maladies auto-immunes, infertilité masculine, utérine ou tubaire dysfonctionnements et malformations, dysfonctionnements thyroïdiens thrombophiles ou non corrigés.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Objectif principal: Science basique
- Répartition: Non randomisé
- Modèle interventionnel: Affectation parallèle
- Masquage: Aucun (étiquette ouverte)
Armes et Interventions
Groupe de participants / Bras |
Intervention / Traitement |
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Expérimental: femmes en bonne santé dont la progéniture est affectée par le BWS
femmes en bonne santé avec une progéniture affectée par le BWS et des antécédents reproductifs particuliers de notre population de familles BWS diagnostiquées cliniquement et moléculairement
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Le séquençage de l'exome entier sera réalisé comme première approche chez tous les patients recrutés. Dans un premier temps, nous analyserons différents sous-ensembles de gènes, appartenant à :
Par la suite, les variants présentant un score de pathogénicité élevé seront analysés, afin d'identifier les éventuels gènes pouvant être associés au phénomène, mais n'appartenant pas aux catégories de gènes décrites précédemment. Enfin, nous effectuerons une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS avec des antécédents cliniques particuliers et une analyse WES négative, pour explorer toutes les régions non codantes et régulatrices non ciblées par WES.
Une analyse de méthylation du génome entier sera effectuée pour identifier les changements de méthylation chez les femmes ayant des problèmes de reproduction, y compris celles dont la progéniture est affectée par le BWS.
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Expérimental: femmes de moins de 35 ans sous TAR
les femmes de moins de 35 ans qui suivent un TAR pour infertilité (définie comme l'échec d'une grossesse après 12 mois ou plus de rapports sexuels réguliers non protégés) et qui sont incapables d'obtenir une naissance vivante après trois cycles complets ou après le transfert d'au moins 6 blastocystes
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Le séquençage de l'exome entier sera réalisé comme première approche chez tous les patients recrutés. Dans un premier temps, nous analyserons différents sous-ensembles de gènes, appartenant à :
Par la suite, les variants présentant un score de pathogénicité élevé seront analysés, afin d'identifier les éventuels gènes pouvant être associés au phénomène, mais n'appartenant pas aux catégories de gènes décrites précédemment. Enfin, nous effectuerons une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS avec des antécédents cliniques particuliers et une analyse WES négative, pour explorer toutes les régions non codantes et régulatrices non ciblées par WES.
Une analyse de méthylation du génome entier sera effectuée pour identifier les changements de méthylation chez les femmes ayant des problèmes de reproduction, y compris celles dont la progéniture est affectée par le BWS.
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Expérimental: femmes de moins de 35 ans, avec RPL
les femmes de moins de 35 ans, atteintes de RPL (définies comme la perte de deux grossesses ou plus avant 24 semaines de gestation)
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Le séquençage de l'exome entier sera réalisé comme première approche chez tous les patients recrutés. Dans un premier temps, nous analyserons différents sous-ensembles de gènes, appartenant à :
Par la suite, les variants présentant un score de pathogénicité élevé seront analysés, afin d'identifier les éventuels gènes pouvant être associés au phénomène, mais n'appartenant pas aux catégories de gènes décrites précédemment. Enfin, nous effectuerons une analyse de séquençage du génome entier (WGS) sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS avec des antécédents cliniques particuliers et une analyse WES négative, pour explorer toutes les régions non codantes et régulatrices non ciblées par WES.
Une analyse de méthylation du génome entier sera effectuée pour identifier les changements de méthylation chez les femmes ayant des problèmes de reproduction, y compris celles dont la progéniture est affectée par le BWS.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Incidence du MEG
Délai: WES sur des gènes spécifiques dans toutes les cohortes et SNP-array sera réalisé après l'inscription et sera finalisé au cours du mois 17. La dernière partie liée au WGS sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS sera réalisée du 16 au mois 20.
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Incidence des MEG, en particulier des variantes pathogénétiques du SCMC, dans la population féminine infertile et les mères d'enfants atteints de BWS
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WES sur des gènes spécifiques dans toutes les cohortes et SNP-array sera réalisé après l'inscription et sera finalisé au cours du mois 17. La dernière partie liée au WGS sur un sous-groupe sélectionné de mères BWS sera réalisée du 16 au mois 20.
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Comparez la méthylation de l'ADN
Délai: les échantillons collectés seront évalués pour la méthylation du génome entier dans le mois 20
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Méthylation de l'ADN du génome entier des leucocytes sanguins des cohortes de femmes ayant des problèmes de reproduction, y compris celles dont la progéniture est affectée par le BWS, et comparaison avec celle d'un nombre similaire de témoins du même sexe et de même âge. L'analyse bioinformatique sera utilisée pour déduire des régions différentiellement méthylées à partir des données de méthylation et pour classer le statut des femmes en fonction des profils de méthylation. En raison de la distribution complexe associée aux profils de méthylation du génome entier, les techniques de réduction de dimensionnalité (par ex. PCA, MDS) et des méthodes de regroupement (à la fois hiérarchiques et basées sur le centroïde) seront utilisées pour évaluer l'importance de régions spécifiques (par ex. loci imprimés) pour discriminer les femmes prioritaires des contrôles en fonction de leurs profils de méthylation. ayant des problèmes de reproduction, y compris ceux dont la progéniture est affectée par le BWS |
les échantillons collectés seront évalués pour la méthylation du génome entier dans le mois 20
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Collaborateurs et enquêteurs
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Edgardo Somigliana, PhD, Fondazione IRCCS Ca' Granda, Ospedale Maggiore Policlinico
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- PNRR-MR1-2022-12376622
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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