Infections causées par des entérobactéries productrices d'ESbL en Italie

PLAN DE RECHERCHE ET MÉTHODOLOGIE

Population Tous les patients infectés (c.-à-d. bactériémie, pneumonie, infections abdominales, infections cutanées et infections des voies urinaires) causées par les entérobactéries productrices de BLSE.

Critères d'exclusion Enfants < 16 ans

Conception de l'essai Étude de cohorte prospective multicentrique. Les patients correspondant à la définition de l'étude seront détectés par inspection quotidienne des bases de données microbiologiques par un médecin dédié. Les variables épidémiologiques seront détectées pour tous les patients lors de l'admission à l'étude. Identifier les facteurs de risque d'infections (c.-à-d. bactériémie, pneumonie, infections abdominales, infections cutanées et infections des voies urinaires) causées par des entérobactéries productrices de BLSE, une étude cas-témoin sera réalisée. Un cas patient sera défini comme un patient adulte ( 16 ans) qui a une infection causée par des entérobactéries productrices de BLSE selon les définitions du Center for Diseases Control and Prevention d'Atlanta (CDC). Dans les laboratoires de microbiologie clinique, la définition de la production de BLSE par les laboratoires de microbiologie clinique se fera selon les directives CLSI (3), ou selon les directives BSAC (http://www.bsac.org.uk) pour les espèces autres que Klebsiella spp. ., E. coli et Proteus mirabilis. Un contrôle sera sélectionné pour chaque cas. Le témoin sera choisi parmi tous les patients adultes admis dans le même hôpital au cours de la même période (dans les 30 jours) et chez lesquels les entérobactéries productrices de BLSE n'ont pas été isolées au cours de leur séjour hospitalier. Si plus d'un témoin est disponible par cas, les patients dont la date et l'heure d'admission sont les plus proches du cas seront choisis.

Pour identifier les facteurs de risque de mortalité, une deuxième étude cas-témoin sera réalisée comparant les patients infectés décédés aux patients infectés qui ont survécu (évaluable uniquement chez les patients atteints de bactériémie, d'infections de plaies, de pneumonie et de méningite). Cette analyse sera effectuée en ajustant les résultats pour une thérapie antimicrobienne empirique inadéquate et le site de l'infection (voir les définitions suivantes).

Collecte des données Les dossiers médicaux des admissions de patients hospitalisés et les bases de données microbiologiques et pharmaceutiques seront examinés. Les données recueillies lors de l'inscription à l'étude comprendront : les données démographiques des patients, le transfert d'un autre hôpital, le résident d'un établissement de longue durée ou d'une maison de soins infirmiers, une hospitalisation antérieure dans l'année, le statut ambulatoire, la nécessité d'une hémodialyse chronique, la présence d'un cathéter veineux central (CVC) , et séjour en USI et interventions chirurgicales dans les 30 jours précédant l'inclusion à l'étude. Un score composite de maladies comorbides sera dérivé à l'aide du score de Charlson. La gravité de la maladie au moment de la présentation sera quantifiée à l'aide des critères de McCabe et Jackson. Les antibiotiques administrés pendant une période de 30 jours avant l'inscription à l'étude et pendant au moins 48 heures seront enregistrés. Pour l'analyse des facteurs de risque, l'exposition aux antibiotiques par voie orale et intraveineuse sera analysée par antibiotiques individuels et par classes, et comprendra les pénicillines, la vancomycine, les céphalosporines, les antibiotiques à activité anaérobie prédominante (métronidazole et clindamycine), les aminoglycosides, les quinolones et les carbapénèmes. La durée du séjour (LOS) après le diagnostic d'infection, la prise en charge des infections, le moment et le type de traitement antimicrobien, les résultats des cultures cliniques de suivi (le cas échéant), les complications hématogènes et le décès seront également extraits des dossiers médicaux. Les dossiers de microbiologie seront également examinés pour la récupération des entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) ou du S. aureus résistant à la méthicilline (SARM) dans les 12 mois précédant l'inscription à l'étude. Tous les patients atteints d'infections causées par des entérobactéries productrices de BLSE seront suivis jusqu'à leur sortie de l'hôpital ou leur décès.

La mortalité sera définie comme le décès survenu au cours de l'hospitalisation à l'étude. L'antibiothérapie appropriée sera définie comme l'initiation d'une thérapie avec une activité contre les entérobactéries productrices de BLSE (selon les résultats du profil de sensibilité antimicrobienne de l'isolat) de la veille au 2 jours après le résultat initial positif de la culture clinique.

Résultats Principaux résultats

1. Facteurs de risque de développement d'infections causées par des bactéries productrices de BLSE ;
2. Facteurs de risque d'une antibiothérapie initiale inadéquate ;
3. Mortalité globale et mortalité à 30 jours chez les patients recevant un traitement antimicrobien initial inadéquat (évaluable uniquement chez les patients atteints de bactériémie, d'infections abdominales et de pneumonie) ;
4. Variabilité selon le site d'infection de la mortalité globale et de la mortalité à 30 jours chez les patients recevant un traitement antimicrobien initial inadéquat (évaluable uniquement chez les patients atteints de bactériémie, d'infections abdominales et de pneumonie).

Résultats secondaires

1. Durée d'hospitalisation;
2. Coûts d'un traitement initial inadéquat ;
3. Jours de défervescence.

Analyse statistique À la fin de l'étude, deux analyses différentes seront effectuées : la première portera sur les patients atteints de bactériémie, d'infections abdominales et de pneumonie, et sera centrée sur la mortalité ; la deuxième analyse tiendra compte de tous les patients infectés et se concentrera sur l'analyse des facteurs de risque et les résultats secondaires.

Justification de la taille de l'échantillon Hypothèses

Patients atteints de bactériémie, de pneumonie, d'infections abdominales, d'infections cutanées et d'infections des voies urinaires (première analyse) :

Mortalité parmi les patients avec un traitement initial inadéquat : 25 % Mortalité parmi les patients avec un traitement initial approprié : 13 %

Tous les patients inclus :

Pourcentage de bactériémies : 20 % Pourcentage de pneumonies : 10 % Pourcentage d'infections abdominales : 15 % Pourcentage d'infections cutanées : 3 % Pourcentage d'infections urinaires : 52 %

Principaux critères de jugement Facteurs de risque de mortalité Différence de mortalité entre témoins (thérapie inappropriée) et cas (thérapie appropriée) : nous anticipions une réduction de 25 % à 13 %.

Critères de jugement secondaires Différence de durée d'hospitalisation entre les cas (thérapie appropriée) et les témoins (thérapie inappropriée) : nous anticipions une diminution de 80 % (durée d'hospitalisation < 15 jours) à 40 %.

Différence de défervescence entre cas (thérapie appropriée) et témoins (thérapie inappropriée) : nous avons anticipé une diminution de 85 % (défervescence < 3 jours) à 30 %.

En supposant que p1=p2, où p1 est la proportion dans la population 1 et p2 est la proportion dans la population 2 et que alpha=0,05 (recto-verso), puissance=0,80.

Taille d'échantillon requise pour l'analyse des facteurs de risque de mortalité : 366 patients atteints de bactériémie, d'infections de plaies, de pneumonie et de méningite. Pour inclure 366 patients atteints des infections signalées ci-dessus, la taille totale de l'échantillon est susceptible d'être de 813 patients infectés par des entérobactéries productrices de BLSE.

Analyse microbiologique des souches bactériennes

Tous les isolats producteurs de BLSE obtenus à partir de patients inclus dans l'étude dans les laboratoires de microbiologie clinique de chaque centre clinique seront collectés et soumis à une enquête plus approfondie, notamment :

• confirmation de l'identification au niveau de l'espèce;
• détermination du profil de résistance aux antimicrobiens par rapport à un ensemble standard de médicaments ;
• analyse des déterminants BLSE ;
• analyse de la relation clonale entre isolats bactériens d'une même espèce. Les résultats des analyses microbiologiques seront utilisés en corrélation avec les données cliniques pour évaluer l'impact épidémiologique et clinique des souches productrices de BLSE.

Méthodologie expérimentale

La confirmation de l'identification des isolats bactériens au niveau de l'espèce sera effectuée par des méthodes phénotypiques standard (10). En cas d'ambiguïté des résultats, l'identification sera confirmée par séquençage de l'ADNr 16S (16).

Les tests de sensibilité aux antimicrobiens seront effectués par microdilution en bouillon comme recommandé par le CLSI (3), et l'attribution catégorique sera effectuée en utilisant les seuils CLSI (3). Les agents suivants seront inclus : ertapénème, imipénème, méropénème, céfépime, ceftazidime, céfotaxime, pipéracilline/tazobactam, amoxicilline/acide clavulanique, ciprofloxacine, lévofloxacine, gentamicine, amikacine.

La nature des déterminants BLSE sera étudiée par analyse moléculaire par PCR et séquençage, comme décrit précédemment (9, 15). La présence de déterminants BLSE de type TEM-, SHV, CTX-M- et PER (c. e. celles connues pour circuler en Italie (9, 15)) seront étudiées. En cas de résultats négatifs avec les sondes disponibles, le phénotype BLSE sera reconfirmé et, s'il est positif, la nature des déterminants de la -lactamase sera étudiée par : (i) focalisation isoélectrique analytique (IEF) sur des extraits bruts à l'aide des méthodes (14); (ii) La technologie des puces à ADN, utilisant une puce pour les gènes de la β-lactamase qui a été développée dans notre laboratoire, qui comprend des sondes pour les gènes BLSE rares tels que les enzymes VEB, GES, BES, SFO et TLA. En cas de nouveaux gènes BLSE non détectés par les méthodes ci-dessus (occurrence peu probable), En cas de production de BLSE mais non expliquée par la présence de déterminants de résistance connus, les déterminants de résistance seront étudiés au moyen d'une approche de clonage shotgun suivie par cartographie et séquençage.

La parenté clonale entre les isolats de la même espèce sera étudiée par des techniques de génotypage à haut débit telles que RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) et/ou par analyse AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) et/ou REP PCR (19-21). Dans les isolats sélectionnés, les relations clonales seront réalisées par analyse de macrorestriction de l'ADN génomique par électrophorèse en champ pulsé (PFGE).

L'analyse des plasmides et l'investigation des déterminants de la résistance aux agents non β-lactamines (par des techniques moléculaires) seront envisagées dans des cas sélectionnés, si ces informations sont pertinentes pour la corrélation avec les données cliniques et épidémiologiques.