Diagnostic Prénatal Non Invasif (DPNI) de la Mucoviscidose

Le développement récent des techniques d'analyse de l'ADN fœtal circulant dans le sang maternel a ouvert de nouvelles perspectives pour le diagnostic prénatal (DP). La PND non invasive (NIPD) est désormais la méthode de choix pour la détermination du sexe fœtal (maladies génétiques liées au chromosome X) et du génotype rhésus. Le NIPD commence à trouver des applications dans le diagnostic des maladies monogéniques pour les mutations de la transmission paternelle. Cependant un certain nombre de défis techniques entravent encore les applications diagnostiques en routine, et doivent être résolus en tenant compte des aspects de coût, de fiabilité (faux négatif..) et de complexité des équipements et des études bioinformatiques.

Les chercheurs proposent de développer et de valider un test NIPD analytique et clinique pour la mucoviscidose à partir du sang maternel par analyse de l'ADN fœtal libre circulant (cff-ADN), à la recherche de la mutation paternelle dans les familles présentant une hétérozygotie composée CFTR.

La méthode de test basée sur MEMO associée à une plate-forme de PCR en temps réel peut être utilisée pour la détection de traces d'ADN mutant. Cette technique est couramment utilisée pour les mutations en mosaïque (moins de 1 %) des gènes des cancers fréquents. La détection positive de la mutation paternelle est toujours vérifiée par une seconde technique de mini-séquençage.

Préalablement à tout test CFTR spécifique, le profil ADN de chaque échantillon sera déterminé à l'aide d'un kit commercial de Mini STR adapté aux études de cas. Un profil tri-allélique de marqueurs prouvera la présence d'ADN fœtal dans l'échantillon étudié et limitera ainsi les faux négatifs liés au manque ou à l'insuffisance d'ADN-cff.

L'étape de validation des méthodes analytiques des investigateurs sera faite sur des échantillons témoins d'ADN chimérique créés artificiellement. Ensuite, le test sera validé cliniquement par une étude rétrospective de sérum maternel de femmes enceintes, ayant fait l'objet d'un DPN ou d'un DPI (diagnostic génétique préimplantatoire) de demande de mucoviscidose au laboratoire pendant la période d'étude (2012 à 2013).

La structure investigateurs est un centre de référence pour le DPI, le PND et le NBS (dépistage néonatal) de la mucoviscidose. Les échantillons seront prélevés conformément à la réglementation en vigueur. Le traitement pré-analytique des échantillons se fera en temps réel et le plasma sera stocké pour la deuxième étape de l'étude.

La validation des essais proposés permettra :

• Avoir un contrôle de qualité externe (CQ) confirmant la présence d'un ADN mineur dans l'échantillon étudié. Ce QC pourrait être utilisé pour tous les tests NIPD basés sur la recherche d'une séquence génomique absente du génome maternel
• Disposer d'une méthode très sensible pour détecter des traces d'ADN mutant pouvant être développée pour de nouveaux tests NIPD dans d'autres maladies monogéniques en détectant des mutations de même nature.

Le projet des investigateurs, limité à la recherche de l'allèle paternel dans la famille à hétérozygotie composée CFTR, est une première étape dans la mise en place d'une approche de diagnostic prénatal de la mucoviscidose que les investigateurs visent à développer afin de réduire les gestes invasifs.