Ikke-ivasiv prænatal diagnose (NIPD) af cystisk fibrose

Den nylige udvikling af teknikker til at analysere føtalt DNA, der cirkulerer i moderens blod, åbnede nye perspektiver for prænatal diagnose (PD). Non-invasiv PND (NIPD) er nu den foretrukne metode til bestemmelse af føtalt køn (genetiske lidelser forbundet med X-kromosom) og rhesus-genotype. NIPD begynder at finde anvendelser i diagnosticering af monogene sygdomme for mutationer af faderlig overførsel. Men en række tekniske udfordringer hæmmer stadig diagnostiske applikationer i rutinen og skal løses under hensyntagen til aspekter af omkostninger, pålidelighed (falsk negativ ..) og kompleksitet af udstyr og bioinformatik undersøgelser.

Efterforskerne foreslår at udvikle og validere en analytisk og klinisk NIPD-test for cystisk fibrose fra moderens blod ved at analysere cirkulerende frit føtalt DNA (cff-DNA), der søger efter den paternale mutation i familier med CFTR-forbindelsesheterozygositet.

Testmetoden baseret på MEMO forbundet med en platform for real-time PCR kan bruges til påvisning af spor DNA mutant. Denne teknik er almindeligt anvendt til mutationer i mosaik (mindre end 1%) af gener almindelige kræftformer. Positiv påvisning af den paternale mutation kontrolleres altid ved en anden mini-sekventeringsteknik.

Forud for enhver specifik CFTR-test vil DNA-profilen af ​​hver prøve blive bestemt ved hjælp af et kommercielt sæt af Mini STR tilpasset til at studere sagsbehandling. En tri-allel profil for markører vil bevise tilstedeværelsen af ​​føtalt DNA i den undersøgte prøve og vil således begrænse falske negativer forbundet med mangel på eller utilstrækkelige mængder af cff-DNA.

Valideringstrinnet for efterforskernes analytiske metoder vil blive lavet på kimæriske DNA-kontrolprøver, der er kunstigt skabt. Derefter vil testen blive klinisk valideret af en retrospektiv undersøgelse af maternelt serum fra gravide kvinder, som har været genstand for PND eller PGD (præimplantationsgenetisk diagnose) af CF-anmodning i laboratoriet i løbet af undersøgelsesperioden (2012 til 2013).

Efterforskernes struktur er et referencecenter for PGD, PND og NBS (nyfødtscreening) af cystisk fibrose. Prøverne vil blive indsamlet i overensstemmelse med gældende regler. Den præanalytiske prøvebehandling vil blive udført i realtid, og plasma vil blive opbevaret til andet trin af undersøgelsen.

Valideringen af ​​de foreslåede test vil tillade:

• At have en ekstern kvalitetskontrol (QC), der bekræfter tilstedeværelsen af ​​et mindre DNA i den undersøgte prøve. Denne QC kunne bruges til alle NIPD-tests baseret på søgningen efter en genomisk sekvens fraværende fra moderens genom
• At have en meget følsom metode til at påvise spor mutant DNA, som kan udvikles til nye NIPD-tests i andre monogene sygdomme ved at påvise mutationer af samme art.

Investigators projekt, begrænset til søgningen efter den faderlige allel i familien med CFTR-forbindelse heterozygositet, er et første skridt i implementeringen af ​​en prænatal diagnosetilgang af cystisk fibrose, som efterforskerne sigter mod at udvikle for at reducere invasive procedurer.